DreINT0101075 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000044632 | myo7ab
Description
myosin VIIAb [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-091110-4]
Coordinates
chr21:22202337-22215789:+
Coord C1 exon
chr21:22202337-22202489
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr21:22215605-22215789
Length
13115 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TATGTAAGT
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6.69
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3' ss Score
3.76
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000044632:ENSDART00000148019:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.077 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=PU(4.3=53.8)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(9.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]