DreINT0114190 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000060841 | pik3c2a
Description
phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase, catalytic subunit type 2 alpha [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030328-39]
Coordinates
chr18:27063896-27069759:+
Coord C1 exon
chr18:27063896-27064038
Coord A exon
chr18:27064039-27069570
Coord C2 exon
chr18:27069571-27069759
Length
5532 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTAAGT
5' ss Score
10.75
3' ss Seq
TGTTTGTTTTTTTCCACCAGACT
3' ss Score
9.08
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTGACTTCCCCAGTCCAGCGGTGGACGTGCTCTATGTTGGTCCTCAGGAGAACGGCTGCCCCAATCCTCAGTCTCTAGACCCACTTGATCAAGACGATCGAAGTGAGATAGAAAAGCTGTGCGCACGAGCATCTACTTTCGG
Seq A exon
GTAAGTTTAAATCAGAAAAAGACCTCATGGAATAAAGTAGGTTAGCATTACATGAAGGAAATGCCATTGTTTGCAGAAGAGAAGGGGAAAGTTTTAGGTAGCATCAGGTTGTAAGATTTGATTCTGGCTTTTGGCAAGTTCCCTTATCAGAAAGATTGTTATGATAACAGTCCCATGTTCGTTCTGTCTTGTTTGAGCATCAGACACTCCATAATAAGCCTAAGTAGCAGATGAACTGATCGTGATTTGAGAGAGGGAGGATAATGGAGACTTTCAGAGTATAAAGTAATTAAATCAGTTCTGCCTAGTTACTTCAATTATATGAATCCCCTTCAGCTTATCTCATTTAAGGGTTTTAATTGGATTGAAGTTATTTGACTGAGTTTTTCAGGATATAAAAACATTTGTTTAAGCATCATTGACTTTATTAACACAGGTCACACAGCAGCCGAATGCAGTATTCAGTTGTTTTTCCACTGACAAATACAGTACTGTCTAGACCAGGGGTGTCCTGGTCTAGACCCTCCATGAGCTGAGTTTGACACCTGTGGTCTAGGCGTACAACAAAGTGCAGTAACTGTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTCTCTTCTGCTCACCAAGGTTGCTTTTTATTTTACCAAAAATGTCCGTAAAAACAGCATTATTACAAAGTATTTTTAGAGATAGAGAATTGCGTTTCGATGTGAGATGCGCAATATGAGATGCGTTTCTATACGAGATGCATTTCTACATGAGTATATTTTAAATAAAATTTTATTATTGTGATGGTAAATCTGAATTTACAGATTCTATTTATCCTCCAGTACCATACTTTAGTGTCACATTCTTCATAATTTATTGTTATATGCCAATTTGCTTTTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTACTACTACTACTACTACTTGTAAAACTTACTTGAACCACAGTTGTGCTTCAAACTTTTTTGGAAACTCAACAATACATTAAGTAGTACTGACATTAAACATCACCAGGTTCTTGTGTATATGGAAGCCTGTTTTTTATCTTCCAATTCTGAGACTAAGATATGCAATTTTAGATTTTTTTCTTGTAATTTAGTGTTTGTTCCTAAACCCCCTGGGGTGGAAGACCGCATATACGTATTTTGATCTGTAGTATCGTCAAACTGCTGAAATGAACTTAAATTACAGTTTTAGTTTTGATCGTACAGATAAGATCAATACATCAATCAAATCTGTTATGTGTCTACTTTTTGTTGTGTAAACTCACACCAACAACAAACGTGTGTGCTTTTGCAAAATAAGGAGAACAAACAGCGTAGGCATTCTGTCTTTTCTCTCTCCGTGAACTGCTTTTAGAAGCGCGTCAGTAAAAATTTGCTGAAACTTCACGAAAGCAAAAAACAGATGAGACGTGTATCTCTAGAAAGCTTGAAGTGTCTACTTTTAAATGCAGCTATGTTGAAAACAAACATTGCTTGATGAAGTAATCAGTATCAAACCAATGCTATGTCTAATTGTCTAAAGAGAGCTTAAGTAGATAAGATGTGCTCCGAGTTTCCTCAGTAATGCGAGTAATGTTGGTCTGTGTCATGCTGACAAACTATTAGATGACGATGTAGCCTTCAACTTCACAAAACTGTATAAAAACGCTACAAAAGTGGACCAAGATAAAAAATAAAAAAAATCCTGCGTCTGTCAGTCTCCGCTGATGTCAAGAAGAAGGCTAGGAGTTACAGTGAAATACTGCCTTTTTCTACATTTCTGCTACATTTCTACATTTCTGCTACATTTCTAAGTGTCCTTTGTAAATTTATTCTTTAAATAATTTCTGTGAATACCGAATGAGAGGATGATAACTTGCGCCAAAAGCTGTTGTGATGCGCGCAATGAAACTCATGATGAATCATTCTTGAAAATAACATTGCTCTAATATGAGATTACCAAAACTAACTCAGAATCTTATTATTATTAATCAATCTTTGTATTTACTATTCCATATATTTATGATGTGTGTGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTATATACAGGGCTCGAAATTAACTTTTTTACTTGGTAGCACCGGTGCTCCCAACTTCAAAAATTTAGGAGCACCAGAAAAAATTTAGGAGCACCCACCAAAAATGATTGAACACCGCTGCAAATTGTATTTTAAGGGATTTATTGTATTTTAAAACAACATCAATTAGGACTAACAAAAACCAGAAACAACTATCTAACTAATGCTGAGATGACATTGATATTTGTGTGCAATAATTCCAAAATGAATGTCAAATAATTATAAAATATTAATGATGTTGAAAATGACAATAATAGTAACAATGAATTACATTTGCCATCATCATGCTGCCTTAAATGTGCTTGAATGAATTATGAAAAATAAATGTATAGTTTGCATCAATTAAAAATGAAGCATTGCAGTAAGAAATATTTATTTTGTACTGCTGTTTATATATGCATGTCAGTTTGATAAATAATATTTCTGCTACAAAACAAACAAAAGATTATAATAAATAATTAAATTCAAGGCTGAAAGCTGCAAAACAGTCATCAGTAACTAAATAAAAAATAATAATATACACCTCAAGAAAGAATAGACAAAAGAAAGTAAGTAAAGTCTCACTTGTATCACTCTTTAAAAGTTTTGGTTTCAGTTTGTGTCAATTTAAATGTTCAGTCTGAGCTGATTTTCATTTTCAGGTAGAGCAGGATTTTTGCGATTACCACCGGCGCAATACCGCTGTTTGTTATGAGCCGCAGTTTCAGTGTAAACTTAGTAAAGGCGAGCTTCTTTGGCGATGATATGTACAGTATTAGATTTGACTTTTAGCGGACATTTGCGATGAACACGCAGTGAATGCAACGCATCGAGATTCGGGCCCTTCTCCGAAAACACGTACTTGATTGATCTCAGCTGGCGGATCATTATTCACCACATGTCATGATCGCTCTCATCTGCGCCTCAACTTTAGGTGGGGTTTGCAAACCTGTGTGCTTTAAGTTTTCACTCTTCAGCCATTTGCATTTCCCGTCGTCATAAAAGCTCCTTCCCTGTCATCTGACAGCGGAATACCTTGAGTGATTGACAGCTTATATAAACCAATATAGCGGCAAGGAAGAGCAATTCAGCACATTTTTAGAAAAATCTAAACAGGTCGCACTACAACCATTATCTGCAGTCGCAGATATATATATATATATATATATATATATATATATTTTTTTTTTTTACAAATTTAAGATGTTTGACAATGCAAAGATAATGTTGCAGTTTGGCATGGTTTTTGACTTATTTATGAATTGTTTATGGACAAAGTTTGATAAAAAATATCCTGGATTTGAAGAATATTGTGTTCCTGGAGTTCACTGAGCTCAAGTAATAGTTTAATGTATTAAAATTGTGAATAAACTTGACTGTTGGTGTCTTAAATGATATTGTCAAATAACCAACATTTCTCAAAATGGATATCTCGTTTTGCAACACAACTCTTTATTTACAAATAACTTTTTCAGTAGATTTGCTATATGTAAGTTAATAAAGTTTGCAGAGTTTTATAGAGTGTACTGCCCCTCACAAGTGTATCTGCAGTTATTTTGTGTGATTTAATATATTTTAAATAAACTGCAAACTAAAAAGTATATAAACTTTCCTCTGATTCCTTCTTGAAACTCCTTTTTTTTTTAAAGCTGATTTATACTTCTGCGTCAAACGCACACGTATGCTACGGCGCAGCTGCACGTCGACACATAGCCATACGCCGTGGCCATCGGCGTCGCTGACTTGCACCTCTCAAAAAATGTAACTACACGTTGCAACGACGCGTAGCGCAAGCTCTGTGATTGGTCGGCTTGGTAGCGCTGACGAGTCTTGTTTTGTGTTTACCTCATAGTTAAAGTTGTTGCACGTCCGCCGGTTCCTGCCTCAAAATGAGCGAGTTTGAGCCACTTGTACATCCCGGAAGCGTTCAGAAAAAACAAAACACAGACGAAGAAACTTGACACAGAGACACATTAACACCTCACTGCCAACTAGCGTTTTGGAAGCGTTAATGCAGACCAATAGAGACGGCGCACAGAAGTATAAATGCACAGCTATGCGTGTTGCATGCGCTGTGGGTTACGCCGGTCACTTGACACAGAAGTATAAACCAGGCTTTAGTCACATACCTGTCTGATGGTTAATTATGCGGCTCATTATGCAGGTCTTTGTCTTCTCAGGTGTGACTCACTGCATAGTAATGATAGTTTACGCCTTCTTGCATAAACCATTTTCACTCAAAAAGTGACTTAGAAATTTAATTCATTATATTGTGTTTTGTGAGCAAGTGAACGCGATGCATCATTTTGAAGCAAAAACTTTAGGCTACAAGATCCAGTTCTCAAAAGTCTTGTGCACAAATGTTCTCTGTGTGTTTCACGGCCTTGTTTCAGTGACTTAAAAATTTTAGTTTTTCACTAAACACGCATAAACTTTTCTTTCTCAAAAATACAAACGTTCAGCTTGGGTATTATTGTAGCCCAACTTTTGCTGTTTACAGTGTTATCACACTTTAACCATTCATATGTTTTTAAGATACTGAAAACAACACAACTGTCAGTGCATGTCAAAACTTCTCCAGGGCCCCAAAACACCCAAAGACCCCAGAGGGTTTATTCTGCCTTTAATCACGGAATTGCACGTTTATGTCCTGCTATTTCGAGTAAAAATAATTTTAACTTATATAAATCTTTAAAAAAGTCTGGATTGTAAGATGTAAACTCCTAATTGTGTAAGATTTGTGAGATAAAAATGTTGTAGTTATTAAACATTTTTTAGTAACAAGCTATATTTTGTTCATTCAGAGATTTTATATCCACAATCTTTCTGTTCATTAAGATTCACAGCATCTTTTTAAGAGTAAGTTGATCTGGTTGGTTTGTGAGTACAGGTCAATTTG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Seq C2 exon
ACTGTCACGGGCGGACAGACAGCTGCTTTGGGACCAGAGGTACTATTGTCGGGAATATGAATACAGTTTGCCGAAAATCCTGGCCAGCGCTCCCAGCTGGGACTGGGGCAGTATGGGGGAAATCCACGCACTTCTGCACCACTGGCCTGCTCTGTCACCCGTTTCAGCTCTTGAGCTCCTTGAATCCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000060841:ENSDART00000133547:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.281 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0079219=PI3K_C2=PD(2.9=8.3),PF0061315=PI3Ka=PU(12.9=50.0)
A:
NA
C2:
PF0061315=PI3Ka=FE(33.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]