DreINT0091481 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000035682 | ltbp3
Description
latent transforming growth factor beta binding protein 3 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060526-130]
Coordinates
chr5:36917806-36952575:+
Coord C1 exon
chr5:36917806-36918302
Coord A exon
chr5:36918303-36952426
Coord C2 exon
chr5:36952427-36952575
Length
34124 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCGGTAAGA
5' ss Score
10.53
3' ss Seq
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3' ss Score
8.79
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.037 A=NA C2=0.160
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF126612=hEGF=WD(100=26.0)
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]