DreINT0117584 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000067670 | pomt1
Description
protein-O-mannosyltransferase 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060929-966]
Coordinates
chr5:50474664-50477487:+
Coord C1 exon
chr5:50474664-50474756
Coord A exon
chr5:50474757-50477366
Coord C2 exon
chr5:50477367-50477487
Length
2610 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTTGT
5' ss Score
7.81
3' ss Seq
TTTATTAATTGTTCTTGCAGCTT
3' ss Score
8.59
Exon sequences
Seq C1 exon
GATATTGTGAACAGGGAGTCTGAGAAAGAGATCTGGAAGACCATTTTATCAGAGGTGCGACTAGTCCACGTGAACACCTCAGCTGTTTTAAAG
Seq A exon
GTTTGTTTAGTCATAAAATCAGTATAACAGTATGGGCATAATTATGACTTAAGAGTTTCAGGAAGAAAAAAATATATGACTTTTCATTTCCAATTTATGCATAAATATGTGGAAAGATCACGTATACTTTTTTTTGGAATTGAATGTGATTCTTACTGACTTTTTGCATTAGTTTATCCCCAAAATAAAAATTATTTCATTTAGTTAGACTTTAGTTCATCTTCTGAACACAAATGTAGATTAGATAAGTTTCCTGTCACCTAAAGTTCCCACACTTTCATTAAGAAAAGTCTTCTGAAGGGACACCATTGGCTTATATGGTGAACCGATTTAATTTGGGCTTTAAATTTTGTAAAATTCAGCAAACATGCATTCAGCCATACTTATGTGATAAACCTTTTTGGTTCTTGTGGACATTTTCTTTAAGACTGCATGGGACGATAACTGGTTTCAAGGTATTCCACGGTTTGGAAAAGTCAAGGTTTTAAAACAATCAAAGTTTTCTGTAATACCCTTCCTAAGGTATGTGTACGTTTCTTTATTTTTTATTTTTTTGTTTTTTTAGGGCAACAAAATATCTAGCAAAAAAGGAAACTACATCAACTGGTCCAAAGTATTTAAAAATGTTTCTTAAAATAAAATATGTAATCAATGGGGGAAAACTTGTACATTTTTACGCAGACATTTTAAAGGAAGTTATTTTAGAGCAGTAATCACAATACCGTAATACTGTGAAACCGTGATATTTTTGTCCAAGGTTATCATACTGTCAGAATCTTATATCCGCGTATGCCTACACTCAAAAATCAACCCCATTGATTCTCGCACATTAAGCAAGCATGCTTAAGCTTCTGTGACCAAGCCTATTACTGGTCAGTTTTTGTAAATAAAAGACATCATTAAAGCTGTTCTTCTTCTAAAGCTTTGGAAGACTTGAATTAAACAGATTTTTTGTTAAACAATTTTGATCTCTTTAGCCTCGTTTCCACTGAGTGGTATGGTTCAGTTCCAAAATGCGATGATAATAGTTAAGCTTTGCAGTTTATTTGTGTTGTGATTTGTTTTGTGTTGCTGAAATAATCATTTGTAAGTTGTTTTCTTTTTTGTGCTTCACTTTCACATCTGTCTGATTCTGAAAGAATGTGAGAAGCCACAGTTCAATTATCATGCACTAGTTATTATTATGAGCTCATTATTTCAAATATAGATGAGCGGTGAGTGCATGTAAATAGAGAGTAAAAAAAATTACCTTATAACATTAGGCAAATTCTGTTCTTCTTGGTATGTAGCTGTTTGTCACAAGATGATGACAAGGTTTGTTTGAGCTCGGGTAGACCATGACTCATTATTATATACAGTTCAGAATTATTAGCCCCCCTGTTTTTTTCCCCTAATTTTTGTTTAACGGAGAGAAGATTTTTTTTTCAACACATTTCTAATCATAATAGTTTTAATAACTCATTTCTAATCACTTATTTATTTTATCTTTGCCATGATGACAGTAAATAATATTTTACTCTATATTTTTCAAGACACTTCTGTACAGCCAAAAGTGACATTTAAAAGCTTTGCTAGGTTAATTAGTTTAACTAGGCAGATTAGGGTAATTAGGCAGGTTATTGTATAATGATGGTTTGCTCTGACTATTGGGACAAATTTAGCTTAAAGGGGCTAATAATTTTGACTCTAAATCCGTTATTAAAAAAATAAAAACTGCTTTTATTCTAGCCGAAATAAAACAAATAAGACTTTCTCCAGAAAAACAAATATTATCAGGGTCACACTTTACAATAAGGTTCATTAGTTAATCTTAATTCATGCATTTACTAACATGAACAAACAATGAATAATACATTTACTACTGTATTTACTAATGTTAGTTAACGTTAGTTAAAGAAAATACAGTAGTTCATTGTTAGTTCATGTTAACTCATAGTGCATTAACTAATGTTAAGAAGCATGGACTTGGATGTTAATAATGCATTAGAAAATGTTCAATTAAGATTAATAAATGCTGTACATGTGTTGTTCATGTTAGTAAATGCATTAACTAATGAACCTTATTGTAAAGTGTTACCATTATCAGACATGCTGTGAAAAAGTCCTTGCTCCTTTAAACATCATTTGGTAAATATTTAATAAAGAATAAAAAAATCAAAGGGGGGCTAATAATTCTGATACAATTCAACTGTATATTATTATGATGTAATGTCTTGGGCTGTGAATTTTTTTAAAAAAGGGTGCTTTCTTTGTTTTCATTCTCCTGGCTTGTTGGATGCAAGGTTCACAATTCTCTGTAAACCAATAAGGCTCAGCTGCAAGTCTAGCTCCACCCTTTAGGTACTGTTGTGTTGTGCTTGGTACCCTTTGGAAAGGCTACCCAAAAAGTGGTATGGTTCACAACTGAACTGCTCAGTGGAAATGGCCCATTTATGAAGATTTTGAAGTGCCAGTTTTTGGGTGATTTGTGGTCTTTTAAAAAATTATCAAAGATTTCTGTGCCTTTGTTAAAACCCTTTATACGAAAATACCTTAATATGTGTCCTAAGATTTCTTAGGTGAGCAGACCCTTTCAGTTATTTCTGCCTGTTTTATTAATTGTTCTTGCAG
Seq C2 exon
CTTAGTGGAGCCTCTCTGCCAGAGTGGGGTTTTAAACAGCTGGAGGTGGTGGGTGATAAGATTTATAAAGGCTACCAGCAGACCGGCATGTGGAACGTGGAGGAGCACCGCTATGGCAGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000067670:ENSDART00000092002:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.037
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0281514=MIR=FE(17.0=100)
A:
NA
C2:
PF0281514=MIR=PD(21.0=90.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]