DreINT0118715 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000079366 | ppp1r9ba
Description
protein phosphatase 1, regulatory subunit 9Ba [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-091006-1]
Coordinates
chr3:23189922-23197063:+
Coord C1 exon
chr3:23189922-23190018
Coord A exon
chr3:23190019-23192185
Coord C2 exon
chr3:23192186-23197063
Length
2167 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGCGT
5' ss Score
9.49
3' ss Seq
CCTGTCTGTTTCCATCTCAGATT
3' ss Score
10.99
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAGATTGAGTATTTAAAGAAGGAGACAGCACAGCGCAGAGCACAAGAGGAGACTGAGGCCAGCCACAAGGTGGAGACAAAAAACCTCCAGGAGAAG
Seq A exon
GTGCGTTTGGATTTCAGAAATTCTTCCGACTTTCACACATTGTATCACATTACTACTTTTATACTCTACAATAAGGATGAATATATATATATAAACATGCTACTGGTTTTAGAGTAAAGCATTATCTAATGTATGTGTGTAAAAAAAACAGTCAACAGACAATATAGTTCAGTAGTTAGCTAACTAATGAAACCTTAATGAAAGGTTTCATAACTAATGAAACCTTATTGTAAAGTGCGACCTCTTAATTTTGCTAGTTTTTTTTTTTTTTTCATTTTTGAGAAAGAGGTAATAGTACAGTTATTATAAGGAAATTTTAAAGTTGCAAAAGGCCAAGAAAAATTTGATCTAACTCTGACTGGATCTGAATGGATATAAGGGTGAGTAAATCATGGGCTAATTTTCCCATGCCATTTCGACCAAGAAAGTACTAAAACATTACAATTTAGAATTGTCATGCTTTAAAATTGGAAACTTATTAAAACTCTTTGGTAATTACAAAGTGCTAATCTGTGCTAAGCTAAGCTAATAGTGCTCCTGTCAGACCCTTAAACCCTTAAACACCATTTTTATTGTCAGTTAAGAAAGTCACAATGTCAGATTTAAAAAATATATATATATATTTATTTATTTTATTTATTTGTGTTATTTATAAAAAAAATCAGTTTATTTATTTTTATTATTTTTTAAAATATTTCTTTTCTTTTCTTCCTTGATAAAGTCTTGACTTGAGTAAAAAAAATGTGCTAGACTACACATATCGTCACAATCAGTCATCCAGTGATGCGTTATTTCCCATAGCAGTCCCAAGTGTTGCTATAAAAAATATCTTATCTCAATTAAAAAAAAATAAAAAATCTTATTTCAGTTTCAATAAACACTGATGCTTGCAGACAACTAGTTATTTAAGGGCATTCGTTATGACATGGATAGGATCAAACTTATGATTTATTAAGATTTTTTCCTTTGAAATCTAAGTTTATATTTTCCAGCCATGAGTTGCTTAATAAAGTCCCTCAGCTGAACTTGCCATGAGTGAGACAAAGAAAATAAAAATACATAAGCCCTAAGGAAAAACAGGATCCTCAAGACATAATCTTTAAAATAATGACACTGAAATAATGACAAATTTGCAAATTTATGACAGGTTTGAGATACAATCACAGTAAAGCATTCATTGAATCCTTATTTTTCTCAGAGCAAAACAATTCATCCACCCATTTAGTCGAGTAGTGGACGGCCACAAACAAAAATAAAATTTTTATATTTTTCTTGGAAAAAAACAAAATTAAAACGAATTTTGTTTGGTATCTTAATTTTAATCTTAATCTTTTGTTAGTCAGTTGTTTATAAACAAGAATAAGGAACAACATTTGAGGTGAAGTGTTTCAAAACAAGATTGAGTTGGTTAGTAAAATAAAATAATAATCTAACCCAAATAAAATGAAAGTGAAGTATTCACAGTTTCAGAGAAGCCTACTGTATATTAAACTACTGATGACAAATCTGAATTAGCAGGAAATGCTTTTACAATGTATTTGCAGCACTGAACATGTTCCCGAATTACCTCAGAAGAACGAACTCTGTTGAAAGGCTGAGAGAACTCAAACTCGTCGTGACAATGAAGATGTCTGCATATTTGTGCCAGTCTGTCAGATACAGTTGCTTAAAACACCTTAAAATTTTAGAGAAAGTAGTTAAAGTTTGCATGACCAATGATTGATCTTATGCACCCGAGACCCACCCATAAGTAAATATGCAGCCTACTTTTTAATTACCTGACCAGAGCAGTAACGACAGCACCCACGGATATAACTGAGAAATGATGTTCTCCTATTGCCCAGTGTCAAATGCTGACGTGACGGAACTCTTTGGGAAGAACGAGAGAGAAAATTAAACATGCCAGACTTTCTGCGATGGTGTTGTGAGGAGTGGCAGGCATGGTATCGGTTGTCAAGAACTATGCCGCATTACTGGAGAAGAAACATTTGTCGTTTACGAATTTCTGCGACACTCTACGTCAAGGAAATTGTGCCAAAATCGTGGCAAAATTGTGTGATCTGACCGGAGCTTTAGATTAACAGAATGGATTAAAAACTGGTAAAACTGAACTGTTTAATGTTACTTTAGTTGTAAGTGCTTGAACTCCTGTCTGTTTCCATCTCAG
Seq C2 exon
ATTACTGACTTGGAGTCAAAGGTTGGCGCTCTGAAGAGTCTGGAGCCTTCGTAAGCCTTCCGCTGTGCGAAATAATGGAGATCTGACGACAGAAACGCCTTGAACTTCACCCCACTCTTCCCTCCAGCCACATTCCCCCTCCATGACCTGAAGAACTCCAGGACACACGAGGGGATGTTCCCGGGGACAGAGACGGGACAAAACAAACACTGTACCAGACGCCCGAGGGACGTCTAGCCATCAGGAGGCCCTTTTTTATAGTCATTTAGTCATTTTCTCCTTGTTTCTTTATAAGCGCCCTTACAGGTATTCTAAACCTCTCTGCAGGAATGTACAAACCTCTTCATTCATTACACGCTTGCAGGAGAAGAAAGAACAGATGAAATGGAGAGGCAGTGACTGACAAGAGGACTGTTTGTATATATTCTGGCATATATTTAAATATTAAAACTGCTTAAGCAATGTGCTGGGGTGGGGGGGTGAAGGGGTAAGGGCTTTACTTTTCACATCCAGGCAAATAATACAGTGAAAATGGTCCATTTTGTGCATGGCGAAGGAGAGGGGATTTTTTCTTAGCTTAAGGACGGCATTGGAAAACAGGGTGGGGAACGTGTAATCTTGACGTTTAGAGTTAGCAATCAGGGGTTTCTCATGTTTGCGTTCTGTGTAGGGTAATGGAAATGTAGGATGATGGGGCTTATGGGTAAAGAAACATCACCAGTTCAGTGCTTGTGGTTAGTCGATGCTCGTGTGCCTAGGTCAACCCTGTTACTCTGTAAGGTGACAGAGTAAGACTTGTGAATCAATCAGAAATATGGCCTTGTTTTATTGCTTCCCAAACCCTTTCGCCAGCCCTCTCTGTTTAAGCAGTGTGTTTACTCCAATGCATCGCTCTCCGGGGACCACGCTAAGTGCACTTGGACTGCGCTACAGAGAGTCCTGGAGAATGCTAACGTTTTATGGCTTTCTTTGTCCTCAGTCCTGCTGGACGTGGATTGATTCAGTATTATCAGTCGTATACAAGGATGTGGAATCTCCTTCTAGTTGTGTTGTGGTGATGGAAAGCAACATGGTCTCAAGGGAAAGTCTAACTGTTTTACATTTTGGCAAATTTATGGCAATTTAATTTATATGAATTTGTACATTCGTCATGTTTCAATATGAACTTCTAGTTTTTAAGTTAGTATGAAATTGCCATCTTTAAGATAGTTAGGCTTTCTTGTGAAATCGGGTTGTTTTTGTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTTTGTCTTAAATGTTTTTACATTTTTAAAAAATCGTATTCCTGGGAAAACTGGAGTCTTAACAGCAAGTGAATGAGTTTAAGGCTTTAATTATTATCCGTTTTGTCAAATCAAATCCACAGAAATAAGAATTTTTGAAGTAAAAATGTCATGAAAACGTTTTTGCTTGAAGTATTTAAGGGTCTTGTTCCACAGAACATGTTCCCATGTCAGAAAAGTATTGTTTTCAACCATTGCCTTTGGCTTATTTAGGTGCTTTGTCTCTCATTTCAAATGGAAAAATCGTGTGAACAGCACTTGAAAAATCGTTTTTCAAATTTACTTTCTTCGACGTCCCGTAAATTAACCAAAAAGAGAATTATTTGTTTTTTTTAAATGCTGGAAAACTCCCATTCACAGCGCAGTATTGAAAATTCTTCCATATTTCTTCTGAAAGTATTTACTTTTTCAGGTTTTACAATCTTTAATCATCATTTCTTTAATTTTTTGTATTAATTTACATTGGTTGATAATGTAAAGCAGCAAAGTGATGCAGCGGTCACACTTTGAGCTTGTGAAATTCTGCTCTACAGTGAGCAATTGCTCCATATTTAAAATATCTGTCCAGAAAGGTCATGTTCTGATTTTTGATTAGTCTCATGCACTCACGCGATGTGGTTTCACAGGTCAGAGTTTACCAAGCTTGAACTTTGCAATGCAGCAAACTGCAAAACTTGTCGTACGAGCTTGCGTTTCCAGGTCTGCTGCATTCGCTTGCGTATGAAGTCTATGAGTTGAAAAGTCACCACGGCTTAACAGCAGCAGTTTTGTGGAATGATATGTTCAAGCAACACACTCTAGGAGTCCTAAAATCATAATTTGTGGCATAATTTATACGTCAGTCATCTTAAGCTGCAATTAGACGGCATTTATCTGACTTTCGCAGTCACAGTTAACTAAAATCATTTTTCTGTCAGATGAGAAACTTTATTTTTTGGCTCCAATAATTATGGGACTATTATCTCAATTTTAGTAATTTCTTGGCTGTTTAACCCTGATAGCACATCAGTGTTCTCTAGCAACCAAGTACAACTTGACTGAAAGGATACCGCAATTATATATTTATGTATATAGTTCTTAAAAACAAACCCATTTTTGAGGGATTTTTGGTTTTTATTTGCACAATGTGAGAGAAACCTTGTGTTGCGTCTAAACGGCATAACATCGACGTTAACAATGCTAATCGATTTGGTGTTGAAAACATTGACATTTTTTGACATCCACACATTGATGCCCTTTTGACCACCAAAATATCAACACACAACGTGTTGCATAAGAAATGTTTCTTATCTGAAAGAGTCAATTTCAAATTTACAATTGATTTTGTATTCTTACAATGCATATAAACTACCTTGATGTCAAAATGGCGTCTAATATTGGCGTCAAAGACAGGACAGTCCTGTAAAGTATTTTTGATGTGTTTTTGATGCTTTTGATGCTGAATGTGTGTGAGATGTCAATTTGATGTCAAAACAACATCTAACAATAGTCAAAAACGCAACAAAAATCTCATTTTAGAAGTCAATTCGATGTTGTTTTTACATCAATTCATGTAAGCTACATAAAATTGACGTATCCCTACAATAAACGTAAACTATATTGATGTCAAAACAGCATCTAATTGACATCTAAAATTAGCGTCAAATCAGGACAGTCTTGTAAATGATTTTTGATGTATTTTTGATGCTAGTATCAGATGTCAAAACGACATTTAACACTAGCGTCAAAAAACAGATAAAAAATCTAATTTCAGACATCAACTAGATGATGTTTTTACATCAATGCATGTAAACTATGTCGAATTGACATCTAAAATTTGCGTCAAACCAGGACAGTCCTGTAAATGTTTTTTTTGATGTTTTTGACGCTAGTGGTAGATGTCAATTTGATGTTGTTTTGACATTAAACTGATTAACATGTTTTTGATGTTGTTGATATTGCACTAGTATAGAAGGACATTCGGAAAGATATGCGAACAAAATGGTCGTATTTACATCAAACTAACATCTAAAATTAGCGTCAAATCAGGAGAGTCTAGTAAATAGTTTTTGATGCATTTTAGACTCTAGTGTTTGATGTCAATTTGATATCAAAATAGTTAATTGACATTGAATCGATAAGCATATTTTAAAAATGTTTTTGATGTCATTGATGCTAGTCAAACATGAATTTGATGTCAAAACGACATCTAACACTAGCATCAAAAACACATCAAAATCTAAATTTAGACGTCAATTTTATGTTGTTTTGGCATCAATGCATGTAAGCAACATCAAATTGGCGCCAATTGAATTGACTAGCATGTTTTTGAAGTGTTTTTGATGTCGCTAATATTGTATGAATGATATACGAACAAAATTGTCACATTTACTATTTATTTTGTATCCCTACAATGCATGTAAACTACAATAATGTCAAAACAACAGCAAATTGACGTCTAAAATTAGCGTCAAATCAGCAGTCTTGTAAATGATTTTTGATGCATTTCTGACTCTAGTGTTTGTCAATTTGGTGTCGTTTTGATGTCAATGTAGTTAATTGACATTAAACCAATTAGCATATTTTTAAAATGTTTTTCATGTTATTGACTGGTATAGAAGACTGGACTGGTATATTCGGAAAGATATACGAACAAAATGACCATATTTACAATGGATTTTGTATCCCTACAATGCATATGAACTACATTGATGATGAAACAACATCAAATTGACGTCTAATGTTGGCGTCAAAAACAGGACAGTACTGTAAATGATTTTTGATGTGTTTTTGATGCTAGTTTCAATTTGATGTCATTTTGACATAAAGGTAATTAATCGACATTAAACCGATTAGCAAATTTTTGAAAGAGTTTTTGATGTCGTTGACTGCGTAGAAGGACATTCGCAAAGATATCCGAACAAAATGGCCATAACTGCAGTGCATTTGAGCCTCTGTTTGCTGAAATATATATATTTGTAAAGAGCTGACTAATACACAACCACCAAGTATGGATGTCCAGGCACAAGAGAAAACTGAAGTGGATTTGTCATGAGTCGCTGTAGAGAGCAAAGAAATGAGTTATGGTGGAAACGGACACTTTGAATCTTAGCTATAAACGCTTTTAAATTTCACACTTTAGCTTAGCTTAGCTTAGCTGCTGCCTTTAATGAAATGAATTTGCTTCCATGTACAGGAAAGAGCTTTGTGTTTCTCTCCTCGCTTGTTGGTGTAATAGTCAATTCCTCTTTATTTTTGGTGTCTAATGTTGCCGTTAAGCGAGCTGTTTAACAGAAATGCATTGAGGGGAAAAAAAGCCTACAGTATGCGAAGACTTGAAGTTTGATTGTAATTGCCATAGTTTTACATTAGCGCATTTGTCTGACACCTAACATAAAGCAGGAATGCCATTGATTTTATAGTTGTTTTACAAACTCTTCGCCATTTCCTCTGTATTATTTTAGTCCCCTATTTTTTAACCCCTGCCATGTAAATTGCTACCACATGATCCAGAGGAAGATGTTCTCCATTTTCAAATAAGCGTCATGTTCAATAATTGCATAAGTACTGTCATAATAAATGCAGAAATGTGCTGAGCAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000079366:ENSDART00000156032:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.610 A=NA C2=0.471
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]