DreINT0114241 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000086927 | pik3c2b
Description
phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase, catalytic subunit type 2 beta [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050309-145]
Coordinates
chr11:23436064-23441907:-
Coord C1 exon
chr11:23441747-23441907
Coord A exon
chr11:23436185-23441746
Coord C2 exon
chr11:23436064-23436184
Length
5562 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAAGC
5' ss Score
9.89
3' ss Seq
TTGTTCTCTTCATCCCTCAGGAT
3' ss Score
11.18
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTGCGTTCGGCTTACCCTTGCAACGACTACTCTAAAAATTCAGGCTTTGTTTGGAGCCCTTGTGTGGCGCAAGATGAACTGCAGCAGGGCCTGGGTGTCAGCATAAAGGTCACCGTTTACAGTGACCACTTCAGAGAACCACTCACCTTTTCGTGCGACG
Seq A exon
GTAAGCATTCAATCATTTCGAATCTAACAATGCAGATTTTATAAACTGTGCTATTTCAGTTCTTACTTGATTATAATTGTGGAGTTGTTTTTACTTGGTTACAATTGTGGAGCTGTATTTTCTGTCCTACATCCTTAAAGTTTGAATTGGGCCACAGGATCTCATTGGAAAGACTGAAGAGGCTCTAGACCCTGAATTCTCTTAATAGCATTACACTGAATGGGCATTCTGCCAGCCATCTGTTTTGTGTACTCAATTAAAAGAGGCAGCTTTTCATTTACTCGCCTTGAAGGAACACTCACAAGCCCCCTCATACACGCACACTCGCGAAGACACCAACAGATTTGGTCTCATGTGGAGTTATTAGAGAGGGGCTGAGAAATATGACATGAACATGCTTTCACTCTCATTTATTCACTACACTCAGGTTTTTTGTTTTTCCTGCTCTGGCATGATTTGCCTGACAGATGCCCTTTATCATGGCAGCCTGCCAGTGTACGATGAATGTGGACTGTGGTGCCATTCTAACGTGGGTTCCCATTTGTGTCATAAGCAGCTGTGAGTTCTGCTAAATGTTAGTGAAATTGATGCAGGTCATCTTAAAATAGTCTACAGGGCCTGGAAATGTTTTCTTAGGCCTTTAAAGCATAGCTTGTGAAAGTTGAGTAGTCTGGTTATTTAGGCATATTTACATAGTGTCATGTAAAATATGCATCTATAATAGTGTGCATTGTAATAATGTAAATTACTGATTTAGCTTGTTTGTTTTACAATTTACTTAAATAAGGAGTTAAAAATAGGGCTGCAAAATGATTATTATAGTGATAATAGTATGCAATATATTTCTTGCATTTGAGAGGTAAATTACCATTTATGTATTAGTTCATTCATTCATTTATTCATTTTCTTGTCGGATTAGTCCCTTTATTAATCTGGGGTCGCCACTGCGGAATGAACCGCCAACTTATCCAGCAAGTTTTTACGCAGCGAATGCCCTTCCAGCCGCAACCCATCTCTGGGAATTTATGAATTAGTTGTTTATCTAAATTTGACCAATCAGATGGAGCCTTAGCTGCCTCACTATCTTTATCCCCAACTCCCCATTATTTGCTGTTCTGCTATAGACTAAAGTGGCCCAAAGGCAAACCCAGAGATGAAAGTAAATACTTATGGCGGAAGTCATTAGAAGAAAGAAAAATGACTGCAGCCAATCAGAGTCAGAATATCTGATGAGGTTTTCACTCATTCATAGTGTTTTAAAGATTCAATGTTTACACCATGACAGTTTTTTTTGTCTGAATTAGATCTGAAAAAACATACTTTATCTGTTTATTTTAAAATATTAAATATATAAATTAATTAAAAAACAGCTTGTAAATAGCATTTTTCTAAGGAAACTGTATATCTTAAGAAACGTTATTATTGCAATAATTTTTAACAATATTGCAAGTTGCATATTTTTCCAGTATCTTGCAGCCCTAATCAAAAACAATAGTTAAACATTGAAAAATAGTGTTCTAATAATTAATTTCCCAACACCTTGTTTCTTTTTTTTTTACAAGATGTACAAGTTGTCTCCTCAGCTCAAAGTACCTTACAGATTATGTATTATGCTATGATGCACATGCCCATTTAGAAGGAAACATTTTTATCTTCAAATTAGGACTGCACAATATATAATTTCAGCATTGATATCGCAATGTGCGAACAATAGACCCATTGCAGGATCTACAATGTCAAGTTTCATTTTGATGATAATTAACCAGGTAACATTTCAGAGCACATGATGTGATTGAAAAATTTAAACCTTATATAATGGTGTAATAGATTTTTGATGCGGTTTTAAGGCCTGTGACTAAGATTTTAAGTGAACTTGAACTATTTGGGCATAATAAATAATACAGTCTGCCACTTAAACAAAGAATGAATGTGTTTATTTATACAATGAAAACTCCATGCAAAGTTATTTTACATTTTGTCACCTTAGAATTATAAAATACTATCTGACATTTTTGTCATGGAGTTATTGACATATTCTTATTAAATGACAACTTATTTACATTATGGGATGTTTTTCTAGAAGGTGTTTACAATTTTAGACTTTTTATTTAAAAAAAAAAAAATTTTGTTTTGTATGGAATGCAAAAACTTTGAAGCTCAATATCTCAAAATCATTCAGAATGCGGATAGAACCTTTTAATTCCAAGGTGACGATTTGATTATTGAATTTCTGTACCTCAATACACCACCAAAACCCATAAAGTGCTGTTTATTTAATTTCTATCATTGTGCTATTGTTTTTATCCATCATCCATTTCATTCATTTTGGGTAATTTTCTCCCAAAAAATCTGAACTCGTCTACAAAATCCCAATCAAAAGAAAATGATGAAGTCTTTACAAATAGTTACTAAAGTTATCTTGTGAAATTATATTCATATTGCAATATAAATCGCAGAAAAAGAAAATATTGTAATGTCAGTTTTTTTCCAATATCGTGCAGCCCTACTTTAATGCAAATGAGCTGTAGCTCCTTTCCCACTCTCCGTAAGAAGGCAGTCTTTACAACCCCAGTCTTTCTATCAAAAGTAAAAAAAGGTCAGTTAAAATGTCAAACCAAACTGCAATGTTTACACGTTATGTGGAAAACTAGTAACTTACAATGCTTTTTTATAACTACCAGTAAGAAATCTCTCATTTTGTCAGTGGAAATGATGCCTTGCAGAACTCATTTGGGTTACAAATGCCTTGTTTCTCTCTTTCCATCTACACTAGTTTCTCCCCTTTCTGCTGTCTCACATTGGCATGAGTTTATCTGAGTCCATTCAGGGGAAAAAAAAGCCCACCCTCAAGACTAATGTTCCAAGAGAGAGCTATCCAATTCATTATTGAGAAAGTTTGGAGAAGCCCAGAGAAAAAGAGAGAGAGACCAGGGGTGTTTTCTCCTAAATGTGCTCCCACGGTGACCGCAGTGCAGTGCATCTGCCCAGTTAGAGTGTAATTTGTGGCATGGGGGGAAGGGTGGATTAACCTTTTTCTGGCTCATCCCTACCTCCGCTCATTTATTTCACATCCTCGCAGTGAAGTGACGAACATTGCTGTGAATCAGGGGAAAATTCCCAACTCCTTTGTTTTCATTTGTCTGCTGACCACAGAGGGTATTCAGATCAGTAGTTTGCTAATTTACTGTATCGAGAGCATCTGGCAGTGTGTCCATTTTCAGGAATGGCTGTGCTGACACGTCACTAATTGATGACCTCTTATTGATCTAGCTCTGGATAAACCAATACCTTTAAGACACACGGGGCAGCTACTCTGTTTCTTAGTGTGCCTTTTGTTGGCAAAGAATTAAACCAGTGTCTTTTGTTGTTTTACAGTGGATATGGGAAGTTAGTTTCCTAAAAGCCAAGTTACTAAAGCAGTACATTGAGATCACATTTGAGGACCGGTGAACTGATAATACTGTGCTTTATTAGACAGAGGTGAACCGAACACAGATTGACAGGCTGATTTGATGTCGTAATAAAATTTAAATGGCAATTGAATTATGCTTTATTTGGGTAGCAAAACCTAATTGTAAGAACCTTTTAGATAATGGTGATGTTTTAACTGACTAAAATTATGATTGCTGACTATGTATTGGTGTTTTCTAGCTTGGGAGGATTGTTGTTGCGGATGAAATCTTTACGTTGTAGCATAAAAGAATCCATGATTCTTTTTTTAAACCAGTTTTTTCAAATGAACGGTCCAAAGGATCTGGTTTTCACAAAAAATCCAAACTTCCAATCATTAACTCTTTGTACTACATTAAGTGACAGTTTTCTGCAGAGCTTCACCCTTTAGGTACCATACTATTGTGCTAGGTACCCTTACAAAAGGATTATAAGAAAGTGGTACAGTTTGCTATTTTGGTGCCATTCACACCTTCTGACAGTGGAAACTGAAATAATTGTGTACTCTACTGAACCTTATTAATCAATAGAAACGAGAAAATAGAACAGACAGTGTTTATATATTTTTATTCCTTAAATGTTTTGAAGTATGCCAAAAAATGTCAGATTCACGTTTAACATGCTTTCTTGTATGTTTGTTTATTTTTATTTATTTAAAAAAAAATTTTACAATAAAACCAAAACCAAGTGTAATAGTGCAGCACGTTTATGCTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTAAACCAACACTGCTGTGTGTGTAAACCATTATTTAAAACATTATTTTAAAGTTATTTTTAAAATGACTTTAACAGTCATTATTTAGAGCAGTCAAATGTGGTCCACCATTTGGTGAAGCAGGCAGTTAAAGGGATATTGTAAATAAATATTGCTTATTTTTAATATAAAATAAAATATAGAGGTGATCGGTAGTGGTAGGTCAAAATATTTATCTCTTATATGCACAGTCTGAGCTGTTCAAATAAATTGCTGAGTTTGAACTTTAAAACTTTAAAAGTTTCATGGACAAATTTCACTTGTTTTTCTGTTCTGCTGTTTCTGTTGCTGATTTGTCTCACCTGTGCCTTGTTTTACCTTTCATCACCTTAAGAATCTGTTCCACCTGTTTGATTTATTCTTTTCCGTGTGGTCAATTCTTGTTTGTAGTTGTTCTTTCCCCTTTGTTTGTTTGCTTGCTTGTTTACTCTTAAACTTATTAAATATTTGTTTTTGATTTGAGACACTGCTTACTTTTAGACCTTCCTTTTTGCTTGCACCGGCGTTCAAATGTTTGGCTAATTTTAAATTGTAAAAATATTTTATAACACTGCGTATCTATCTTTCCTGTAGTTTTAATTCTACATTTTTTTAAGTGTTCTTACCAACCCAAAACTTTAAACAATAGCGTATTTAAGAACAGAGGCATTTTACGGTTCTGATTATACACCAAACCAGCATCAAAAAACTAGTGTGGATCTAAGTCGACTGGGTTGTCACCTTGTCACATGCATCTGGGCTAAAATTTTGCACTTCAACACATTTCAAAGACTACAA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Seq C2 exon
GATCCTCAACAATCGACCTGCTGATCTATCAGACCCTCTGCTATGCTCACGATGACCTGGATATGATTGACGTGGACGATTATCTGCTCAAAATCTGCAGCCAGGCAGAGTTCCTTAAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000086927:ENSDART00000124810:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0079413=PI3K_rbd=PU(32.0=60.0)
A:
NA
C2:
PF0079413=PI3K_rbd=FE(38.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]