DreINT0120787 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000053158 | prss56
Description
protease, serine, 56 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070912-579]
Coordinates
chr2:45199550-45202385:+
Coord C1 exon
chr2:45199550-45199804
Coord A exon
chr2:45199805-45202195
Coord C2 exon
chr2:45202196-45202385
Length
2391 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGC
5' ss Score
9.04
3' ss Seq
CCAATGTATCTTTGCTGCAGCTG
3' ss Score
7.67
Exon sequences
Seq C1 exon
CGTCTCCAGAAGACACACAGTCGGAGCCCAGCTGTGAGCTCATCTCACTTGCTCAGCAGGAGGAGGACGAAGGCGAGAGGAGCTGGATGTTGAGTCAGGCCTGTGGTTTCTACAGACGCCGCTGCACACCTGCTCAGGTGAACAGAGACGTCTGTGTGAGAGTGATGGGAGAAAGATGCAGTGCTCGAGTCCTGCAGTGCAGTCTGATCAACACCATGCAGAACCTGGAGCCAGACACGCAGAGCACAGCACAGG
Seq A exon
GTAAGCACACACACACATACAGTTACAACCAGAATTATTAAACCCTCTTTGAATTTTTTTTCTTTTTTAAATATTTCCCAAATGATATTTAACAAAGCAAGGAATTTTCTTCACTGTATGTCTGATAATATTTTGTCTTCTGGAGAAAGTCTTATCGGTTTTATTTCGGCTAAAATAAAAGCTATTTTTAATTTTTCAAAAGCCATTTTAAGGTCAATATTTTAAGCTCCTTTAAGCTATTTTTTTTTCGATAGTCTACAGAACAATCCATCTTTATACAATAACTTGCCTAATTACCCTAACCTGCCTAGTTAACCTGATTAACCTAGTTAAGCCTTTAAATGTCACTTTAAGCTGTATAGAAGTGTCTTGAAAAATATCTAGTCAAATATTATTTACTGTCATCATGACAAAAATAAAATGAATCAGTAATTAGAAATGAGTTATTAAAACTATTATGTTTGGAAATGTGTTGAAAATTTTCTCTCTGGGGACTAATAATTCAGGGGGTTTAATAATTCTGACTTCAGCTGTATATAATACATACACAGACACAGGTTTTAAATGCATTTTGGTATGGGAAAAAAACTGTTAAACGTTTCTTTTTTTTTCTTTTTTGGGTTCCATGAGGTGTCATTGTTCTCTTCACAGTTCATTCATTCAATATTTTAAAGGGACATTTCACCCAAAAATTAATATTTACTTAATACACTATGAAAAATAATAAGCAGCCAAACTTTTTAACATTGATGATAATACGCATTTGTAATAAAAAATATAAATATTTTTAAAAGCAAGTCAGCACATCAAAAGTTTTCTAAAGGATTATGTGACTATGAGGACTTAAATAATGATGCTGAAAATTAAGCTTTGTGTTAGATACAGGTGAAGTCAGAATTATTTGCTCCCCTGAATTTTTAGCCCCCCTGTTTATTTTTCCCAAATTTCTGTTAAACAGAGATAATTTTTTTTTCAACACATTTCTAAACATAATAGTTTTAATAACTCATTTCTAATAACTGATTTATTTCATCTTTGCCTTGATGACAGTAAATAATATTTTACTAGATATTTTTCAAGACACTTCTATACAGCTTAGAGTGACATTTAAAGGCTTAACTAGGTTAATTAGGACACTAGGCAGGTTAGGGTAATTAGGTAAGTTATTGTATAATTATGGCAGGTTCTCTAGTCTATTGAATAAAAAATAGCTTGAGGGGGCTAATAATTTTGTCCTTAAAATGGTTTTTAAAAAATTGAAAACTGCTTTTATTCTAGCTTAAATAAAACAAATAAGACTTTCTCCAGAAGAAAAAAAAATATTATCAGACATACTGTGAGAATTTCCTTGCTCTGTTAAACATCATTTGGGAAATATTTAAAAAAGTAAAAAAAAAATTAAACGGGGTTTAATAATTCTGATTTTAAGTGTATACAGTACATACCCAGACACAAGTTTTATATGCATTTTGGTATGGGAAAAAACGTTGGTAAACTGTAAATAAACAGTGCATTTTTTGTGGGTTCAATGAGGTGTCATTATTCTCTTTACAGTTCATTCATTGAATGGTTTAAAGGAACATTCCACCCAAAAATGAATATTTACTCAATACACTGTGAAAAATATGTGTTAATTAACAGATTCTACAAAAATATTAAGCAACCAAACATTTTACCATTGATACTAATACACATTTGTAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAACAAATGTGTACTCATTTAATGACCTACTGGCCACTATTATAAAATAATTTTTTAGTTCTATTTGTCCTGCAAATAGGAACTCTAAAACGATGTCCTGATGGCAGCAGCTGAAACACAGAGTACAATGGGGGATCCGAGAAGCATAGGATACCCTGAGCTCTCTTTAAAACATAATTATGGTAAATTACCATTGGACCAGTTTGGTTAAAACCAATGATCTTGCCCGCCACCTTCACCAGGCTACTCAACTTGTTCTTATTTGACACTCAGATTAACGTTCCAAGCTACAATTCAGAAAGATAAAACAGATTCAATAAATTGTTTTTTTTGTTTATAAACAAAACAGTGTCGTCATTGAGGTAGAAACCTGATCTAAGTTTCCTTGATCAGGAACTTTTTTATAGACAGCCTGGGTGTTAGGTTGAAATGTCAACATATTGTCAATAACATATTCAAATATATATTTAAATGCAACACTTGTTATTAATAAGTGAATAATAACTACATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATCCTTTTTAAAGATTATAATAATAATAAATATAATAATGATTAAATAAGACAGATTATAACAATACTATATTAATATTATGTACAATCCAATGTATCTTTGCTGCAG
Seq C2 exon
CTGTGTGTGGCCAGCGCTTCTCGGTCACTCAGAATGGGACTCAACCCAGGGCTCGTATCATTGGAGGATCTCCTGCTCCTCTGGGCAGCTGGCCATGGCTAGTGAACCTGCGGCTGGACGGGGCTCTGATGTGTGGAGGTGTGCTGGTGGATAGCTCGTGGGTCCTCACTGCTGCACACTGCTTCGCTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000053158:ENSDART00000075152:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.088 A=NA C2=0.094
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0008921=Trypsin=PU(31.0=68.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]