MmuINT1024524 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026398 | Nr5a2
Description
nuclear receptor subfamily 5, group A, member 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1346834]
Coordinates
chr1:136890683-136941049:-
Coord C1 exon
chr1:136940409-136941049
Coord A exon
chr1:136890803-136940408
Coord C2 exon
chr1:136890683-136890802
Length
49606 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGT
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
CCTTTCTCTTTCAATTGCAGGTT
3' ss Score
12.92
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTGATGACCAAATGAAGCTGCTTCAAAACTGCTGGAGTGAGCTCTTGATTCTCGATCACATTTACCGACAAGTGGCGCATGGGAAGGAAGGGACAATCTTCCTGGTTACTGGAGAACAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026398:ENSMUST00000027649:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.163 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0010425=Hormone_recep=PU(21.8=21.5)
A:
NA
C2:
PF0010425=Hormone_recep=FE(18.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types