GgaINT0048793 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012407 | LRP1B
Description
low density lipoprotein receptor-related protein 1B [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6693]
Coordinates
chr7:31487027-31495849:-
Coord C1 exon
chr7:31495700-31495849
Coord A exon
chr7:31487168-31495699
Coord C2 exon
chr7:31487027-31487167
Length
8532 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAGT
5' ss Score
10.24
3' ss Seq
AAAACTTGAATTTTTTACAGATA
3' ss Score
6.51
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTATCAATAGATTATGTGGAGAACAAACTTTACTGGATCAGTTCAGGAAATGGAACCATTAATAGATGCAATCTGGATGGTGGCAATCTTGAAATAATAGACTCAATGAAAGAAGATTTACCGAAAGCCACAGCTTTAACCATAATGG
Seq A exon
GTAAGTCCAGTGGTAATAGCAATGATTTTCAAACAGTTGGATGCTAATTAATTATGAACCAACAAAAACTTGAAAAAAACATTACTACTTTATTGTAGATGATTCTCACAGTATGTGTGAAACTTTTTTCTGAGAAAAGTTTACATAAATGAAAGAGTGTGATTCTCAGATGTCTGCTGTGTAATATTCTGTGCTAAGCTGATTGAAAAATAAGCTTTTTATTTTTCAACATTGCACCTTAGGAATGTTGGGATTTAAATGCTTTTAAACAAAAATAAAAAGGAGGAAGTTAATATAAGGACAGTTTTCTAAAAATGGGTCTTTAAATTTCAGATTGAATATATGATTGAATTTACTCTATTTCTCATATCCATCTACAGCTCTTGGCCCTCACTGGAACTAGGATACAGAGTGTTAAGAAATTACAGTTTTACTGAGAAGTAGCGATCTATATTCGTCTGAAGATTACTAGAAATATAAATGCAATCTTTTTGCTTTCCCTCTAAATGCTTTGCGTACCTTTGTACCATTTAATTCAAAATGATTTTAATTGCTCTGGGATGGTTCTGAGAAATTCTATTGATATCTAGATTTTTGTTGGCATAGTTGACTAATCAACTACTAGTCTCCTTTAAAAAGTATTTCTCTTAGTTGATTAACTATGCGCATGTGTGCTTTTCAAGATTACTCTAAATGATCTCCTAAGTCTGTACAAACACTACGTACATTAAGTCATATTTTAAAGCAGTAACTGCTTAAAGAACTTTATTATGAAAATATTTAGCAAGCATTGAATAATAAATGTTGTCAAAATTAGTTGGAGAGGTGAAGTTTATATATATACGTTCATAAACAAAAGATGTTTTGTGTCAGAAGGAGTTATGAATGTTAATACGGAAAAATTGTCCTTCATTGATTAGATGGTAATTCAGAACTAAATGAATAGATGATCTTTACTTGAGGGAGCTATTGGAGGTCTTTAATATGAGATGTTGTAAAAAATATTTGTTCTTACTGTCACTGAAATATGTATGGTATCAAGTCTTTATCCGTGATTCACAGAAGCTGCAAGAGTGATGGTCCATTTGGGATATAGAATAAAGAGTTCATAGCTATCATTTGAAGAAATATTTTGTGCTTGTTTATGTGAAAGTAGCTGAGTTTTTGCCAGTATGGAGAGGCAAGTACTTCTGCAGCTTAGTTTTTAAGCATATGTATATAGATAGATAGATAAAAGCATATCCCAGTTATATATGCAGACTGGGAGAATTAATTGTTGAGAATAGCCCTGCTAAGTAGGACTTGACATAAGCCAGCAGTGTGTGCATGCAGCCCAGAAGGCCAACGGTATCCTGGGCTGCAACATAAGAGGGGTGGCCAGCAGGAGATGGCCCCAAGGGTGGGGATTTTCCCTCTGTACTCTGCTGTTGTGAGGCCCTATCTGGAGTGTTGTGTCCAGGTCTGGGCCCCCAACATAGGAAAGAAATTGAGCTTTTGGAACAAGTCCAGAGGAGGACCACTAATTGATCAGAATACTGGAGAATCTGTCCTACGAAGATGGGCTGAAGGAACTGGGCTAGTTCATTTCGGAGAAGAGAAGGCTTTAGGGAGACCTCTTTATGGCCGTCCAGTTTTTCAAAAGGAGTTATAAACTGGAAAATCAATCACAGTTAGGTAGTGATATGTTGAGGAGGAATGGTTCTGAACTAAAGGAGAGGAGATTTAGATTATACGTTGGGGGATGTTTTTCACTGAGAGGGTGGTGAGGCATTGAAACAGGTTGCCCAGAGAGGTTATGGATAACCCTGTCCTTGGAGATGCTCAAGGCCAGGTTGGAAGGGGTCCTGGGCAACCTGATCTAGTACTTGATCTAGCAGTTGGTAACCCTGCCTGCAACAGGGTAATTGGAGCCTGATGATACTTGAGTTCCTTTTCAACCTAGGCCATTTTAGGATTCCTTATCTTTGAGTGCTGACAAGTCTTCCTACTTGAAAATGGTAAACTATAGATCTGTTTGAGTTTTTCTGTTTGCTCTGCTTTTTTTTTTTTGTCTTCTATTTAGGAACCACAGTTGTGATAAACTGCAATAAGACACTGAAATATTATAGTATATGCTGCAGCTTACAGTATTGTATGCACTGATTGAAAAACATGAAAATTCCTTATTCATTTCTCTTGTATGGTTTCATGTTGTGGAACATACTGTAGCAACACATTATGCCATTTTTTTTTTTCTTGAAGTTCTGATAGCTTTACATCAGCTTCTGGTACACAAGAATTGGTAAATATAAAACAAATCAAATAGTTTTTGGCATTGGGTGTTTCTCTAAGTAAAACTAGTATTTTAGACAGCTTAATTATATTTATGTATATGATCATGTCATATTGTTGGTTTGTTTCCACTGGGGCAGAAAGAAGATATGGAGTTCGATATTTTCATTATCTAGAGTAGTCTTGCCTTGGTCATAATAAATAATAAATAAATGATCAGTTGTTTTTGATCATTAGAGCCTTTTTTGGGCTAAACCGCTAAAACCAAGAAAGAAAGGAGGGGTGAGGTTATTTTGCTTGTGAAGTGACTGTAATCTGATCTGAAATAGCCATAGTCCTTACAGAAGACACAGAAAATTAATGTGTCTTTTGACAATTTCCAAGACATTTTATGTCCTACAGTTTACATTCCTGAGGTTTTTTTTCTAGCTAACCATTGTAAACTGTTTGGAAGGTAATTGCTGTTATTTCAGTTATTTACTGTTGTTTACTTCTGTCTATACTTCAAGTAATTTTCTTACTATTACATCCTTACATCTTACTATTACAGTGGTAGCATGCAGAAGGAGCATGAGACACATTCCTTCCTTGGCATGAAAAAATGATAACAAAAGTGTTGATGTCAAGGTAGCTCTCAGGTTTATCTTCGAAGGAAATGGAAACAAGTTATGTAATTCACATCTTTCTGTACTTTATTTCTTCTATTTATTGTTTTTCTGGTCAAGTGTCAGTCATCCTTATTTTTCCGTAGACTAAGCTCCAGAATTCCTAGTCCTTTGGTTCCTGCCTTTGCCACATATTTTGATGCAAGATATTATGTACAATGAAAGTTATTCCTTTAGAAAGTAAGCATTTTAATATGCCAAAAATTACTATTTTTTCCATGACCTTAAGCATATAAAGTTTAATTTATCCTATTACCTTTCTGTATTACTAAGGTGCTGCTGTAAGCCCATGATGAAATTCCATTTGCTAGTCTACTTTTTCTCCAAAAGTGCATTCAGTGCATGTGAATGCAACAGCAGCTATTTTTTTAATTAAATCACTATTCAGAAATGTGCATTAATGCTTTTGTTTAGTAGCTCTCACTGTTTACTGTCTGACAGTTGGTCAATGGTAATTTTCTTCTGCTGCTATATTAAGGATTCATTTTGTTTTGTTTAAAACCTGTGACGTTTCTTCTGATCTTTTACCAGCTTCTCTGATTCACAGCCCTCTGCTTCCTGCATAATTTTAACACCTACTACTGGCACCATTTACAAGTTGATAACAAATATTTCTACTGTTTTGGAAACTTGTGATGTTCCTTGTGAGAGAATCTCTGATTTTACTGTGTGATACAGTGGTATACTTTTCAAGATTAAGAAAATGAGAGAATATTTTCTGTGCTTGTGTTAAGGTTCACCTGAGTTTAAAGTATGATATTCCATATCTGATATTTGCACTTTTCCTGGTAGCTGCATAGTCATCTATCAGAGATACTTCAGTGCACTTCGTATCAGCTCCTCACAGAAATATAGTTGACATAAAATTACAAAAATCAAATAACTTCATTAGAAAATAGGAATATGATGTAGATTGTATAATGAAGATGTAATTTGTTGTGCATTGGTGATTTTTTACAGTAAATACTCATGATAGGAACTTCAAAGGAAATGTTCTATGGTGGTAGGTGTTAGTGTTTCTCTTGTTTCTCTACTCAATAATATAAAATATAGTAACTTCACATACTGAATGATTCTGTATATAAATGCTATTTTTATTGAAATTAATGTAAAAAAAAAATCAGTGGTGGTACAACAAAATCAGATATAGAATAGCTTCTCAGTGGGAGTGTAGATATTAGAACTATAGCTTTTGAACAGAAATTGTTTATAATGCAGCCTTCAAGGTGTATTATCAATCAAAATAGGTAGTGACAGTATTTTATTTTTGACAGAACACGTTAGTTCATATTAACAAAATATATTCATGCTACCTTTGTTATGTGGTTAGCTGATATATTAGTTGATTTTTTTCATTTTCCTAACTTTAGAAGATAGCACCATAAAGCATTTCTAGTAACTCAAGTGGTGGGAACTGCAACTTCTATGAAAGTGATTGTTAAATGGAAGGGGCCGCTTCAATCAGGAAACTTCAGATACATACACCTTAATTTTCCAAGTCATCAGTCTTCTAATTGCCATAACACCATTCATTACATTAGCATTAATATATGAAATATATCTAGGCAATTTGCCCAGTTCTAAGTATAGTATATAGTTGTCTTCCATAAATACTCAAGCTATCATTAATGAAAACTAATGGCCCATCAAAATTTGCATTCAGAGTACAGCTTGAAATCTCCAAAGGACTGTCCACAATGCTACTGTAGCAATTTTTGGCATTTTAAATTGCTGTTTCCCAATATGTTGCTGCACTTAATGCTAATTACCCAAGAAAATGGATAAATACAACACTTTTTAATATTTATTATAGCACAATTTCAGCAAGAAGATTGTAACTAATGATCATGCAACTTTCTGTTTAGTGTAATCAAACCAGTTTGATATTTAAAGATTTCAGGTCGTTATTTCTTTACAATTTTCTTCTTATATTCTGACTTCCTAGGTAGGTAGTATCAGAACTACATTTTATTTGACTGATTTAATTTTCCTAACAAAATAACTTAGTGTTTTTTTTATTACAGCAAATATAGGAGTTCATCCATGGTTGAGGATTGTCAGAAT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Seq C2 exon
ATAAAAAGCTTTGGTGGGCAGACCAGAATTTAGCTCAGATTGGAACCTGTAACAAACGAGATGGAAGGAACCCAACTATCCTGCGAAACAAGACTTCAGGTGTTGTGCATATGAAAGTATATGATAAAGCAGCACAGCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012407:ENSGALT00000020272:33
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.042
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005812=Ldl_recept_b=PD(13.2=9.8)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]