DreINT0124786 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000029372 | rasa4
Description
RAS p21 protein activator 4 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060526-349]
Coordinates
chr5:58634231-58656690:+
Coord C1 exon
chr5:58634231-58634292
Coord A exon
chr5:58634293-58656557
Coord C2 exon
chr5:58656558-58656690
Length
22265 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
TCTTGTCATTTTGTGTTTAGGTG
3' ss Score
9.78
Exon sequences
Seq C1 exon
CCGGGATGATGTCATCGGGAAGGTGTCAATCACTAAGGAGGTGCTCTCCGCCAAACCGCAAG
Seq A exon
GTAAGAGAGTGTTTGCTCTCCATAATCTTCATTCACTTGCTGTGGTGCAATGGGAAATCAATATAAAGAGCCAACAAAGGGATTTCTCAGTAGATTTGTGAGAAGAGTGTTGCAAGAAACTTGTGACAAATAATCAAGTCAGACCAGTCAGACAGTCATACGTGTGGACTGTGGACACTTGACTGACATGTGACTGTGATAAACCACAAACTTCCTCAAGTCATATTTAGCTGCTGCATCTGAGGTTTAACATTTGTTGTTATGCTGAGAATTCAATGTTTTTCCACCTGGCTGACGATGGAGAAAATGTCACATATTTACATTAAAGGAGAAACAACCATGAGAAAGCTCTCCTAGCAACCATCCAGAATATCCTAGCAACAGCCTCCCACAATACGTTTTCATCATGGGAGCAAGTTTTGTTGCGTAAGCAGGCGAAAGCACTTTTGTTGGAAAATGTTAAAGTGATGAACTGAAGCATTTAGAAACATCAGTTGCCACTATTCAGTAAAGCTTCATTTTGGATTTCATTTGTTATAAGCTTTTATTTTAATGTTATTGAAAAGTAGATTTTACACACAGGCATGGGACAATAACCCTTTTTAAGGTTTATTGCAGTTTAGAAAAGTCAAGGTTTTAAAACCGCCAAACTTTTCAGCTATACCGTCCTTAAGGTATGTGTAAGATTTTTTATTTAACTTTTTTTTTTTTTTTCGTTTTTTAGGACAACAGTATATCCATCAGAAAAGATATCCAAAGATTTCATTTTAAATTTGAAAGAAATCAGTGTTTTTAAAACAAATGAAGACAGCAGAAGTCAATGATTCATTTGAATTATTTAGCCTGACATGTTTACTGCTCCAAAATATTATAAATGTTTCTCAAAATAAAATATTTTTTGTTCAAAAGAGAAAAAACGTTCTTGGGTAACACTTTACTATAACTACACACTATAAATCATTTATTAAGCATTGGCATCTAGTGAATCTGTTAAGCATTAACTCTACATTAATAAATGTCCTTAAGCAGTTTATAACTGCAGCTATAAATGCTGTATTAATGACTTACAACCACATTTATTATGTGCTTAATAACAGCACTTTTATAATTTGTGACTGGTTGATTTTTCAAGACTAAATTAAGTAATGCATTATTTACAAACCATTTGTAATTAAGAGTAGTTGGAGGTTTTTAAGATCATTCAGAATGAGTTAGTAAATGATTAATAAACTCTTGAAATTCATTCATTCTTTTTTTTTGTCGGCTTAGTCCCTTTATTAATCCAGGGTGGAATGAACTGCCAACTTATCCAGCACATTTTTATGCAGCGGATGCCCTTCCAGCCGCAAACCATCTCTGGGAAACATCCACACACACATTCACACACACACACTCATACAATACGGACAATTTAGCCTACCCAATTCACCTGTACCGCATGACTTTGGACTGTGGGGGAAACAGGAGCACCCAGAGGAAACCCACACGATCGCAGGGAAAACATGCAAACTCCACACAGAAACGCCAACTGAGCCGAAGCTCGAACCAGCAACCCAGCGACCATCTTGCTGTGAGGCGACAGCACTACCTACTGCGCCACTGCGTCGCCATACTATTGAAATTAACATTTATAATTTTTATTATTCAGGCATATAGTAATGGTTACTTTGTTATTAAATGCTTTATTAACTCAACTTCAATTTTGTAATCTAAAGTGAGGACTATTTATGCTTTATGAATCCCTTATAAATAACAATTAAAGGCTCGGTATTAAATAAACAATAATTTTTGCAATCTTATCTAAAAAGTGACTATTACTGTAAAGTTTAAACAGGAGTGCCAAAATATAACATCAAATTGGACAAAACAACAACAATATAATATGATACATTTCAATGTTGTTCAATATTATAAACTGTTCAGTAATTTTATTTTAGATAAGGTTGAAAAGATTTATTTTCATTCATTTCAATTTCAATAAATGAATAATGTCATTCATGCTCTTTTTTCCTCTTTAAAATATAACTGAGCCTTTAATTGTCAATTATAAGGGATTTACGAAGCATAAATAGTCCACACTTTAGATTAGCTCACAAATCTGTATAAAGTTGAGTTAAGAAAGCATTTATTAACATACAAATTAACTAGTAGTATATGTCTGAATAATTAGAGTTATAAATGTTAATTTGAATAGTTTATTTATCATTTACTAACTCATTCTGAATGATCTTTAAAAACCACCAAATATGCTTAAATAAATGGTTTGTAAATAATGCAATTCTTAATTTAGTCATGAAAAATTTATCATTAACAAAGTATGAAAGCGCAGTTATTAAGCACATTATAAATGTGATTGTCTAAAAAGTGAGTATTTGTATCTGCAGTTATAAACTGCTCACTGACAGTTATTTATGTAGAGTTAATGCTTAACAGATAATGAATTCACTATTTGCTATTGCTTAATTAATAATTTTAAATAAATAGTGTGTAGTTATTATAAAGTGTTACCAGTTGTTGTTTTTACCCAGACATTTAAAAATAAAATATTTTAGAGCAGTAATTACAATACCGTGAAACTGTGAATCTGCCTAGTTACACAGCAGTTGTTAGGTTGACAAAAAGGTTAACAAGTTATATTTAGGGTGGCACGGTGGCTCATTGGTTAGCACTGTCACCTCACAGCAAGGAGGCCGCTGGTTTGAATCCCTGCTGGACCAGTTGGCGTTTCTGGAGGAAGATTGCATGTTCACCCCCAGTGTTCGTGTGGTTTACCTCCGGATGCTCCGGGTTTCCCCCAGAGTCCAAAGACATGAAAATCCAAAGAGGTGAACTGGATCAATTAAATTGTCCGTAGAGTGTGTGTGTGAATTTGAGAGTGTATGGGTATTCCTTGTATTGGGTTGTGGCTGGAAGCTGCGTAAAACATATGCTGGAATAGATGGTAGTTCATTCCGATGTGGTGAACCCTAATAAATTAGGCACTAACCCAAAGGAAAATGAAAGCATGAATGAAGTTAGATTAAACAGCACTTGTCACTGTCAAAACGATTAAGGGTGCTTTCACACTTGGTCCGAATGCCTGGTCCGAACCCATGTTCGATTGTGTCCACTCAGCTGTTTTTTTTCCTTCTGTTGTCTAAATTGTCAAAACTGCTGTCTAAATTGTCCATAGTGTATGAGTGTGTCTGTGTGAATGTGTGTGTGGATGTTTCCCAGAGATGGGTTGCGGCTGGAAGGGCATCCGCTGCAAAAAAAAACTTGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCCGCTGTGCGACCCCGGATTAATAAAGGGACTAAGCTGACAAAATGAATGAATGAATGAATGAATGACTGCTGGCAGTCTAGATTCACAATGACAGGTATAAATTAAATATATATAATATGTGTGTGTGTGTGTGTTAAAGGGCACCTATGGTGAAAAATTTACTTTTCAAGCTGTTTGGACAGACATGTGTGCAAGGATAGTGTATAGACCGTCATATTAGGGTGATATAAACACACACAGTCCTTTTTTTTTTAGAATTTAACAACATAAAAACGGTGGACCAATTGGAGCGGTTTTCAGACCGACTGCAACTTTACGTAGGAGAGCGGTCCCCCTGCCCACAGATATTGATTGACAGCCTCGCGTCACGATCATATCCTCAGTTTCTTGTTGCACGTCCGCCATTTTCAGTGTGTGAGTCAAAGCGACATCACTAAAGGAACACCCTTGCTCTATTTTTTTGATGAAAAGCTCATACGGCTCAACACAAGATCAATATTGTCCACATTATCGCTGTGATCGGAATTATTGCTTGTACCTTTTGCGTGGTGCGGCGCCGTGCATTTTGGAGTTCTGGGCTAGGGTTTCTGTTGGGGTGCACGTGGCGAAGCTTTGGATCAGCGGCTCGGTGGCCGCGGAGCCCGCGATGGCGTTGTGTTTGCCCTGGTGAAGGTTTGAGTTCTGGACTGCGTGGCGCGACAATTCGGGACACTCCATGTTTCTGCCGCGTCACTGAGTGTCTGGTGTGCCGTGTCGCGTCGCATTTGGTGCCTCAGTCAAAGTTAATTCAGTGTGTGTGGTTATTAGTCTCGGTGTACAAGCTCGGCACTTGTACACAGAGACTATACAAAAGCCCCTTTCCCACAGTGATAGCGGTAAATTCTGGAAAATTTCCGGAACGACTTTACCGGTATATTCAAAAAAGCGCTGTTCACACAGGCGAGGACGTAATCTGTAATCATTCACCACAAATGAGCTTTAAACGGCTGTGCTTGTATTTGTAAACATTTGACTAAATTACAAACTCTGTAGATGATCAATATTGTAAACAACTTTCGCAGGATCACTTTCGCATGTCGAGATGTTCATAATATGTGCGTGTTCACAGGCACACGCAAAGCTTGAAGGTAAACAAACAACGGCTTATCATAAGCATCTCATCGATGATTATTTACACAGTCGGCATTAAGAAGAACATATAAATGTGATCTGACTAACTTCTAGCAGCTAAATGTGTCTGGAAAAATATTCAAAGGCTTTTATTCTCATAAACCGCGCGGACGTAAATGCGTCTGACTGTTGTGATTGGCTAAAGCAGACGTCTCACGTCAGCACGTTCTAGACGTGCACGCGCTTATTCCGGCAATATTCCTTCTGCATTCACACAGCGCAGCATTCTGGCAAATTGCCGGTAATGTTACAACTTCTCTTTCCGGAAAATAGCCAGAACGAGTTTACCGGTATTTTCAAAAAGGACCTGTTCACACATACAACCTTTTCGTAAAAATTGCCGGTAATTTTCCGGAAAGGTCTGTATGTGTGAAAGGGGCTAATGACACAAATGATTTTGTACTCTCTGCTTGGTCTGTGTGCGACTCGTACATGTACGGGTGAATGCTCATCCTAGCTTAGCTTAGCTTCTCTCTCTGTCTGTCACCCTGTCTGTTAAAAACACAGAGGGTGGGAGCTCTTGGCTCCGCCCCCTTGTTATGTTG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Seq C2 exon
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Vast-tools module Information
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Mappability confidence:
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Protein Impact
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Features
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Main Inclusion Isoform:
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Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]