DreINT0098348 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000007198 | mta1
Description
metastasis associated 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-131121-353]
Coordinates
chr17:37623207-37633778:+
Coord C1 exon
chr17:37623207-37623333
Coord A exon
chr17:37623334-37633714
Coord C2 exon
chr17:37633715-37633778
Length
10381 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACC
5' ss Score
8.66
3' ss Seq
CCCTGTGTTCTCTGTTTCAGGGG
3' ss Score
13.6
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGGGAAATGCTGTGTTACTCTTCTGAATGAGACGGAAGCCCTCAAATCCTATTTAGACAGAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000007198:ENSDART00000045583:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.372 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0142613=BAH=FE(29.2=100)
A:
NA
C2:
PF0142613=BAH=FE(14.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]