DreINT0094900 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000009681 | med27
Description
mediator complex subunit 27 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-1601]
Coordinates
chr8:11857866-11867774:-
Coord C1 exon
chr8:11867667-11867774
Coord A exon
chr8:11857908-11867666
Coord C2 exon
chr8:11857866-11857907
Length
9759 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAA
5' ss Score
8.38
3' ss Seq
TTCTCTTTTTTTCTTTTTAGCTG
3' ss Score
11.24
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CTGGACATCTGGTCGAAGTCCAACTATCAAGCATTTCAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000009681:ENSDART00000005140:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF115713=Med27=PU(3.4=8.3)
A:
NA
C2:
PF115713=Med27=FE(14.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
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INCLUSION PATTERN[edit]