DreINT0130955 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000062968 | sbf1
Description
SET binding factor 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040718-139]
Coordinates
chr4:9943163-9952952:+
Coord C1 exon
chr4:9943163-9943273
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr4:9952847-9952952
Length
9573 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGA
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9.22
3' ss Seq
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3' ss Score
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.014
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0214116=DENN=FE(19.7=100)
A:
NA
C2:
PF0214116=DENN=FE(19.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
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