HsaINT0115676 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000116833 | NR5A2
Description
nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:7984]
Coordinates
chr1:200048172-200111321:+
Coord C1 exon
chr1:200048172-200048818
Coord A exon
chr1:200048819-200111201
Coord C2 exon
chr1:200111202-200111321
Length
62383 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGC
5' ss Score
9.55
3' ss Seq
TGTTTCTATTTCTTTTGCAGGTT
3' ss Score
12.3
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTGATGACCAAATGAAGCTGCTTCAGAACTGCTGGAGTGAGCTCTTAATCCTCGACCACATTTACCGACAAGTGGTACATGGAAAGGAAGGATCCATCTTCCTGGTTACTGGGCAACAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000116833:ENST00000367362:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.136 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0010425=Hormone_recep=PU(21.7=21.3)
A:
NA
C2:
PF0010425=Hormone_recep=FE(18.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development