DreINT0099791 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000009782 | myh11a
Description
myosin, heavy chain 11a, smooth muscle [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050531-1]
Coordinates
chr6:8264326-8271888:-
Coord C1 exon
chr6:8271716-8271888
Coord A exon
chr6:8265521-8271715
Coord C2 exon
chr6:8264326-8265520
Length
6195 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACAA
5' ss Score
7.09
3' ss Seq
GATTTGTTGTGATATTTCAGGCG
3' ss Score
5.76
Exon sequences
Seq C1 exon
GCGGATAAGGCGACCGCTCGAGTCAAGCAGCTGAAGAGGCAGTTGGAGGAGAGCGAGGAAGAGTCTCAGAGAATCACTGCGGCCCGCAGGAAACTGCAGCGAGAGCTGGACGAGGCCACCGAGACTAACGATGCCATGAGCCGTGAGGTCAATTCCCTCAAGAGCAAACTCAG
Seq A exon
GTACAATATGTGAGCGTTTAACCCAAGAGGTGACGTCTAGGGCCAGATTTACCAGCAGCTTGTGTCAGTGCAAACACTGTTTTGGTCTTAAAACCAAAGACACACAGTGATATTTACTTGAGTCAGAAGTATAAGTTTTATATTAAAATAGTTCTAAATTAAGCCAGAGCAGAATATCTTTTAAACAAATCCATAATTCAATGAGTCACTTCATTTTTTAATGTAATTTCAGTTTAGCCATTTTGAATGAATAGTTTGAATGAATGATTCGATGAATGTGCATTAAGACAGGTACTTAAAATTATAGTTCACAAAAAAAGAAATAAAACAATTCTCACCATTTACCTTACAATGGAGTGTAAGGGAGTTGATCTTCTTCTGTTAACCACAAAACAAGATATAGTTTAGTTTAGTTTGTTTATTGACAATATATATAACATTATGTAGAATGTGAGAATACAAAGAATATCAGGACTTTTTAACAATTAGCAAAGACAATAATAATAACAAAAAGAAAAAGAAAAAAAAACCTACTAATACAACCCACAAATACAATAGCCATATCACCCTGCAGCCCAAGACCGGTTACTCACTGATGCTAAGCAGGGCTTAGCCTGGTTAGTACCTGGATGGGAGACCACATGGTAAAACTAGGTTGCTGTTGGAAGTGGTGTTAAAGAGACCAGCAGGGGGCGCTCAACCTGTGGTCTGTGTGAGTCCTAAAGCCCCAGTAAAAGTGAAGGGGACACTATACTGTCAGTGGGCGTCATCTTTCGGATGAGATGTTAAACCAAGGTCCTGACTCTCTGTGGTCATTAAAAATCCCATGGCACTTCTTGTGAAAGAGCAGGGCTGTAACCCCGGTGTCTTGGCCAAAGTCCCTCAATCGGCCCTTATGATCATGGCCTTCCAATCATCCCCATCCACCGAATTGGCTGCTTCACTGTCTCTTCACTCCACCTATAGCTGGTTTGTGGTGAGCGCACTGGTGCTGTTGTCCTTTGGCTGCCGTCGCATCATCATCACCCCGCTTCATAATTGTAAAGCGCTTTGGTGTATGGCCATACACAGTAAATGCGCTATATAAGTACACATTACATTACATTACCCCGCTACCCCTCATCCATACAGGATATAATTGTCACAAATTTTGTCAAAACATTTCTCATTTTGATTATACGTAAAGATAGTTGAAATGGTTGATGGAAATATAGATTAAATTACTAATGTCCAGAATGATGCACAAATAAATTACATTTACATGCAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCTTTCGAAAATTCGAAAATTATGTTTAACAGAGCAAGAAAATTTTCACAGTATGTCTGATAATATTTTTTCTTCTGGAGGAAGTCTTATTTGTTTTATTTCAGCTAGAATAAAAGCAGTTTTAAAATTTTTAAAAACCAATTTTGGGAAAAAATTATTAGCCCCTTTAAGCTAATTTTTTTTTTCGATAGTCTACAGAACAAACCATCGTTATACAATAACTTGCCTAATTACCCTAACCTGCCTAGTTATCCTAATTACCGTAGTTAAGCCTTTAAATGTCTCTTAATGTCGCGCTAATAAGTCAGAGGGGGCTAATAATTCTGACTTCCACTGTATATGATAAAACATTCAATTAAAACAATAACATAAAATAAGAGAAAGTAAAAACAACAAAAACAAACACTATCCAAACTAACAATACTTATAAACAATAGTCAATTATTAAAGTCTAACAGAGGTAATGTGTTCAGAAAAGGTCCCCAAATATAATTAAAGTTGGTGGGCTTTTGTCTGACATAATACAGTATTTTCTCAGGAGTACTATAAGATACAAGCTCATTGATCCAGTGTTTTTTTAGGGAAGTTCTCAGATTTCTGTTTTTGAAGTATACATTTTTAGCTGCAGTGCTTGCAAGCGAAATAAAAAAGCCGCTATGGTAGGTCAACTAAAGTAAACAGATGTATCCAAATTTTAGGATCTGGATCAATTTGATTATTTGATATTTCAGAGGATGTTGCAATGACAAACTTCCAGAATGTCTCCAAAAAATGGACAGCTCCAGAGCATATGAAGAATAAGATATAGTTTAGTTTAAAGGTTTATTATTTTGAATTAATTTATTCTGACATGATATGTTCCTTTACATACAACAAGAATGACACAGTTAACACAGTAAATACCAACACTTAACATCTAATACACAAACAGAAACTAAAATAGTAAATAATAATAATGATAAAAAGATATAGTGAAGAATGTTGAATAAAAAAAAACATAGTGAGTACAAAAATCTCTGGATGTCAATGACTTCTTTTTTTCAACATTTTTCAAACCAACTTCTTTTGTCTTCAAAGGAAAAAAGAAACTCAAACAGGTTTGGAACAAGTGAATGCAGATTAAATAAAGACAGAAATTCCATTTTCTTAATGAACTATCCCTTTAAATAGGGTTTGTCAGAACAATTACGGAAATTACCACCAAGTGCCCTTTTAATACAAATAACTATAAGGAATCATTAATCATCTCTAATTTTGTGTTCTCATATATCAGTAAAATATCCTTCAAACTAGGCGATGCAGTGGCGCAGTAGGTAGTTGGCTCAGTTGGCGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTGCGTTCGGTACTTTGGTTTCTCCCACAGTCCAAAGACATGCAGTACAGGTGAATTGGGTAAGCTAAATTGTCCGTAGTGTATGAGTGTGTGGGAATGTGTGTGTGGATGTTTCCCAGAGATGGGATGCGGCTGGAAGGGCTGCGTAAAAATGTGCTGGATAAGATGGCGGTTCATTCCGCTGTGGCGATTGCAGATTAATAAAGGGACAAAGCCGACATGAAAATAAATGAATGAATGAATCCTTAAAACTGCTCCTGTAGTCCTACTAGGATGTTTTCAAATTTGACTAAGTAGTGACCTCAATTTAGGAAATTTGATGGTTGATTTCTAATTAGTATCGCTCTTCTAATAATTTAGTAAATCTGGCCCTTAATATCTAGAAAGTAGTGAAATGCTTGGCCAGTAACTTCTACAAGACCGAGCTTTCAGCAGATTCTCAGCACTTGTTTCCCAGATCTCTTCCTTTTATAAACTGCAAACCCAAGATTGTCTATCTCTGTTGCAGAGGCAATCCTGAACCCACACAGTGACTATGCAGGTACCTCTGTGCTCAAAAGTTTGACACAGAAGATGTACTCTTCACAACTCTTTCCTTTTACTTGCCACAATATATACTGTGTTTCTTGCCAGTGAGAGTGAAATATGGTTTATTACAACTCTTTTAATGTTTCGTAAAGCGCACACATGAACTTAAGCAATAAATAATTTGTTTTACTTTGTCATTTACTCATACTCGTGCCATTGCAAAAACTTTCATTCATCTAAAAAAAAAAGTTGAATTATATATATTTTAGGACAGCAGAACACTTAAGGTACCTACAGTAATTATATTATAACTAAAAATTAACTAAAAAATATCAAAGTTAAAGCTAAATGAAAATACACAGAAAAACCTAAACAAAAAATAAAATTAAATAAACACAACGATAGGCGAAGCAGTGGCGCAGTAGGTAGTGCTGCCGCCTCACAGCAAGAAGGTCGCTGGGTCGCTGGTTCGAGCCTCGGCTCAGTTGGCGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTGCGTTTGCGTGGGTTTCCTCCGGGTGCTCCAGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGCGGTACAGGTGAATTGGGTAGGCTAAATTGTCTTTAGTGTGTGAATGTGTGTGTGTATGTTTCCCAGAGATGGGTTGCGGCTGGAAGGGCATCCGCTGCGTAAAAGTTTGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCCACTGTGGCGACCCCGGATTAATAAAGGGACTAAGCCGTCAAGAAAAAGAATGAATGAAACACAACAATAGTATTTTAGTAATCGTATATAAGCATATAATTAGTCTTTTTATTATTAAATAGCAGCTTATATTGGACCATATTTCCCTCTTCGCTCTCCAAGCATGGTTCAGTTTTCTGAACCAGCCTCGTTTAGCCTGTTTTCAGGTTTACAAATGAGGTTTTAACGCTGCCTTTAACCTCTTACAACTTTACTTTAACAGATTCCTTAACCTTAACAAACCTTAACTGATCCCACGTTCTGATTCCACGTTGTACTGTAAAGGATGCTTGTGACTGTATTCTGATGGCATACCAATACAATACAACATTTTGTTATTTCTTTGCATTAGTCTAATGCTATTGTCAAATGGCAATTTTTAAAAATATTTTTATATATAAATGTTTATTTCAGTGAAGTATCTGAAGTATTCAGTGTCTTCTGTGTTTCTCAGCTGTACGCTTCATGTCTCAAATTTTGAAATGTTACCATAGTAATAGTCTTTTTTAGTTAAATATATGTTTTTTATTAGGAAATAATTTATATTAATATTTCAGATTAAAAAAAAACATTTATAAAATAAAATGTATAGGGGGCGAGGCAGTGGCGCAGTAGGTAGTGCTGTCGCCTCACAGCAAGAAGGTCGATGGGTCAAACCTCGGCTCAGTTGGTGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTGCCTTCGCCTGGGTTTCCTCCCGGTGCTCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGTGGTACAGGTGAATTGGGTAGACTAAATTGTCCGTAGTGTATGAATGTGTGTGTGGATGTTTCCCAGAGATGGGTTGCGGCTGGAAGGGCATCCGCTGTGTAAAAACTTGCTGGATAAGTTGGTGATTCATTCCGCTGTGGCGACCCCAGATTAATAAAGGGACTGAGCCGACAAGAAAATGAATGAATGAATAAAATGTATAGGTCTACGTATATAATATACATATTATCCAAATTTGTCCATACTTACAAAAATAATTAGCACTGGTCTCATCAGGAATAGTTGAATGAAACTTAACTAGTAGATCTGAAAATGA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Seq C2 exon
GCGAGGCAATGAGACGTCATCCTTCAGCAGCACACCGAGACGTACTGGAGGAGGAGGCCGACGGGGAATCATCGACAGCTCGGATGCTGCGGAGGATGATGCCGACATGCAGAGCGATTACAACGGAACCAAATCTAATGAATAAACATCACCTTTCAAAATACCTTCTAGTCAAAAAACCAAAGTCTACTTTTACATGGGTCATTATTTAGTTTCTAATATATTTGTTTGACCGCAACAAAGCACTGCGCTCTGACTTGGTATTTGGCCAGTCATGATTTCTATATTTTTATTTTATTTTATTAGCAGTTATAGTTTTGTTAGCTCATTTATCACAACCCCCAGTTTTTACATTGATCGTTGTGGATGCAGACCTTCTAAAATTTCATCTAAACAAGTGTTTTGTTTATTAAAAACCTTTTTCTTAGTTAAAAACCTGGTGGTTTTTAGAGTTTACCTTCACTCAGATTTGAGGTAAAATATCTTCTTTGTTTTATTCTTTCATGTCTCAACTGCAGGTAAATGACTGTTCACTGTTTTTACTGCATAATTTCCTGCACTTTTTCATTTATTTGCTATATATTCCTGAAATACAGCTTGCACAAGCAACAAAATGGATCGTTTTGAGGAATTCTGGAGGTCATCGATTTTTTTCTCCCAATTACCAGTGTGTCTTGGTGTCAAGTTTTTAGTTTTTAATTATTACTGTAGACACCGAGTACTTTTGGATGCTGAAATGAAATGTATTGATATTTACATGATATCAATGAAGGCATGTATCGTTCCTGAAAAGTAGTTATAAAATATAACATATGGAAATGTTACCTCTTTATCATACAGTCAGGTACCTTTGAAACCTCTGTAGTTTTTTTTTTTTTATATAGCATTTTATGTTCCCTCTGAATGTTTGCTTAAAGTATTTTCTTAAAAACCGTCAAATATTATGGTTATTATTTGCCTAAAAGTGTTTCAATATTTGTAACAGACTTGCAATTCAAATTCATGCCGTCGATTAGAGATCTTTTGACATAGAATGCCTGTAAAAGAACTTTGAAAATATATAAATATATATAAAGTTTTATTTTTCCAATACGTTCACTTGGCACAATTTAAAGTACATTGGGAATGCCATGTCATTGGATTTATTCACTTCCATCTAGTTATTTGTGAAACCACATGCACATGAAATAAAGTC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000009782:ENSDART00000041142:40
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0157614=Myosin_tail_1=FE(6.7=100)
A:
NA
C2:
PF0157614=Myosin_tail_1=PD(0.1=2.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]