DreINT0106173 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000100940 | nr5a2
Description
nuclear receptor subfamily 5, group A, member 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-990415-79]
Coordinates
chr22:22645301-22682009:-
Coord C1 exon
chr22:22681782-22682009
Coord A exon
chr22:22645421-22681781
Coord C2 exon
chr22:22645301-22645420
Length
36361 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGT
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
ATCTGTCACTGTCCCCTCAGGTT
3' ss Score
10.48
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTGACGACCAAATGAAGCTTCTCCAGAACTGCTGGAGCGAACTCCTCATCCTGGACCACGTTTTTCGGCAGGTGATGCACGCCAAAGAAGGCTCCATCCTCCTGGTCACGGGGCAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000100940:ENSDART00000166794:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.135 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127822=Innate_immun=WD(100=40.5),PF148411=FliG_M=WD(100=13.8),PF0010425=Hormone_recep=PU(21.7=19.8)
A:
NA
C2:
PF0010425=Hormone_recep=FE(18.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]