DreINT0126437 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000007727 | rgl2
Description
ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-010131-1]
Coordinates
chr16:45418509-45422136:-
Coord C1 exon
chr16:45422027-45422136
Coord A exon
chr16:45418725-45422026
Coord C2 exon
chr16:45418509-45418724
Length
3302 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTGAGT
5' ss Score
8.34
3' ss Seq
ATGTTTTGTTTGGCCTAAAGGAT
3' ss Score
5.55
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCCTACCAAAGGTCTGTTGTCTCCTCCGAACCCCTCAGACTTTGATGCCACCAGCGTCCTGGGATTTCCATCTAGCGTGATCGCAGAGCAGCTCACCAGGATTGAGACA
Seq A exon
GTGAGTCTGCCATGCATTTGAACCAAGAAAAAACACTTTAAAGTCCCCCTGAAATATAAATAAAGTCGTAAGGTTGTCTATAATTGGAATTATATGGATTATATAAATGGAATTTTATGCAGTGCTTCTTCTGTGGTGTGAGAGGGCTGCACGATATTGAAAAAAATCCAACTCCATTGCGATATTTAATTTTTCTGTGATTGATATTGCAGTATATACAATTTCAGCAGATGACTTAAAAACTGCTATTTGGAAGGAATTTATTAAATGAGATTGATTGGGATAATTCTGTAGGTAAGTTAATTATGCATAAAATGTAATAAATTACAAGCATAGATACAGTAAATACAAAAGAGCAAAGACATAAGTGTGATTAAATAGTGTTTTATGCTTTTCAGGGCAGTCAAATAGTGTTCAGGTACAGAGTTTGAATAATTGATGTAAAATAAGTCTTTACTGTACAAATAAATCAATAAAATGATACGTTATTAAAGTTACAAAGAGGTAACATTTCTTGTGCCTGAATACTTTAAACTCTGTCAGGCCTTAAAAACATGTGCAAGCCATAAACTTTCACTCCATTATGGTTAAACTCTTTAATCATAATTCAACAATGCATGTCCAGCAATGTTACTATTGTGGATGTGCACATTGCACTATCAATGCTGAAATGATATATTTTGCAGCCCTAGTGTAAGACCCACATTATATTGTGCCTCAATCAGGCAGTGAAGATCATTGATTTTGAAGAAACCACATCTTAAACGTGGTGAGTTTGCAATGGCATAGTAGTTCAATAAAAACACCTAAGTGGATGAATTCCAAATTAAAAGTCGCAGTCTAAGGGTGTACTCACACTATGTTATCCGAACCATGCCAGACGATCCCAGATCGTTTTAGAAGCGTGAGTGCTCTGAATTGGGCTTAGGCATGGTTCACTTGGCCAGCTTTGGCCCGGTTGGAACAAGTCAGGGTAACGGATCCAGCATGTTACCCGAAAGCCGATGGTAGCTGGGATGGTGAGGTGGATGGCGAAGGGGTGTCACGGACGAAAGTGAAGAGGGTTGAGGAGTTGCGGAAGAAAGTAAAAATGTACAGCGGACAGAGGAAGAGGGCGGTTGAGGAGGGGGATCGATAAAATGAGGTGCCGGATCAGATTTCAAAGGTGCCAGTTATAGATCTGGCTGGTTCCAGCACAAATTAAGCCCTGGTGAGTGCAAAGTGTGACAGAAGACGAGACGTGATTTTTAAGGGACTTTTAAACTGTTCAATGACCGCAAACTGTTGTGGATTAATAAAGACGGAAACCATCACTGCATGACAGCTGTACCTTCAGCAAACCTCCTTATTCCTACAGCACGAGGACTTTATGATTTTTTATGACCATCAAAAGTGGCTGATGTGTTTAACGAAGTATTTGACCGAGTGTCACCGCATATCAAACAACTTAAGCAATATAACTAAAGAAATCTCCACTGTGCTGAACGAGATCGCTTCTTACTTAACAGCACATCATCGATGACGTAAACCCGCTCAGACGCAAATGCAATGTGAGTGCGAGACGGGAGAGGGGACAAACGTGCTTCGACCCGGTTCAAGCCAACTGTACATAGTGTGAGTACGCCCTAAGGAACTTCAGGGGCCCTAAAAGAAAAACATTGCTGTGTTTTGATGTCACATTTAGCCTTAAATCACACCGAATGCACCTTTTTTGCAATGAGAGATGCCTTTTATGAATGGTTTTCTAATAGCCGCGAATGTTTTGCGTGCTGCTTATGCACCCTGTGCACCTCGCATTTTTGCCTTTGCACTGTGTGTGCTTGCAGTTGAAAAAAAAACCAAATACATATCAAAATTATTAAAAAATGATAAAAAATAATAATAAAAAACTAAACTAATGTAATACTTTATTATTATTTTTTTAATCTGTTGGGAGTTATTCGTTTACCAATATTTATGATTGATTCAAAATGAAAACAAAAACACAACAAAATTCTGAAAAAAAATTAGAAAAATAATAAATGAATAAAATTGTAATTATTGTAACTATATTGTATTATATTATTAACATTAACCTAGATATAGTTTTTAAAAATGTTAAAGTCATCTATTTTCAATTATTAAAAGATTTAACCAAAAATACAATAAAAAAAAAACATTAATCCAAAATTAGTGAAGTTTAATTATAAACTAATTTCGAGAGGATGACGAGCTTATGATTAGCCTCAGCTAGTTCTGCATTAGCTAACACATGATTCACCAATCTGACTATTCCTAACTCACCATAAATAACCAGAGTTTTCATACCTCTGTCATCTTCGTTTTGAAGAATTCCCCATTCACCCCTACTCCTCCCCCTTTTCCTAGATAGGGCGACACGGACCAAGTGGTTTGCAGAGTTACCTCACAACAAGAATGTCACTGGCCAGTCGACAGTTCTTTGTGGAGTTTACATGTTCTCACAGTGCTTCCCGTAGCGTCTTGCTTCCATTGTCTAAAGACATGTGATATAAGTGAATTGACTAAACCAAACTGGCACTATAGATGAGCTCTTAGTCAGCAGTATTTCTCTTCATAGCAATCCCTAATTTGTCATTAGCCATAAATAAGCAGGGGAGTTCTCGAGATTTACCTGAGCTCAAACTCCCCTCTCACCCTGCAAATGGGAGGGAGAAGACGAGACGTGATTTTTAAGGGACTTTAAAAAAACGCAAGCTTTTAATAGAAAAAGCGTGCTACATCAATCGTGTCTTTTTTATTCTCCAATCAAATGAAAGCAGAGGTGGGTTTTCTGTTTAGGTATCCCAGAGCTTCACAAATCGCGAATATCACAATATTATTAAATATTACAATGCTAAGAATATCAACTGTAGCCCTCGCGTACAATACGCAGCTGATTCAGTGGTTGCCCACACTCTCAGAAATACAGGTACGCAAGCTGTAACTGGGGTGGTACCTTTTCAAAGGTACACATTTGTACTTAAAGGGTCCATATTGGTACATTAAAAGTATATATTAGTACCTAAAACTTTTAAGAGGAACACTTTTGTACTTTTTAGATACTAATATGTACCTTTGAGGTATTAACATGGACCTTTTGGGTACAAATTTGTACCTTTTAAAAAGGTACCACCCCAGTGACAGCTCGCAAACCTTTATTTCTGAGAGTGTAGTGACATAAAAACCGCAGCGGACTTCTTTTTTTCTTGTCAACCTTGCATTCTCAGAATAAAAAAACATGTTTGGTTTAATTGGCCCATTAGCCTCTCCATAACAAACAAAATGTTTTGTTTGGCCTAAAG
Seq C2 exon
GATCTGTTTCTGAAGCTGGTGCCCCATCACTGCCTGGGCTCTCTGTGGTCTCAGAGAGATAAGAAGGGTCAGGAAGGAGCATGTTGGTCAGTCAGAGCAACTATCAAGCAGTTTAATCGCTTAGCTAACGCCGTCACGGCCTCGTGTCTGTGGATGACAACTCTGAAGAGCCAGCAGAGGGCCAGACTGCTGGAGAAGTGGATCAGCGTTGCAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000007727:ENSDART00000004052:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.135 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0061714=RasGEF=PU(7.5=43.2),PF094555=Cas_DxTHG=PU(0.5=2.7)
A:
NA
C2:
PF0061714=RasGEF=FE(33.5=100),PF094555=Cas_DxTHG=FE(38.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]