DreINT0120781 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000061830 | prss12
Description
protease, serine, 12 (neurotrypsin, motopsin) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-090313-45]
Coordinates
chr1:19402148-19413671:+
Coord C1 exon
chr1:19402148-19402344
Coord A exon
chr1:19402345-19413529
Coord C2 exon
chr1:19413530-19413671
Length
11185 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTAAGA
5' ss Score
5.96
3' ss Seq
TTGCTTTCCCTGTCCTTCAGGTT
3' ss Score
11.42
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCAGGGGAGAGTGTATCAGCAGGGCGGTTTGGGATAGCGGCAGGTCCTGTTCTTCTGGATGATGTGCGCTGTACTGGAAAAGAGCCCACGGTCACACACTGCAGCCGGAGGGGTTGGTTTAAACATGACTGCACTCACAGACAGGATGTAGCCATTGTGTGCAGCCCCCAATGCTCCAGACATGGAGTACCCAACA
Seq A exon
GTAAGAGCTCTGACACAAACACAAACATACACACTTTAACAAAGCCTTACACATTCCCCCCTTAGAGAAACAGAAACAATCCAAACACTGAGGGAAACATTGTGCATCTCACAGCCATAAATCTGACAAGAATGACCTATGACCAGATACTGTTTAAAATTTGTGGAAAATGATTCTTTCTTTTGTTTTAACTCTTAAAACATGTTGATTCTGATCTTTACATCTAAAGAGTTTTATCCGACTAGGTAAAGATAATATATTTGATATAACTATGACATTAAATAGTTATTATAGGAACAGAGTTGACATTAGACTTACTTGTATTTCGGTATTTGATATTATTATAAGAACTAAAACTAACATTTAAAAGAGTTAATATAACAGCTTTGAGAATGTTATTTAGGTAATTTGATTTCAATTATCATGAAAATGAATGTTTCAGTTTTTAAAATCTTATTTCGATGGGCATCATCAGTATATTTATGACATATAACAATGTAATAAACATATTGATGTACAGTATTACCACTGAAAGTCTTAATTAGTTACAGTCACACTAACATACAATGTCAATTCATATATATAATGATGTAAAGGAATTGGCAAATTTGTCAGGTTGAATAATACTTAATATGTTTTTTTTTACTTGAGAATATAATAAAAATATTTTATTTAACTATACAGAATCTCACTTGCAATATAGGCTCATACTGAAAACATAGCCCTATAAACATTTTTGTAGATCGCAAATTATGTAGCCAGAAGTATAAATGGCTGCATTTCGTCTTTAAAATGAAGGCTACGAGGTGGTACGATGCCATTCCTTTTCGCACTAGCAGCTGACTGATAGTCCCTTAACTCCATATGGACGACTTTTCCTCTGTTACAATTTTGTCCAGTGGCTTGCTATGTATGTCGGCAGGCTTGAGGCGCAGAGAGTAGTTTGAAGGGGTTCCAGTCTAGCGAAGAACGGTTCCAGAAAGTGGTTAAGACAAAAATAGAAGCCAAAAAGTAAAATAAACAAGGAAATAACAGGGTGAGAATTAGGTAAAATCTGAAAACATGGTAAAAATTAGGCGAGGGCTTTTCTTTTTCTAGATTGCTTTTGGATTTAAGGAAGTGGGTGAGTGCTGGTCAGTTGGTGATTTTTAAAACACTATTGGTTGGGTTTAGGGAAGTAGGAGGGTGGTTCAGTCGATCGGTCAGTCAGTCAGTCTTTCAGTTAGTCAGTCGACAGCGGCCTCTGGTGCATTTACTTGAGAAGAGCAGGCGTGAATGGCACTCGCGAGACAAATTTAAGATCTCAAAAAGCGTACATAGCGGGCTCTGGTATATGTGCGTAAACAAAAACAACAAAAAATGTACGTCCTGGGACGTATTTGGCACTCTCCAGAAATGTATATAGGGCTACATTTTCAGAATGAGTCTGGGTTGCTCATTGGAAGTAGTAGGTCATCTGGATACTTCTCACCTACTATTTTTCAATTACTGTGAATTCAGACATTCCAATTGGCTCACATGCTGCTTTTCACATATTATATAGTAGGGAAGTATGTGATTTCAGACAGACCACATGTGTTTCAGATACATGAGCTAATATACTTTTCTATGCGGACTTATGAGGAGTTATGATTATCATAATTGGTTGCCGTGGTGATGTCTCCACATCTGTAAACCAGGTGGCAGAATGGATAGTGTATTCACATCTTTTACACAGTCATAAAACCTGAATATCCATCCCTGAGAAGGTCTGTCTGTAAGCTGAATGTTACATTACACACACTACTGCATATATATGTAAGCAAAATCCACACAGAGAGAAATGATCTGACAGATTCTTAGTAGAAAGAATTCTCGGTAAGCTCATTAAGAGCTTTGGTTCAGCAAGATGTATTAACCATCTCAAGACATGCGACAGACCAGTTCTGCTCATGGTCAGAGGGCATGAAGTCAGACGTTTAACAAGTACAGCTGCCATTAAACTTATCATGCCTGACTCCTGCTAAGCTTTATAAAGAGCTGATGATTTTACCTGACCCAGACAGACACACAATTACACACAGTACATATGGAAAAAACTCCTATACATCCAGACGACCATATTCCCTTCATTTTCATGATTTCAGCTCTGAACTAGACTGTTTAAATGAAATTATGTTTAGGCCAAATCCCAGCTTCACTCCTTAGCCCTTCCCCTTACCCCTAGCTCTTGTTTTGCAAGTTCACGTGAAAGGGTAAGGGTGTCCCAATTCTCTTTAGCTTGAAGGCGTAAGGGGAAACACCAGCTATATAGCTTTACACCAGCAGAATACACCAGCTACAGCGGCAGCACAAATTAGTATTTTTTGTCATTAATTTGAATTTTTACAACAAACAAGCTTATGTTTTAATATATTCATAACCACGTTTGTGTTTTACTGTGATGCTTTAAAAAACACGCTAAAATAAAAACCACAAAATATTTGTAATCCATAATAATAACTCCTGTACAGCAGTCCCACAACATTCTGTCTCTTGATGACACTCGAATACCCATCCTCACCATCGTCTGATCTCATATGAAGCAAGAGATCGCGATGACACATGACGTGTGCAGGTGTTGTAGTGCTGTCCCATTTTGTAGGCGTAAATTTTGAAGCCCTTCTGCTTCACAATCTGTTTCAAGGGCCAAGGAGAAGCGGAAGGAAAAGGGGTAAGAGTACAAAACTAGAATTGGGATTGGGCCTTAACATAATATAAATATAAGCAATTAAAATGAAACAATGCCATTAAGTAAAAACATTTTAAAAATATAATACTGTAATACTGTAATAATAATGTAAATGTGTACATTTTGTAAGTAAATTCATGAAATTTAGAAAATATTAATACAGTGCATAATGTAGAAGTAATAGATATTTTAGTTTTATATTTTTTGTTTTAGGGTCCTATCATACACCAGCTCAATAAGGCGCAAGACGTGTTTGGAGCGATTTGTTGCTATTTTCAGATCAGCGAAACCCTAATTTTCACATTTTGCGCCACATTGTTTAAAGGAGTGGTCCACTACGATATCATATTTTAAACTTTAGCTAATGTGTAATGTAGTTGTGTAAACATAAACAACATCTCTGAATGTAAAAAGCTCAAAGTTCAATGCAAAGGGAGACCTTGGTTATACAGAGTTAGCTTAGCAAAGCCTACAATGAACGAATTTTGGGGACTACAAAATATACAGGCCCTTGTGAGATCACAAAGGTTCTTTTACTGCGCACATACACTGCGCAGCTAAGGGCAATGGCCAGAGGCGATGTAACATTATAGCAGAGATAGAGGTAAAATGCGTCCAAACACTGCTGTTTCCACAGAGCTTCGTCTGTTTCTGTATTTGGGCTTCTAAAGGACACGACACAAAGACAGAAGTGCTTACAGTTTATTATTAATTATGTTCCAGAGAATTATAAAATACATAGGAAGCATGATTTGACAAAACAGCTCCAGAATCTCTCCCAGTTCAGTGCTGGATTTGGTTAAAATCTCCTCAAAGCAGAAGCTGTGAACTACAACCTGTAAGTGTTTTTATTTGTTAAAATTGATCATGACATGTACAGTGTCTAGCGTTAACGTTATGCTTCAGCAAAGATGTAAACAACAGGACACGCTGTTTTGCAACGCAAACGATTTAGCTACAAATTCATATTTATCAGTCAAACTGGTGTAAACACACACACACATTTCCCCAGCACATGCATCATCTCTCTATGTGTGTGCGCGACTGCATTGATTCTCTTTAGGCAGTTGTTCCATGCATTTTACATCTCAGATAATGAAGTCGCAAAAGATATGTGAATGATTCATATTACTTACACCTGCATATTCCGGATATATATGAAAGACGTCGTGTAACATCGCGTCAAGTTAAAAAAAAAATACAGGAGAGCTCACCTAACTCGTGTAGCAGCAGAAAAATAAATCAAGGCTCAAACAGGTCACATCCCACATCTTGGGCTTTATTCTGTCACGATATATTACAGAAAATAACTTAATCCGAGCATCAGAGAAAAAGAAAAAGAAATTCCTGCGTATATGCGCTTGTTACAGAAAGTTTACACATTCACACACAAACATAGACACACACTGGGGATCTCTCTTAAAGGAGCCGCACCCCATTTTTACACGGTACAGACACATGTCAGATTTTATTTTAGAGAGCAGGCAGGAGGTTGTCTGACTGTTTACACAGCAGAAAAGCTTGTGCTTGTACGGGCGTGACGTGGAGCCGATCCACGAATCGCAGCACATTATGACGATGACCAATCAGAGTCACTTGAAGGCGGGCCTTTCAGAGGAACTAGGAAATATATTAGTCGTTTTCATGTCAGCAGAGTAGCTGTAAATAATCAAAGTGAGATATATGAAAAAATACCATGATTTCCTTCAAGTGAAACATGAGCACACATTGCTTTGCATCTTATAAACACAACCAAGTCTTAAAATTACATTCTGCTACACCCCTAAAAAGGTCTAAAAAGGAGGTGTGTTAAGCCGCATTGTTGCCGTGTTGCTTTATTGAGGAACTGAAATAGACCAAGCCATTAACCAACTAAAACTTTAGCTGCGTCCCAAATTGCATACTTGTGCACTGTTCTTAGCCATTTTTTAGTTTAAATAGTGTGTAAGTATTGGGGTAATACTGAAACCTCTAAAAATATGAAGTTCACTTTATTTACCTGGATGATGCACAAATGTGTAATGATGGACACTTCACGCACTCATGTAGCAGAAGGGGCAGAGCTTTCGGATAACTTTATTTATTTTGGAGGGTGAAAGCAAAATTCTCCTACGAGAGTGATTATAGCACCACCCGATGGTGAATGCGGTTACACTCATGGCAGGTATTATTTGATAGTTTGGTCATTTATTTCACTGATTTGGCAACCGTCAAACGTCATCAGGGAAATGGTTTGAATTTCCGCTTAGTAAAAAACATTTGTGCTCCATTTGGGATGACACTACATACA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Seq C2 exon
GTTTACCTGTGAGGCTGGTGGGCGGAGAGAATGAGAGAGAGGGGCGTGTAGAGATCCTGGTGGGTGGCCAGTGGGGGACGGTGTGCGATGATGGATGGACGGATCGGGACGCAGAAGTGGTGTGCAGACAGCTGGGTTACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000061830:ENSDART00000140263:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.104
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0053013=SRCR=PD(56.7=82.1)
A:
NA
C2:
PF0053013=SRCR=PU(41.8=85.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]