DreINT0118629 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000102891 | ppp1r26
Description
protein phosphatase 1, regulatory subunit 26 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-061103-607]
Coordinates
chr21:7540435-7548778:+
Coord C1 exon
chr21:7540435-7540514
Coord A exon
chr21:7540515-7547543
Coord C2 exon
chr21:7547544-7548778
Length
7029 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAT
5' ss Score
8.76
3' ss Seq
TTTCTGCTTCTTTCTTTCAGGAT
3' ss Score
13.15
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCAAAATGATCAGAGAGCAATGAGGAGACGAGAGACAGTGTGTCTGTGTGTAGGTGTTATAGACGAGGAGAGACAGCAG
Seq A exon
GTAAATAATTATAATGACGGAGAAACACATCTGAATCATCCGCCAAATCACGCATGCAAAAATGACACCACAACGACACACAAAACTTCTTACAGAATAGTAGAAAGCAAAAATGTGATTAATTACCGTTGTTTTTTAGTTGTGTGAATTAAAATTAGACGTGAAAGTCATTCTAATTGAAGGATCAGCACAGCATTCATTTACTCCATAGAATAAAACGCATTCAAGAATTGGAAATCCAGACAAAGTAGTCTGTCTGTTTTTAATCTCGCATTAGTAAACAGCGCCATCACGTGTCCAAAGACTAAAACTCTTTTCAAACAATAAATGTTTTTAAAAACACAAATGCACACTGCTAAACCTCATACATTAATTAATTTTCTTTTGGCTTAGTCCCTTTATTCATCAAAGGTTACCACAGTGGAATGAACCGCCAACTATTCAGCATAAGTTGAAAAGAAGGTCGCTGGTTCGAGCCTCGGCTGGGTCAGTTGGCGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCCGTGTTCGTGTTGGTTTTCTCCGGGTGCTCCGGTTTCACCCACAGTCCAAAGACATGCGCTATAGGTGAATTGAATACGCTAAATTGGCCATAGTGTATGTGTGTAAATGCAAGGGTGTATGGTGTTGTGTTGTAGGCTGGAAGAGCATTTGCTGCATAAAACATGTGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATCCCGCTGTGGCGACCCCAGATTAATTAAGGCACTAAGCTGAAAAAAAAATGAATGATAAATAAATTGGCCGTAGTGTGTGTGAATGTAGGTAGGTGTGTAAGTTACTTTATTTATACCCGAAGGTAGATTTGGTTTGTACTTGATAATGGTTCTATTTTCCCACCTGCTCTGGCACATGTTTGTGTAGAGCAGGGGTGTCAAACTCAATTTCTGGAGGGCCGAAGCCCTGAACAGTTTAGTTCCAACCTTGCTCCAACACACTTGCCTGTAGGTTTCAAACAAGCCTGAAGGACTCAATTAGTTTGATCAGGTGTGTTTAATTTGGGTTAGAACTAAACTGTGCAAAGCTGCGGCCCTTTTGGAACAGAGTTTGACACCTGTGGTGTAGAGGATGTATGACAGAGGTGAAAGAACACATCCTTGTGGTGACCTGGTTGAGGAGCAAACTTTATCAGATAAACATCCATTCACTCTAACACTTTGTGTTCGATTAGTTAAAAAATTAAGGATCCAGCCCACCAAGTTATTACTAAGGTCAAACTGTTCCAGAAGTCTACTAATTAAAATGTGTGGTTAAACTGTGTTAAATGCAGAAGAAAAGTTGACAAACAGAAGTCTGGCATGGGAACCATTTTTTCCCAAATGTTTAAAAAGTAGATTAAACAAAGTAACTGTGGCACCCTCTACTCCCCAATGAGGCCTATAGGCAAACTGCATGGGATCAAGTGCGTACTCTGTTCTTCTCAGTATTTCAGACCTCACAAACTTTTAAAAAAATGTAATCACAATTGATGTTAAGGCTATGGGTCTGAATTCATTAAAAGTTTGCAGTGAGTTGGATTTGGGTAAAAGGACTACCACAGCATCTTTCCAAACCTTAGGTACCTGTTGTTCTAGTAACGATCTATTAAAATGTATTCAAAATTTGGACTTAATTTTCTTGCACAAATTTTAAGTGTGCGACCACAAATATTGTCTGGTCCACTGCTCTTGTCCTACTGAGAAGAAGGCCCTATGCACATCTGTTTGTTAAATGATAAAATGCTGTCCACCTGTAAGTTTACTATTTAATTCCTCAATTTCACTAGTAAAATCTAAATGATTAAAACAATTATAAAATTGGTTAAGAGCACTGGCTAACTAACTCAATATCAGTGCTGTAGCCCGCTAAAGTAATCTGGTTACTACTAGATTATGGAGGCTTGTTATGGTTTTCAAAATATCCCCGGCTGAACCAAGCTTATTTGTTGCCATCTTGTTTTTTAATTCAGTTTTCTAATTTTGTTTAGCTAGGAGAATTTCTCTTTTAAGCTCTTTATTTGCCAAATACAAATCAGAATCGGCTCCTTGTTTAAAAAACTATTTTTCTCTATGCAGGATTTGACTGATTTTGTTATACCCATGATTTGTTGTTAGAGTAAATTTTTACCCACCTACATGGAATCATGTCTCGTGAATCATGTCTCTGCAAAAAGTCACATAGAAGCATACAGTATCAACAAACATATCAAAATTATCACCACAGGACTGTTTAAACATCTCACAATCTGTACAGTCATAGCACTCCAGCAAACAGAGTGCAGATTCATCAGACCAGTCCATGACATCCATTGTCTTTATTTTCTGCCTTTTTAAAACAGTGTGTGACATGTGAGGGTGTGTGTGACTGTTTCCCGAAGGAAAATTATTGAATGAATATTGTAACAATAATTATATTATATATGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTATGTATATATATATATATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATTCGAGAACCAGACAGAGCTGTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTTTTTTTTTTTTTTTTAGAATTTTTCTTAATTATTATAATTTTTTTGTTAACCTTATTAAAAGCTAAGCCCCCCTAAAATGAAAATCCTAAAATCGCCTCTGGGACAAACTAAAATAAAACGAGTTTGAAATAGTCAAAAGGCCGATGCAAATAGTTGCCTCAATTTTTGTTTAAGTATTTTTACGGTGTAGTTTTGTAATCCCATGTATAATGACAATACACACCATCTCTGACTCCATCATTAACTCTCCATCCCAAATCCAGTGTGCTCCGCAGTACTGTGTCTTTAAGTGATTTCTGGAGGTAAGAGTCGGAAGGCAGAAGGGGTGCGCGCGCCCGTCCGTCCACTCCCGTGTGTGGACTCTCCAAAAATGTGCTAAGAATCACAAAAGCCGAATCTCTTACGCTGGAAATTAAACGCAACAGCTGTTCATCTGTCGTAAGGTGAGTCTCATCATGTTTCCCGCGGCGTGCATGCATAGGGCAGTTACTTCTGTGAGCATTAGCTATTTTTTTCGGTAAACACACACAATACAAAGAAGGTTTTGCGGAATAACCGGCGAGAAGTGGCGAGGCCCCGCGAGCCCTAGATGTTCGTCTCGAGGCGAACTTTAGCTTTCCTCCTTCCCTTTCTGTGATGCATTTTAGGGGGTCTGCTTTCGTAAATGTAAACAAGACCACTGAAGTTCCCTTTAACATATCTTTTTGGACAGCAGACTGGTGTAAACACGGCCAGAGACACCGTGGCCGGCCGGCGGGAGACGCTGGTTTCCTCTACGGTGTCTCTTAGCTCCGCGCCCCGGTCGCGGGTGCAGGCAGAGCCGCGAGCAGCGTGTAGGGACAGCCCGGTGAGACGGAGCTCTGTCGGCGGCTCTCACAAGCTGGAGAAACACTAACTTTCAGCAATTGAATTGTAAAGAAGATGCAATGTCTCCATTTGGTGGGAGTTTCATTGTGGGTTCATTCTGCAAGGAGATATTTTGTAACAACTTACGGGAGTTTATTGTCTGAAGGGATGAAGGGGGTGAAGGCAGCGGAGGGGCCTCTGCTGCTGCACCGCTCCAGCGTTGATGCATGTAGCCTAGCCGTGCACACGTAGAAATTAGGATTTGGAGTCTTAATTAACGTAACCTACTGCAGCCGTTATGATTGCGATTTTGGTTTATTAATATTTACACGTGAGTGATTGTTATAGAATTTTAGCTGAGAGAGATAAGTGGAGTATTATCGTATGCATTTCCCTCATCGGTTACCATGTGAAGAGATGATGATTTTTAAAATGTCACACACTACAAACAGGGCCGTGTAAATGCAATAATTACGATAATTTGACTTTTTTTAACTATTACGTAAAAATATTGAACGTGTATAATTTAATTAGTTGATTTATGAATACATTTTATTTTGTACACGTTGTCAAGTGAACAGCTAGCCACCAAATACACTAAAAGGAAACAAAACACCGACAGACCTTTGCGTATAGTAATAAAATTAATAATTTACAGTTCAGTGATTCAGATTGATTTGGTAAGCATTCTATCTGATGCATAAGTGTTGATTCTCTAAAATAATCAGTTCATAAGCGCACTCATACTGCACTAGATAGGCTGCAGTCACAAACCTAGCAACAAAGTTACCCCTGCCCACACACTATATTAAAGGTTAGCATTCATATTAATAGCCATTCAACCAAGTAATCAATTGTGTGATTAAAAATACAATACAGGAATATAAGATTAGTTGCATTTAGAACATTTTATTTCTCTACTGTTACCTGTCATGTTGTTCACCATATTTGAGTTGTGGGCCTACTTATTCGCCCTGGAGGTTGAACAACCCATCTATAATTTTGTAAAAGGCTATGCTTTTTTGTGACAGGACTGCCTTTAATTGCATGCAATAGGCATAGGATGGTAGCTGTTTTCAAGGTGTATGGCGGTTTGGAAAAGTCAAGGTTTTAAACTGGCTATATTTTTTTTGCTGTAGTGTTCCTACAGTATATGTAAGCTTCTTGTTTGTTTGTTTTAAAGATTTTTAGGACAACAGTATCTCCAGCAAAAAAGATATCCAAAGATGCCGCTTTAAATTGTAATGAAATCTGTGTTTTTGAAACTAATGAGGCAGCAGAAGTCAATAATTCATTTAAATTATTTAGCCTGCATGTTTACTGCTCCAAAAAATGTAAAAGTTTCTCAAAATAAAATATATTGTGTTTAAAAGGGAAAAGTTTCTGTTTTTTACCCAGACATTTAAAAAGAGCATATTTTAGAGCAGTAATCACAATTCAGTGATACTTTGATAATTTTATCTAAGGTTATCATACTGTCCGAATTTTATACCGGCTCATGCCTAGCGTACATCTATTTGATCTAATGTGAATCACTTTTTTAAAATATAATTCACACATTTAAATAACAAACCTCAAACTAAATTGTGTAAATTATTATAACACTATTTGTTTGAGTTGTAGCTTTATGTGGAAGCGGGGCGTACTGTTGTAACATTATAATATTATATATTCATTTTCTTGTCGGCCTAGTTCCTTTATTAATCCGGGGTCGCCACAGCGGAATTAACCGCCAACTTATCCAGCAAGTTTTTACGCAGCGGATGCCCTTCCAGCCGCAACCCATCCCTGGGAAATAAAATATAATATATAAGTTATAATAAAGATACAGTTGAACTCAGAATTATTAGCCCTCCTGTTTATTTTTGTCCTTGATTTCTGTTTAAAGGAGAGCAGATTTCTTTAACACATTTCTAAACAAAAGTTTTAATAACTTTTCTCTAATAACTGATTTATTTTATCTTTGTCATGATGACAGTAAATAATATTTTACTAAATCTTTTTCAAGACACTTCTATACAGCTTAAAGGGACATTTAAAGGCTTAATTAGATTAATTAGGCAGGTTAGGGTAATTAGGCAAGTTATTGTATAATGATGGTTTGTTCTGTAGACAATAAAAATATATAGCTTAAAGGGGCTAATAATATTGACCTTAAAATGGGTTTTAAAATAATAAAAACTATTTTTATTCTAGCTGAAATAAAACGTATAAGACTTTCTCCAGAAGAAAAAAATATTATCAGACATACTGTGGAAATTTCCTTGCTCTTAAATATAATTTGGGAAATGTTTTTAAAAAGAAAAACAAATTTAAAGGGGGGCTTATAACACTGACTTCATCTATATATGTAAACATAATTTTCAAGTTTTGTAGATTAATTTAGATTCATATTCAGAAACGTATTTAGCATGATTTCATACATCCCCAGTTAATCCTATTCAAACCATATTCCCCAACTTCAGCCTTTTAATTCAAAATGGAAAAAACTGAAATTTGTTTTTAAAACCCTATATTGGGCCTGTCACGATAATCAAGATATCGACTTATCTCACATTACGTCGACATGACCTTAATCGTTTTTTATGATGCAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATCACCAATGAAACAAATTCTAGAATTATCTAAGTTGGTTACACAAAATCTCTATCTCTATTGTAGGTGTCGGTATGGTTAAAAAAACACTATAGTATTTACTATAAATTACTATAGTATATTTTCATGTGGGTGTCTGACAACTGAAAATAGATCTGGTAGCTGATATCGCAGCCTCTTTTACTTTTCATTTAGCACTTTTTTAAAATTTATTATCATTTATTTAGGATATGTTTTCACATTCTGATTCCAATGTCTAATTATTAAATTGTTCAAATAACTATAATTAAATTGAATATTATGTGTTTATGTGCATTTTGATGATATTATATTGTCTACTGACATTAAATGGTCTTAAAATGACATTAATGTCTGTTATCATAATATATTTTTGTGCAATATATCATACGACAAAATTTATATTGTGACAGGCCTACTCCAAATAAGTTTGACAAACTATAATGCTCCTAAAAATCATATAGCGTATTCAAGTCGAGAGTCGCATTCAAGTAGCACGAGCATGTGAATCTCTTTGCTTGCGTGCCGATTACCTCTGTTTGTGCACAAAACTGCATGTTGTATGCCCTCAAATATACGCTGCTCAAGCGCAGATTTTCTTGTGCGCTCTCAAATAAATGCGGCTGAAGGGCGATTTAGTGTGCATGGATATAAGGGGTATGTCTCCAACATGTATTAAATCAGCACTACTAAGATTACAGAAAAGTTTGCTCAAAAACATTTTGATGCATTTATAACCCGCTGCAAAAGAAAAAACATCACAACTGAAGGAATGTTTTTACAATTACATGTTTTAAATGAAGATTTCTGCTTCTTTCTTTCAG
Seq C2 exon
GATGTAAACAAGATCACTGGTGGAGCTTCCCCATGCACCTGCATCCCTTCCATTCTGACTATCTAGAATGTTCCTGAAGACAGTTCCTCCGGCTGTGGCTATTCATTCAGAATGGAGGTCCAGTAAGAGCTGCAGCCTGCCTCTCTATTTCAATGACAGTGCCTCCGACAGCGACCTTGCCTCAGTTAGTGGCACCCCGTTCCCACAGAAGATCCAGATGATAATTGAGAGCCTTCACAGTACCCAGTCTTCGGGCATGAGTGAAAACGAGCAGGCTGAAAAGGCTGCTCATTCCAGTCACGAGGCTGGCTACAAGGGTCAGATGCGACTCATGGACATGTCGGCGAGAACCCGGCGATCAGGGTCAGACGCTAAGCTGCAGAACAACAGGTCTGATACTGGAGATGATTCAGATAGTGATGACTCTGTGGACAGAGGCATTGAGGAGGCCATACAGGAGTATTTAAAGGAGAAGGTGGACCACAAGCGCAAAGGGGATCCAGTGACAAGTTCACCCCCAGCGCCCAAACTTCAGCGAAGGGAACTAGATGCTCCGAAACAACAGACACATTCCAGCAGTGCTAAGGTGCTGACTGCTAGCAATCATATCCAGAGACTCTCAAGCGGGATGGTGGCCTTAAAAAAGAAAGTCAAAAAGAAGCAGCTGAGCAAAGAAAATCCCTTTAAGAAAGCAGACGCGAGTAAAGTTTCGCCTTTAAAAAGTCTTCCTCCACCCAGAGCTAAAAAAGGATCCTCCTCGTCTTCTGAGATGGACAAGTCTCCACCGCGTCTGGTCATTAAAGAGGAAGAGGAATGGCTCGATTCAAGCAGCGATGATGGAATTGAAGAAGAGATTCAGAGATTTCAGCAGGAGAAAAAAGAAAAGCAGGAAGGTGATAGAGATGCACAGAGATCTCCACAAAAAATTAAGGACTCTGATTCAAGCAGCGATGAAGGTATCGAGGAAGCCATCCGTCGCTTCAAGGAGGAAAAACACAAGCAGAAGAAAAATAAAAGTCTTCTCAAACCTGCCCAACTTGTGCCTGCACATCGTAGCAAACCAGCCGTTGCTTCTCCAGAACGCATAAGCACCCAACCACTCAAAGTGCTGTCTAAGAAGAACAACATAAAGAAATTGTCAACCAATAAGTCAACTAATCTCCCAACACCACTGTCCGTAAGCCACTTTCTGAACAAGTGTACATCACAGCCCGCTAAAGCAAAAACCTTTACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000102891:ENSDART00000163869:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.897
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]