DreINT0121940 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000103699 | ptpn13
Description
protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 13 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070410-72]
Coordinates
chr21:9349525-9354253:-
Coord C1 exon
chr21:9353826-9354253
Coord A exon
chr21:9349654-9353825
Coord C2 exon
chr21:9349525-9349653
Length
4172 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGAC
5' ss Score
7.07
3' ss Seq
TCGGTCTTCTCTGTTTACAGGGG
3' ss Score
9.36
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTCTCCTTCTGGAGCCCATCACTATAATCCAGCCACACAAATCCAAGAATTAGACATGGACTCATCCTCTGAAGATCATACCCGCTCCCCGAGCCCTCCTTTTACAGCCAGCAAAACTTCGCCACCTCAGTCCATTCGGCAGGGCAGCATCAGCTCACAGGACTCCAAGACGGAAAGCGCCGGCCTCCAGCAAACACACCTCAATGGATTCCACAAAAACATTCCCATGGAGGGTCCCGTAGCAGCACAAGCTCTCCCTGCAGACATCAAACCTTCTATTGAAGCCATGCCACCAGCTTTGCCTCCTAAAACCAGAAAAGCTAAAGCCGCCGACGTCCCGAAAGAACTGGAATACTCTGACCGAGGGGATTCAGACATGGATGAAGACACGTACTCGAATAGCCAAGACAAATTAAAGACTAAAAAG
Seq A exon
GTAGACTCACTCTCTGTAGTGATTTAAGTGAACTTTGACTCTCACCTCAAGTTTGCGTTTGTGATTATAGTCAGTTTGATATGATTATGTGTGCTTTTAAACATGTTTTAACTTTATCCAAAAGTATTAAATTGATCTTTTTTTAAAATATTAGGACCGTTTTCGTTCGCTTATTGCATTCCTTTTTTAAAGTTCACTACATGGGGATTTTCACTTTAGTGCTCAGCGTATATGAGTACACCCCCCCACAAATCTCTCATTTAAATTAATATTTTTTCTATAGGAAGCTTTACAATATTATATTAAATTAGATTACATTATATACATTAGATTAGCCAGTACTGATGCCAAATCTGGAGCTTATCTAACAATATAACTTATGATAACGGTTTAAAAATGAGTAGCCCAAATTTATATGTTAGGAAAAATATTAAATTACATTTAAAAAAAAATTGCAAAAATTAAGAGAAGCAAAAAAAAAAAATTGGTTGAAATTTTATAGTTTGCATTTTTCTTGCAATATTTTGCTTGAATTTAATTGTATAATCTTTCAACTTCTAAAGATGTTCTTTGACTAAAATATTATTTTAATAAATATATCTGTTTAATAAATCTGTTTTGTTCACATACACCAATATAAATTACCCATGGTCACTGAGAAATTGATAAAAATATTACTTTTTAAAATGGGGTGTGCTCAATTATGCTGAGCACTGTAAATACACACAAATTTGCTGGTAATTCACTGAGCATCAGGCCATTCTTGATGTATTGTAGGTGACTTTTGTATTCATTAAATAAGGCTTTGGTGATTCATAAAATGCAATTTAATATTTGCGAGAAACAAGACAAGCATATCAGTGAATAAAATTAAACCCATTGCTCAGCACTGAAAAAAAAAAAGTTGACTCAAATTTTAAAGCAACCAGCTTCAGGACATTTTTGTGTTGACTCTACCTTCAACCCAACTACCGCACTTGACTCAATTTGAGTTGAGTAAAATAAAATGCCCTGAAGTTTGTTGCGGTAACGTTAAGTCAACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCAGTGTGGAAGATACATTGAGGTGTGATTTAAAAAAATGTTTATTTCAGAGAACAGATGTTTTGATTCATTAGACATCAATATATTATTAGGAGTGTTATTAACGAGGAGTGTATATTATTAACGAGTGTTAATTGTACCATTAAAAAAAAAAAAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATACAGTTAAATTTAGAATTATTAGCCCCCCTTTGTTTTTATTATTATTTATTTTTTTATTTTTTTATATTTCCCAAGACTTTTCTGGAGAAAGTCTTATTTGTTTTGTTTCGGCTAGATTAAAACCAGTTTTTAATTTAAAAAAAAAACAAACATTTTAACTACGAAATATTAGCCCCTTTAATCCATTTTTTATACCAAACCATCATTATACAATAACTTGCCTAATTACCCTAACCTGCCTAGTTAACCTAATTAACCTAGTTAAGCCTTTAAATGTCACTTTAAGCTGTATAAAAGAAGAAATATATAGTAAAATATTATTTACTGTTATCATGGCATAGAGAAAATAAATCAGTTATTAGAAATAAGTTATTAAAACTATTATGGGTTGAAAAAATCTTCTTTCTGTTAAAGAGAAATTGGGGAAAAGATAAATCGGGGGCTAATAATTCAGGGAAGCTAATGACTTCAACTGTATGTTACTCAAGTTTCTAAAGTCTTGTAATAACTCTTTAGTAACGCTCCAAGCTTTTACCATTGAGTAGTTGAGTGAGTGCACTTTAAAGGGTTAAGGTGTCGGTATCCTTCAACTTGCATTTTATGATTCACTAAAGACCACTGTTTTAATCTAAAGTCAAATAGAAAAATAATAATGCTTGCAGAAGTCACATACGTACATCTCTACATATTGTGAGTTAACAGTAAATATGAATTTTTGGTTGACATATGTTGGATTTTTAATATGTTTTCATTTTTAATGGTGATATCTTAGGAAAAGGTCCCTAAAATGTATTCTTTTTATAAAAATAATAATAATAATAATAAAAGAATGTATGTGTATTACTGACTTAAACATAATCACTTATATTTTACAGACATAAACAAATGATCTGAATTTTCATTCTCCTCAAATCAGTCTCACTTTCTTAAGAAAGTTTTATAGCATGATTTGCTGTTCAAAAACAAACAAATAATTTTTTAAAATAAAAATTATAACTGAATTTATGTACAAATATTGTAATTTAATATTGTAACATGAGATTATTTTTCAATATTCTTTGATGAATAGAACGTTAAATTAATATAATTTATTTGAAATATTACTAACGATCGCTTCTGTCATATTTTTTCAATTTAATGCGTTCTTGTACATTTTTAACTTTCCTTTACTAATGCCGAGTTTAGACTGCATGAGTTTCAAAGTAGTCGTGTCACAGATGTTTTCACACTGCATCTGCTCTGGTATAGCGTTCCTTCGCTGCTGTGTTTACACTGCATGATGGAGACAGAAGCGACAGGGGCTTTCACACTGCATGACTTTACAATAGAAGAATCGCCGACAATTTTGTCTTGGTCTGCAAACTACGTATCACAAACAAACACATGCAAGAAGTGACATGGAAATAAAGTGAGGTCACGTAGTATAGATTTTGTTATTAACTACATAGTAAGAAAGAAGCTTTTAGTGGGGTAGAAATTGTACTTATTTTGCTCACCTGGGTTTGAAGGGAATTAGCAATTTCTCTCCAACCTTTTTCTTTTTCGACCCGGTTGTGGTATTGCTCAGATCACTCATCAAGACTCGGGTGCTCTGCCAAATTTACACTAGGTTTTCCTTGATTTCTTGGGTCCAAATAGACCTAAAAGAAGCAATTTTAACCTCTCCCCGAATCTCCCGCTGTCCTGCAGATACCCACACTAGTGAATGCTGCTTTCTCATTGGCTGTTGGTGATCGCCGATGTTATTTTCAATCAGAACTCATTTCACAAGGCTTGATTTTGAATCATCGACAGATCCAGATATTTAGCACGCCAAATATCTCATGGGTGTCGGCGACTCATCAGTAGGCCCACACGGAATCTGTGCGCGCAGAATTCCGCAGATTTTCCGCAGAATTCCGCAGATTTCTGCAGTTTCTTAGCTCATTATAAAATCTGTTTATTTACTTGAGTAAATGTGTAAATCGGAATTTATTCAGTTTTTATTCAGTAATTTATTACTTTTTATTTACTGTATTAAAGTGTAAGTTATGATACTTCGCTGATACTCCCAAAATAATTCCGCAGAAATCCGCAGATTTTTACCTAAATTCTCCGCAGAAATAGCAAAAAACGACCGCAGATTCCGTCTGGCCCTACTCATCAGCGATTCTCTCAGATCACGTCTTTGATAGTTCACACTGTGTGATTGTTACTCACATAAACGAGCACCGATTTGCCTGTGATTTCTCGAAACCTGTCGGCGAGTCGAAATCAGGGCTAAAATCATGCAGTCTGAACTCGGCATGACACAAACTTACGATCTAACAACTTGAAATGAATGAGTAAGCAACCTGTGTGAACCTGGATAAACAGCACAGCCAGTTGAGTGACCAAATACTCAATACCAAAAAGGCCTCTTATTGACACTTCCTTTTAACTTTCATCTCTGCCAATCCAATAACAAGTAGACAGGATAAATACAGGTGGAAAGAAGTCTCAGATAATGTCTTTTTGAACTTTAATCCACCTTCAGAGGTAGTCAAAAACATAATCAGTTGATTGTAGTGTACTTTAAACACTCATGCTGCCACGTCAATTTTAATAAATGTTCATACCAGGTGAAAACAGACAAAGTCAAATTTGAAATACCTCCTTATTTTATGTATTTAATTTGACAAACATTGATTACATATTTCTTAAGAGCTCTCTTATCACTATTTAGGGTTAGCATTGACTGGCTTCCAATGCCAAATGTTTTAGATATCAGTAAACACACACTTACTGCTCTTGCTTTTTTTTTTTTCTGACCGATTGCATTTCTGAATGTAAATGCAATGCAGTTTTGCATGTCGACAGCATTAACCTTTGTCCCTTGCATGTGCACGGCCTCATATTTACATCGGTCTTCTCTGTTTACAG
Seq C2 exon
GGGGTTTCTCCCATCACCATCACGGAGACTTTAAGTGCTAGTAGCCCAGACGTCAATAGCCTCCACCCTGGAGATCTATTTGACATTGAGCTGTCTAAAATAGACAGCAGTCTGGGCATTAGTGTCACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000103699:ENSDART00000162225:24
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.986 A=NA C2=0.546
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0059519=PDZ=PU(18.1=34.9)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]