DreINT0111780 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000051915 | pde5ab
Description
phosphodiesterase 5A, cGMP-specific, b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060824-4]
Coordinates
chr7:57289850-57299708:+
Coord C1 exon
chr7:57289850-57289996
Coord A exon
chr7:57289997-57299582
Coord C2 exon
chr7:57299583-57299708
Length
9586 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACCT
5' ss Score
8.49
3' ss Seq
TAACATTTTCCCATTTGCAGAGT
3' ss Score
9.6
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAGCTACGATCCCCTCCGCTCAGTCTCTCAGACTGATGGACTACAGTTTCAGTGATTTTGACCTGACAGATGCTGAGACGACCCAGGCAACCATCCGCATGTTTGTGGACCTCAAGCTTGTGCAGAATTTTCAGATAAAGTACAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AGTTTGTGTCAGTGGATCTTAAGTGTCAAGAAGAACTACAGAAAGAATGTGGTCTACCACAACTGGAGACATGCCTTCAACACCTCCCAGTGCATGTTTGCTGTGCTGAAGTCTGGCCGTGTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000051915:ENSDART00000138188:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0023314=PDEase_I=PU(9.6=54.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
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Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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R:
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INCLUSION PATTERN[edit]