DreINT0095007 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000062686 | megf11
Description
multiple EGF-like-domains 11 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060503-252]
Coordinates
chr18:19154371-19158865:-
Coord C1 exon
chr18:19158656-19158865
Coord A exon
chr18:19154547-19158655
Coord C2 exon
chr18:19154371-19154546
Length
4109 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTGAGT
5' ss Score
9.27
3' ss Seq
TTCCTGTGTTCTTCCCTCAGAGC
3' ss Score
11.59
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTACATAAAGGCCTCGATGTGTAGCTCCAGCTCGTGTTCCCTCAATAGTGAGAACCCGTACGCCACCATCCGAGATCCTCCCAGCCTGGCCTGCAAGCACACGGAGAGCAGTTATGTGGAGATGAAGTCTCCCGCTCACAGAGACCTGACCTTCTGCTCCAGCACCAGCACAACCCTCACCACTGCCAGCAGGAACGTCTATGATGTTG
Seq A exon
GTGAGTCTCAACTACAGATGCAAACAGTTCATCGCCATTAGTTAAAGGTCCGTTAAAACTGATAACCTCATCAGTCAGATTTTACAAAGAGGTTTTATTATTTAATGTAGCCTATTTATTTACAAACATGAACTAATAATGAACTGTATTTGTAGATCTCATTTCAACATTTACTAATGCATCATTAACATTCAACGTCATGCTTGTTAACATGCACTGTGAGTTAACGTAAACAAATACTGTAATAAGTGTATTGTTCGTTGTTTGTTCTTGTCACTAAATACATTAACTACTACAATCTAATTGTAAAGTGTTACCACCTCATCTCTTTTAAACATATATGATATCAACAGGCATTTTTAGGTGCACCTAATAAAGAGTTGCTTCATTAATGAATGAATTAGTTGTTCCTTTAATTCATCGTGGCAGTTTGTGGAAAGTGATTTCGATGGTCTGATCAGTTCAGATCTCTAATTACTTGCAATGTGAGTTCTCCTTAGCTGCAATTGGGGAATGTCTAGAAGGGATACAGCTGCGGATACTTGCATAAATATAGCATCATGTTTGAAGCTTTACAACAAGGGGTTGACATTAATAAGATACAATTTATCAGTCATTTGATTAATAATTCTCGTTATAATTACTGTTTTTTCATTGCTGTGAGAATTGGGTTGGGGTGGACCTGGGGTAGGGAACCTATGGCTCGGGAGCCACATGTGGCTCTTTGACCAAAAACATGTGGCTCTCCAGCTGTCTCCCTTCAATAAAAAATTAAAACTGCCACTAAAAATCAGTTTCCTGTAAAATACAAATATAAATGACCTTTTTATTGTATATTTTTACACCAAAATGAATAAGAATAAAAATAAACGGACATTTCAATGCGCATGTGCAGCGCTGTGGATTAACTTGAATGGACACCAATAAAGGTTATGCAACTTACATATGGTATGCGCACGTAAATTCAAACAACATTCATGAATGCTGATGGCGAAACGAAAAAAATTCTCCTTTCTTAATACATGAATTTGCTCGACATGTGATGCTTATACCCAATGGCTCTCTAAAAAAAGCATTTGCCAATAGAAAAACTGAAAGGGCTCTTTGCTGAAAAAAGGCACCTGACCCCTGGGGTAAACAATAATAAAACTCTAGGAATGGGTCATTTAATTATAATGACCCAATTATAATTAAATAAATATAATTCTTGTTATAATTACTGTTTTACATTACTGTAAGAGTTGGGTTTGGTGTAAATGTTATTAAAATACAATTAATGGGTCATTTAATTAATAATTCTCATTATAATTACTGTTTTTACATTATACTGTAAGAGTTGGGGTCGATGTAAACGTTAATAAAATACAATTAATGGGTCATTTAATTAATAATTCTCATTATAATTACTGTTTTACATTACTGTAAGAGTTGGGGTCGATGTAAACGTTAATAAAATACAATTAATGGGTCATTTAATTAATGATTCTCATTATAATTACTGTTTTTACATTATACTGTAAGAGTTGGGGTCGATGTAAACGTTAATAAAATACAATTAATGGGTCATTTAATTAATAATTCTCATTATAATTACTGTTTTACATTACTGTAAGAGTTGGGGTTGGTGTAAACTGTAAGAAAATACAATTAATGGGTCATTTAATTAATAATTTTCATTATAATTACTGTTTTTACATTATACTGTAAGAGTTGGGGTCGATGTAAATGTTAATAAAATACAATTAATGGGTCATTTAATTAATAATTCTCATTATAATTACTGTTTTACATTACTGTAAGAGTTGGGGTTGGTGTAAACTGTAAGAAAATACAATTAATGGGTCATTTAATTAATAATTTTCATTATAATTACTGTTTTTACATTATACTGTAAGAGTTGGGGTCGATGTAAATGTTAATAAAATACAATTAATGGGTCATTTAATTAATAATTCTCATTATAATTACTGTTTTACATTACTGTAAGAGTTGGGGTTGGTGTAAACTGTAAGAAAATACAATTAATGGGTCATTTAATTAATAATTTTCATTATAATTACTGTTTTTACATTATACTGTAAGAGTTGGGGTCGATGTAAATGTTAATAAAATACAATTAATGGGTCATTTAATTAATAATTCTCATTATAATTACTGTTTTACATTACTGTAAGAGTTGGGGTTGGTGTAAACTGTAAGAAAATACAATTAATGGGTCATTTAATTAATAATTCTCATTATAATTACTGTTTTTACATTATACTGTAAGAGTTGGGGTCGATGTAAACGTTAATAAAATACAATTAATGGGTCATTTAATTAATAATTCTCATTATAATTACTGTTTTACATTACTGTAAGAGTTGGGGTTGGTGTAAACTGTAAGAAAATACAATTAATGGGTCATTTAATTAATAATTCTCATTATAATTACTGCTTTTACATTACTGTAAGAGTTGGAGTTGGTGTAAACTGTAAGAAAATACAGTTAATGGGTCATTTAATTAATAATTCTCATTATAATTACTGTTTTTACATTACTGTAAGAGTTGGGGTCGATGTAAACGTTAATAAAATACAATTAATGAATTAATAAATAATATAAAGATTTCTTGTTATGATTTCGTTTTTACATTACTGTGAGGGTAAGAGTTGGGGTAGACATAAATAAATACAATAAAATTAATGGGTAATGTAATATATGACATAAAATGTCTCAATATAATTACTGTTTTTTACATTACTGTGAAGGTTGGGTTTAAGGTTGGGGTTGGGGTAGATGTTAATAAAATACAATTAATGAGTAATTTAGTAAATAATATAAATAATTCTTAATAACTTCCTGCCACAGTTGTATCTGTTCTACCAACAACCCTGCAATTACATTGAAAGATATGGAAATGACTGCTTTATTTTCCAACACAGGGTCTTAATGGTTGGCAAATCACAACAGAGCCATCTGACCAATCAGAAAAGAGTACACTCTAAGAAGGAGGGAGATAGAAAGAATTAATGAATATTTTGCTGCACATTAGACTTTTTATCCAAAATAGCTGTTTATTTTTTATTTTAGTTTTAGTGCATTTAGTAAATGGCCTGATCTGTCAGTTAGTTGCCAGCTGCCTAATATTTATGTTTTATGTCAACTTCATTTCATTCAAAATAATACTTGTAAATGTTTTACACTGTATAACACTACTACACATATACAATGTTTGAGAAAATACATATATTTGTTTCTATATTTGAAGATTATTAATAGCCATTGTTTACAGGACAGAAGGTTTTTAATTTCAGATTCTACATTTTTTATGTTATTAATTGACAGATGATTTCTTCAGCTGTATACAGTATTTGTACAAAACAGCTTAAAAGAAGCTCTTATTACATGTTATGATATTACTAAAGTTAATGACTTTGCGAGGTTTACGATACTCCAATTTGACCACTTTAGTATTAAAGTATTGCTTGTGGTTGAGACAAAATTAAAAGCTAAATGCTAATTCACTCAATGGCACTTTTTAAATTTGCAAGCATGTAAATTTCTTGATAGACTCAAGTGTTTAATAAAGAAACTGAAACTTTCTTTGAGCCGTTTTTGTTGCAGTGCTAAAGATTACCTTACCAACTACACCAGATCTCAAGTTACATCACAATATCTAATGAGAAAACTGTGACAGAGAGCTGTGTATTAGAAGTACTGTGAAATAAAAAAAAATGTAGATGCTAGTTTCAGTCTGTTACATTTAAGGATATCTTTAATCTAGTGTGCTCCAAAACACTGATGAAATTTTTTTTTCCACGTCACCTCATACTTTAGTTTCTCATCAAATCTAGACCAATCAAATGCTTTCTAGTATCTGACATGCCCCGCCCTCTTTAAGAAGCTTCTCATCTGCTTTTCATTTGATGCGCTTGACCTCAACCACTCTCACTGGCAGAGCGCTGATAAAACAAAACACTATTGGCTGTTTATAGGAGCTACTTTGTCTTCTCCTTTTTTGGTCGAGATTCGGTCAAACGTCGAATTTAAAAAATGCACATTTCAAAGCACATCACGGCAGCTTTAAACATCCACTCCTAAAAGATTTCCTGTGTTCTTCCCTCAG
Seq C2 exon
AGCCGACAGTGAGTGTTCTCCAGGGGCCCAACGGTCTGGCCACCGGCTTCTCCCAGAGTCCCTACGACCTCCCTCGAAACAGCCACATCCCGAGCCACTACGACATCCTGCCCATGCGCCACAGTCCCACACACAGCCCACCGCCTCCAGAGAGCCCACCCAGCTCCCTGCTGTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000062686:ENSDART00000147902:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.146 A=NA C2=0.914
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF153301=SIT=PD(51.4=78.9)
A:
NA
C2:
NO
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]