DreINT0113285 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000078050 | phf19
Description
PHD finger protein 19 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081105-128]
Coordinates
chr8:12326774-12335651:-
Coord C1 exon
chr8:12335582-12335651
Coord A exon
chr8:12326860-12335581
Coord C2 exon
chr8:12326774-12326859
Length
8722 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AACGTAAGC
5' ss Score
7.35
3' ss Seq
TGTTTGTGATGTCATTGTAGAAT
3' ss Score
6.2
Exon sequences
Seq C1 exon
TAACTCTGATCCTGCAGAGAAGCGGAGGAAGAAGAGGGCCAAGTGGCTGCTGGAAGATGCTATTCCTAAC
Seq A exon
GTAAGCTTTTCATCTGGGTAACACTTCATTGCCACACCAGCCGTATAGCATGACCTTTCTTGTCTGCTGTCTTACAGTGTGTGTTACAGTGACCACTGCTCTGTAATAAAAGAAGGTTCTGAGCTGCATTGTTGCACAGCCACTATGTTAAGACCAACTGGATCTTGTAATCAGTTGTATTTTAGAGGAAAATTAGTTACTGACCAGTCTTAGATTGAGGAATTCCAAGCAATGGATGCCAATGAACACACATACTCAGAATTATTAGATTTTTTAACATTATTTTTGAATGTTGTATGAATGTATTTATTAGTAGGGCTGGTCGATATGGCAAAAATACAATCTCGATAATTATTTTCCATATTGAACGATAATGATATATATTTCAATATCAGTTGTTAATGCTTCCAGTTTTAAAAGTTTCCCAACAAAGACTGAAGCCACAAATAAAAAAATGAGGGTCCATTACATGGTGCAACATATTTTCTGACAAAAATATGGTGCATCTGTGTAAAAATCTGCTGTGAGATTGGCTCCTAAATCAATATAGAGTAAAAAATTCCAGAACTTATCATTTTATTGACATAAAATGTATTGTGATTTGATATACTGTAATATTGTTTATCAACCCAGCCCTATTTATTAGTGGTTGATTCATTGATACCTAGAGAGGTCAGTCCAGTGGATATTTGCTCATACATTAAAATTCAAAAGTGGCCAATAAGATTTTATTTTATTACTTTAAAAAAGTATTTTAATTAGATAAAAGTGACAACAGTAACATTAATTTTACAAAACAATGCTATTTCAGTTGTTTTTACCATCCTGTTTATCAAAGTATACTTCATTGATATATAAATATACTTCATAATTCAAAATTATCCTTCATTCATTTTCCTTCAGCTTAGTTTCTATTTGAGGGGTCAATACAGCGGAATGAACCGCTAACTATTTCAGCATTTGTTTTACACAGCGGATGCCCTTCCAGCCATACCCAGTACTGGGAAACACCCATACACACTCATTCACACACACACTATGGCCAATTTAGTTTATTCAATTCACTTATACTGCATGTCTTTGGACTGTGGGGGAAACCAGAGCACCCAGTGGAAACCCACACCAACACAGAGAGAGAACATGCAATCTCCACACAGAAATGGCAACTGACCCAGCCAGAAGTTATTAATAGTCTGATAAATAGTCTGATAGTCTGATAACTTATTAATAGTCTGATAAATATACATCTTCAAAAAATAAAATTGAGAGCCTAATTACGAAAACTAAGGTGAACCAAATACAGTGGACAAATTATTTTAGATAAAATTCTTAACTGCATAAAACAAGAAAACATCAAAATCTTTCTTTCCATTTACAAATTGCCAAAATGGCACCAATCAAAATTCTTAAGGCCAGCAGCACACAGCTAAACTGAATCAACTGGCAGAAATAGTCCATAATTTATTGGCTTAAAGATATCAGCCAAATAATTTTCTTGCTGAGCCACTAAAGCTGAAAAAAAAAAAAAAAAATTTATTGGCTGATACCAGTATAGCTGCTAATATAATGCACAGCTGTGGTTAGAACAGCCTGATCTCATGAGGAAACTTAACTGTGGTAGGGAAGCCATGATCGAACACCCGAAAAGTAGGGGGGCAGGTTGAGACAGTGGCGGCTACTATTTACCTGAATCGCCGACCCTGTCTTCTTTTTCCCACAACTAAGAAGAACCTTATCACAGTGGTGCCGAAACCCTGGAAATAGTAAATAGTAGTTTTTATTTTTGAATGAAAAACTATTTAATTATTCATGAGACCTGCCAGACCTGCCAGTGTTAAGCTCGAGCTGAGAGATACGGAAACCACGACACAGTATTTAGCCGTTCATGAAGGCTCATATGCGTTTGTTTCCATCATCCACGGGGTTTGTTGCATGCTTTCCCCCGCGATCTTGTCAGGGCCGATCATACAGCAAAGCTGTGTGTGTGCTGCAAGCATTTTTATCGGGAGAGCAGCACGAGAATTAGAGAATGGCGGACGCTGTCTTTAATCAGGAGTTCGTTCACATTCAGACACATCGCCGTGCTGCTGTGTTTGCCTAAATCCTCCAGATTACCAGCAGGGTTAATGGTTAAAATAGACGGGTCAGGAGACCTGCTGCACTGAGTCTGCTGGATACGGGGATTGAGGGAGAAGTCCTCATTTATAGTGTTTACATGAACACGATTATCTTTATAATGATATAAATTGTGGTTGTCTGTATATGAAATTACGAATAACAAATGTAGCAGGGCATTAAATCACTGTTCATTTCTTTGCATTTTAACTATGTAAACTATAAACTCATGCGTCTCCTCTTTGTGTCTCATTTTGTGAGCTAACTGACAACAGCAGTTATTCGCTCCCCTTCTCCCCTGCTGGCCACGCCCACTCCTGCCCGATGCTCGCGGAGCTCCACGCCCATTAATCATGCATCTTTTGAAAAAATTCTGAAGTAGACTTTAACCGAAAGAGGGGGGTGTCATGGTCCTTTAATGGCTCATTCGTAGTTCGAGCTAATTTGTACAAAAATATATGATTTTAAAAAGGAGGCATGGCCACAAACCCCACCCCTAAACCCATCCGTTATTGGGGGAGGAGCAAATCATACTAAATTTATGAATGAGATCATACAAACTCATACAAATTAGTCACAAAATCAAAGCTTTCAATTGCCGTGAGATAGCGTTGTTAGAATTAGAGACTATTTTCAAATTCATTTAAAAAATGTACCAAAATTCAAGACTTTTTGGGCCCTATCATACACTTGATACAAGATGCTATTTTCAGACCAGCGCAACCCTAATTTCCTCGTTTTGCACCACGCTGTTCATGGGTGTTCCAGTCTAGAAAGGAGGTGTGTTAAGGCACATTGTTGGTGCGTTGCTGTTTTGAGGAACTAAAACAGACTAAAAGTCCAGCGCAGAGCATGTTAGTTCTGCTCCTTAAACGAGTACACATTGCCTAATACACACAGGATGTACAGCAATACGCAAATATCTTTTCTTATTATTTACTACACAAATATAAAAACCACTGCCTCCATGCCTTCTTTATCTCGGGGGGATTTTCAAAGTGTATTCATGACAATTTGCGTTTGTATAATGTTATTATTAGCAGTATTATTTATTATATATATATATATATATATATTTATATTTGTTTTAACCTGTCAGGTTTTGGACCATACGGGACAAAGGACGTGTGTTTGGATGTAACTCTTTTTTTTTTTTACCACATTTTGTTATTATTGTTTATTTATGTGTTTGCTGGAAATAACTGAATTTAGAAATAGTTTTGAAAAAATCATTGCGCTTAACAAACAAAATAAATATGTAGGCTAATACATGTCTTTAGTGGAGTGTGTACATCACCGAATCCTTATCCATGAAAGTAAAGAGTAAAAGTAAAGTAAAGAGAAAGTAAAGAGGCCGAATGGAGGAAGTTCGATCTTTATCCTCATAGATGGCTTGTTTAATTGTTTTCTCACTAGTAAAGCATTCAGTTTTTCCGCTTACAAAGTCCGCCATGTAAATAGCAAATGTGCACAATGAAACTGACTCTTAAGGGAATGGGAGATGAGACTGATTGTTATAACGCACGTTATAATTAAAACATACCCATAACTCAATAAGAGAATAAGCACAACTCTGATAGACCATGCGCTGCGGTGCAGAGGCTATTGTTCCGTCCTTAAAATAGCAAAATTAGATTCAGACACGCTTTTGTGCCACGTGCTTTAGATTTTGCAACTAGATCATTAAAACTTTAGTGCAAATGTTGAATGACAACATAAAACATTATCAAAACTGCTGAAATTAAATTGTCCCTAATTTTGATCAAAATAATTGAAAACTCTTAGAAATCCTTTCACAATGTTGTTAGTGTCTTTACTTAACTGACTTAAATATGCTTGAATTACCACTTCAAGTACAGTTTTAATAATTTAACCACACATTTGCATGTTCAATGACATTGTTCAATGTTCATTAGTCAATACGTAAACAAATATATATACATATACGTATACGTTAACATATACACATGTATTTTGTTTTATTTAGATGTTCTTTTTTAAAGTATTATAACGTTATATTTGATGCTTTAATTAATTATTAGCTTTTTATCAGCTCAAAAACCCCATGTTGGGAAACTTGACCTAGCTGATATATTGATCTATCACTAGAACACACACACACACACACAGACTAAATAATTCAGTTCGTGCAGTCCTCAGATTCATGAGCAGGCAAAGTTGCGCTATATGCTTGACCTGTCAGTGCAAATCCTAGCCTCTCATATTCAGATTGTATTTTCTAGCACTTCTTAAAGTTTCTCGAATCCCTCACCAGCTTGCCTTCATGCTGCCTGGTGAATTGCTGCTCATTTTTTTTAAGCCATTTCTCCTTAAGGTTTGTTGTATGCAGACTTAAAGCCGATTTAAATATGACCTGTGTGAAGTTTTCTCTTCGATATCTTCTCCTGGCTTTCTCTAGCATGTCTCTGCACCCTGTGGTGATCCTCTTTTTGTTTTGTGACACCTGCTGCCATGCAGCCCCTGCATTTCTCCTTATTTTCTGATGTGTTGCTTCTTCTCTCCCTCACTTTTTCATTCATTTTTTGTGAAGCTACATCGAAAGCTAGGCTACAAGCTACTATGATCTCAAGTAGTTGCTCTCTAGGCTACGTTTACATGACACTGATGAAAAAACAACGTAAAAAGTTTTTCCCCTTGTGTTGTAGAAAAGTTTCACATCTACAGCACAACGTTTACCAAAAACGACCAAAAGCTCTGTATTGCATATGTTAGGCTAGTATTTAGCTGTTACGAAGTGGCTGACACAGTGGGATCCATTTGCAGTATTTTTATTAAACACAGTTTAATAACAAATAGCACACAGATGTAATGCGTGTGCGAACTCACATCAAACACAGTAGTATATGGTCGTAGGCCTCGTGGCA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Seq C2 exon
AATGACCTCACCTCCAGCTGGAGCACCAACCATCATATGGCCAACATCTTCGACTTCACGCTGGACGAGCTTCAGAGCTTGAAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000078050:ENSDART00000142150:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.667 A=NA C2=0.138
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]