DreINT0106978 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000076748 | ntn2
Description
netrin 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050310-2]
Coordinates
chr24:38842010-38844033:-
Coord C1 exon
chr24:38843980-38844033
Coord A exon
chr24:38842085-38843979
Coord C2 exon
chr24:38842010-38842084
Length
1895 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTAGT
5' ss Score
8.02
3' ss Seq
AATGTTTGTTTGTTTGTCAGATT
3' ss Score
8.01
Exon sequences
Seq C1 exon
AAATCCCGGTTATCAAGCCAACGGCTGTGATCAGCACTACAGAGGAGCCTGCAG
Seq A exon
GTTAGTGCACACACACACTTGTTCAGAACAGAGGTAGTGTGGCTTAGTTCTGTATGTGTGTGTGTTTACTTTTTAAAAAAGGGGCGGAGAGCTCGCAATCTGTCCTTGTCATGATTGAAAATGAATCAGAGGTGTGTGAGAAAGCAGAGAAGTCAAGGAATTGTGTGTGTATTTTCAAGCACTCTTCTGGGTCAGTGAACACTTCGCACTGCCTGACACACATACACACACAGAAAGAGAGACTAATGTCATGCCAGCTATTGCAGACCCTCTAGATTCTCACAGTACCCTGTTAGAAACACCAGCACAGCTCTCTGAACTCGCCAGCAAAAGCCTTTCATTAAAGCAACTTGCTCGCTGCTTAAAAATACGGTTAAAAATCTAAATCTTTTGAGTTTAATAGTGTTTAAATGCTGATTGGAATAAAACTAGCAAAGAAGTTCAATGCTGGTTTTAAATACAAAGTTCTGTGGTGAAACTCTATGTTGATCGGCCACACCTAATATTCTCTTATGTCATTAACCTATAACACTAACATGTAACACTACAGGTTTGGCCTCAGCGTTTTAAATGCCTCTGTGTTGTTTTATGACAGCATGTGCCGCGTGTTTTTCAGAGGCCCTCCTCCACCCCAGCTCCACCTGTGTTTAGATCTGCTGTGAGGGTTACAAAATTATTCATTTTTTTAACTTTATTTTTCATTTATTTTTCAAAATGGTGTTTAACAGAGCAAGTATTTTTCACAGGATTTTCAATATTTTTTCTTATTTATTTTATTTAAAAAAAAATTATATAATTTTATTGTTTTTTTTTTATTTGGATGGATTGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGAGGGAGAAACAGACTGGAGGACAGAAGGATGCATGGCCTTATAGATGGATATATGAATGGATGGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGATAGATAGATAGATAGATGGATAAATGGATGGATGGATGGATGAATGGATGGATGGATGGGTAGGTGGATGGTTAGATGGAAATATGGATGGATGGATGGAAGGACAAATAGATGGATATTTGGATGGATGAACGAATGGGCGGATGGATGGATGGATAGATAGATAAATGGATGGGTGGGTCGGTGGGCGGGTCGATGGTTAGGTAGGTAAGTAGGCGGGTGGATGGATGGATGGATGAATGGATGGAGGGACGGACAGAAGGATGGACGGCTTGATGGATGAAAATATGGATGGATGGACAGATAGATACATGTATATGGATGAATTGATTGATTGACTGATTGATTGATTGATTGATTGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATTGATTGATTGATTTGATTTGATTTGATTTGATTTGATTTGATTTGGTTGATTGATTGATTGATTGATTGGTTGGTTGGTTGGTTAATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATTGATTGATTGATTTGATTTGATTTGATTTGATTTGATTTGATTTGGTTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGGTTGGTTGGTTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTAATTGATTTGATTTGATTTGATTTGATTTGATTTGATTTGATTTGATTTGATCGATTGATCGATTGATTGATTTAAAATGTGCAGTTGAGTTCTCAGTGCTTTCCATTCTGGTTTTAAATATGTTATCATGGACTCACAGCATGCTTTCATGTAATCTCATTTAAATGTTTGTTTGTTTGTCAG
Seq C2 exon
ATTGTGACTCTTACTGTAAACCACTGAAGGGAAATCTCAAGATAAACATGAAGAAATACTGCAAAAAGGACTATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000076748:ENSDART00000154461:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0175916=NTR=PU(7.3=30.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]