DreINT0130765 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000058102 | sardh
Description
sarcosine dehydrogenase [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-996]
Coordinates
chr10:10519309-10523891:+
Coord C1 exon
chr10:10519309-10519399
Coord A exon
chr10:10519400-10523749
Coord C2 exon
chr10:10523750-10523891
Length
4350 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACGT
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
TGCTTTTGTCTCTATCTCAGGCG
3' ss Score
8.75
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATGATGTTAGGGGGAGGATGTGGAAAAGAGCTGGCTCACTGGATCATTCACGGCCGTCCAGAGAAAGACATGTATGGATATGATATCAG
Seq A exon
GTACGTTTATTAAGAGCAAATGTGGTATTAATTTACTGACATTTAGATGGAGCAATCTGAAAATGGGAATTTTAATATTTTTTATTGGATCTGACACAAATGATTATTTGCAGTTGAGTGAGTCAAAGACATTTCTGAAAGAGTTGCGGAGTTGTGTTTGTTTCGACTGCTCACATTTGTGTGTTTGGGAATGGATCGTGCCAGCCATCTTTTCAAACTTGTCATGAGAAGCACTTGGAAAACAGCTGTTCCACTGTAAAAAAAATGGAATGTTAAATAGTCAGGACAACAAATATTTGTTTGTTGCTTTAACTTAATTTAATAAATTAAACAACATTTTTTTTGTTATAAAAAGTTTAACTTGATATTTTAATCAGTTTGAATGATGTAATTTGAGATGAATAGATAAATTAAAATGATTCAACTTTAAAAAATTAGGAGCAATTCTTTTGACAGTCAGTGAAATAAATTCAGAGTACTAGCATGAGGGATTTGTGTTTGCATAGTTGTTTGTACAGTTGTACATTTTATAATGAAATGATTATATCTTTCCAAAATGCTCAGTAAATTATTTATTTATTTTACAATAGAGTTGTATTTTTTTATATTTCAATATTTTGGAGGTGAATAAAAAATCCCCCCTTAATCTATAGTGTTTTGTATCATTAACCGATTTGAGTGTCCAGAAAAAATGTATAAATGTAACAAAATGTTGAAAAATAAATTACTTTACTATAAATTTACTATAAATTTAATAAAATTTACTCTAGATAATACTTATGATACTGTTAATTTACTGTTAAAAGTACTATTATTTCTTAATTTTTTAAATTTTACTGTAGAACTTTTTTATTCTTTATTTTAAAAGCTTTATGGTTTAACTTTTGAAAAGGAAGAAATTAAGTCGGCGGCACGGTGGTGCAGTAGTGGTTCTGTCGCCTCACAGCACGAAGGTCGCTGGTTCGAGCCCCGGCAGGGTCAGTTGGCGTTTCTGTGTTGAGTTTGCATGTTCTTCCTGTGTTCATGTAAGATTCCTCCAGGTGCTCCGGTTTCCCCCGCAAGTCCAAAGACATGTGGTACAGGTGAATTGGGTAAGCTAAATTGTCTGTAGTGTATGTGTGTGAATGAGTGTGTATGGATGTTTCCCAGTGATGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCCGCTGCGTAACATATGCTGGATAAGTTAGGTTCATTCCACTGTGGTGACCACAGATTAACTAAGGGACTAAGCCAAAAAGAGAATGAATAAATGAAAGAAGAAATTAAGTCATAAATATATATTCTATAATTAAATATTAGTATTGGAGTTTTAGTTGCAATTTAAATTCTTTTTATTATACAGTCAACATTATGCAACCTAGGCAATTTTACTCTAATGTACTGTTAGGGATGTTTTCATCCACTCTGGGGTGATTTTAAGTCTTATTTTAAGTCTCCATAACTTTTTCTGTGTTTCAGCTAGCAGATCGATTTTTGGTGACATCTTATTTTGATACGTTTTGTAAAAATGCTTTGAAATCCAATTAAATCAAAAACAATCAAAATTGCATAATTAAATGGTGTCATGGTATCGCAATTAAAAATGTGGTTATAATAGAAGTCAATAGAGCAAAAACAGTAAATTAGAGAAATTTTTTAAAATTCTTATGCTGCACAAAAACAATGCATAAAAAGCCAATGATGTTACTAATCATTTACATGTCCAAGACTGTGATTAAAAGTTTTTTTTTTTTAATTCAGTCCACAGTTAAATTCTTTTATGTTGAAAAACGTGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATACAGATGTTACTACTTCAATGTGTTCCTCGTGCCGCCATTCTTACTGCGGCGACGGCGGTACTTGATGCGCCAGCAGCATTTGACCGCTGGGTGGCACTTTAACCACAGATATTCAGCTTTGCCTTTTCAATCATCAAAAGACAGGTAATTTAATTACTTTCGATGTGCTAAAATATTTGTTAAATAAATGTTATTTCAAAAAAAGAATATGCAATGTGCTCTGACAGGTAAAATCCGATTCTTTCTCTCTTTCAAGCAAATTTGAATGCCAAAGGATTTTAGATATGCATATACAAGACTACGTAGTATATTAACATCAACAAATTAATAAAATAAGTAGCAAATGAGAAATAAATGACAGACAAGTTTATAAAAACAGACATTATCTCTAATGGTTATCAGAATTGCAAGATTAAAACAGCTGAATATAGGCTTAAAATAAATCTAGAAAGCAACTACTGTGCGCTGATATTTATTCTTTTTTTTTTCGTTCTTCACATGTTGCCACTCGGCACATCTTGCTCTCCATCTTTAAACAAATGTTTACATTATTGAGGTGCTCTCCGGCGGCGAAAGTTCTGGCAGAGTAGCGAGTGAAAAAATGTGCTTGCAGAAATTGGAATCAAAATTTAAATTATATAACAAGACTCGTATTCTTTCTAATCCTCGTTTTAATACAAGTTGTGTTTTTTATATTTGTGGCTGTGAAGTTTATTAAGAATATATATATACATTATTTTTATTACACTTTAAGTGATCTGCTTGAGGTAGGTCACGTTTATCAATGGTAAGTTTTAGCCTAAGTTTACATCAATAACATAATGTGCATTGTCCTTTACCATACAAAAAAAAGAAAAAAAAAAACATGATTATACACCATAGTAGCCTGTAGCCTAAAAAAAGGCCGCAAATATTTTTAAATGCATTAAAAGGCAAGCGCATATCTTAGCCTTGAGTTTGTTCACATTCTGCCTGTATTAACATAAATGCTGTATTTTAATACAGCTTATTTTCATCAATTAGCTCTAACCTTTGACAGCTTTTTCTTCTTTTTCCGCGGTTATGCGGCATTATATTTCACACACATATGCAAGGTGACTGAATATGAAGTTAAAATACAAAACATACTGAGCCATTAAGTAAAAAAACAAAAAAACAAAACAACAGTTATAGCTACTTTAAAGGAGAACATTGACGTTTTGAAAAAAAAAAAAAAACTGAACTGAACTGAAACTAAATTATTAAAAATAAACCTGCGAGACTTAATTTATGTCCTGCGGCAAAAATATTTTTATTATATTTTTATTATACTTTTAGTGATCTGCTTAAGGTAGGTCCATTTATTTTTTCTTTTGATGAAGCAGCATTCAACTTAAGCTCTTTAGACCATGCTGCTGACCGTACTGTACGGCAATGTCTTTAAATAAATAATTTATTTAGGCCTATTTTCATTATTCATTTATTTTTATTATTCGTTTATTATTATGTACAATTGTTGAGACATAAATGAGATAGTAAAATATAACCAACAACGAAAATGGAAATAAAAACAGAAATAAAACATAAATGAAAATGTCTTGTCTTAGTCCTATCAAAATAGCAAACACTGAACATCTTTCTATATTTAGGCTGCTTTATTTATTTATTTATTTAAGACTACTTATTTGTACTAAATGTTTGTGCTTTCATTTTGTTTGTCTTTTACTTCTTCAATACTATTTTTCAAAACTAATCCTCTTTGCACTTAAAAAGTTTACAATAAAGCGTGTTAACAAATTTTAAACGATTAATGAAGGAATTATAATGCTTTGACTTATTGTTTAATATCATTTACAAACACAGTAGCTGCTGTATGGGCTATTTCTGTCCGTTCGCATCCCGTCCCTTTGCACTCCCTGGCGGCTCATTCACAAACTGCGGTCATACACTAAAAACACAGCGGCACCTATTTCAAACGGCGGCGGTACATGCTGCGGCCTTAATAGCCACTTTGAACTCTCACCTACTGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTATCAAGTCAGCTATATCATTTGTGAATTTAGCAATTAAAGAGAAAAATCCTGTAATTTTTAAAAACATTTAGTAGTTTTGATCAGGACTGAGGTTGATTAACAGATTTCTGCAAACAAATGTGAAAAAAATATTTATCTGACGCATTTTTACAGAAGTTTAATTTCGTGGATGTTTTCATCCCTAACATAACAAAAGGGTAGTCAATTTGAAAAGGAAAAATACTTTACAAACACTGCACTGGGCTTTAATAGTCACAGGTTTTGGTCGCGTCTGTGAAAGGATCGTCATGACAGCAGCTCAGAATGTCAGATAGAGGTATTATGAAGGTCAGGCACAATCACGGAGGGCAGCGAACCTGTACTGTCCTGTACATTCCTGAATGAGCCTTCAGACTTTTCATCTGCCAATTTTTCATACTGTCATTTCATCTGCTTTTGTCTCTATCTCAG
Seq C2 exon
GCGCTTCCACCATTCGCTGACCAACAACAACCGTTGGATCAGAGAGAGAAGTCACGAGTCCTATGCCAAAAACTATTCAGTAGTTTTCCCGTTTGATGAGCCTTTGGCAAGCCGAAACATGAGGAAAGACCCCTTCCATCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000058102:ENSDART00000080904:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0126619=DAO=PD(3.9=45.2)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]