DreINT0107571 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000016212 | nup214
Description
nucleoporin 214 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-110203-3]
Coordinates
chr5:71160328-71161572:+
Coord C1 exon
chr5:71160328-71160413
Coord A exon
chr5:71160414-71161485
Coord C2 exon
chr5:71161486-71161572
Length
1072 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTAGA
5' ss Score
5.94
3' ss Seq
TGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCAG
3' ss Score
-7.17
Exon sequences
Seq C1 exon
TCTGGACAGTGAGCTGGAGAGTCTGAAGGACGCCCTCCTGAAGGCCAGTCTGGAGACGAGCCCTAAAGCTCCTGCTAAATCTCCAG
Seq A exon
GTTAGAGATTCATGAGTTACGGTAGTGAAGAAGAGCTGCTGTTTGTGAACGTGCATGTGTGTGCATGCATGCATTGTGTGTATGTTTCTGCTTGTGCTTTTATGTGTGTTTGCATGTGTGTTTATGAACCTGTGTATGTGTGCGTGTGTTTGTGTTTGTGTGTTTGTGTGTGGGTACACCTGTGCTTTTATGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTGTGTGCGTGTGTGTGTGCGTGTGTGTGTGTACATGTTTGTGCTTATACGTGTGTATGCATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGTGTGTGTGTGCACATGCACTGTGTGTGTGTACCTGTGCTTTTGTGTGTTTGTGTGTGGGTACACCTGTGCTTTTTTTTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCATGCACTGTGTGTGTGTACCTGTGCTTTTATGTGTGTATGCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTACATGTTTGTGCTTATACGTGTGTATGCATTGTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACCTGTTTGTGCTTTTATGTGTGTATGCATGCATGTTTGTAAATGTGCATGCATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACCTGTTTGCGCTTATGCGTGTATGCATGCGTGTTTGTAAATGTGCATGCATGCATTGTGTGTGTGTAAGTGTGTGTGTGTGTACCTGTTTGTGCTTATGTTTGTATGCATGTGTGTTTGTGAATCCGCAGGTGTGCACATGGATGTTTGTCTTTCAGTGCGTGTGTGTTTGTGTATGCGTGCTTGTTTGTGTTCATGTGCGTACATGTTTGTGTACATTTGTGAGCGTGTGTGTTTGTAAACATGTCTATGTGTGTGAACATATGTGTGTTTGTGTGCATGCGTACGTTTGTTTATGTGCATACATTTTTGTGTAAACGTGTTCATGCATACGTGTGTGCACGCGTGCGTCCTTGTGTGTATTTGTGTGTGTTTATATGTTTGTTTGTTGAATTGTTTAATTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCG
Seq C2 exon
CAGCTAAAATGACTCCAGTCAAACAGTCTCAGCTGAGGAACTTCCTGTCTAAGCGTCAGACTCCACCGGTGCGCTCCACTGCTCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000016212:ENSDART00000115182:22
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.767 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]