DreINT0131000 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000059460 | sbf2
Description
SET binding factor 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030911-10]
Coordinates
chr7:66784016-66787629:+
Coord C1 exon
chr7:66784016-66784129
Coord A exon
chr7:66784130-66787551
Coord C2 exon
chr7:66787552-66787629
Length
3422 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAACG
5' ss Score
6.05
3' ss Seq
AATACCTCCTATGTCTGCAGGTT
3' ss Score
9.67
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCGATGTGATCATTGCTGACCTTGATGGAGGAACGATAAAAATACCAGAGTGTATCCACCTTTCACAGCTTCCTGAACCCCTGTTGCACAACACTCAAAAAGCACTGTTCATG
Seq A exon
GTAACGACAAAAAATACATGTTGCACACTCACGTTGTTGTATGGTGTTTTTCTCAGGGCTTAAAGGGCACATAGTTTACCCCTTTTTTTATGATTTAATATTAATATTATGGTTCTTCTGAGTGTGCCAGTTTAGGTTCAGTTCAACACACAGTTCAGATGTTTTTATTTTAATGTGTTCAAAAGTGTCATGTTAGGGGCGTTTACACAGTTTGCTGTTTTAGGGGTGTGTTGCTTCACATGAAAATTAGTTTCGGCTTCCCGTCCAACCTAACAAGGGGGCGGAGCCTAGAGCTCCCGCGGTCTGTGTTTGCAACAGACAGGCTGACAGACAGATAGAGAGAAGCTAAGCTAAGCTAGCTAGGATGAGCATTCAGCCGTACATGTACGACTCGGACACAGACCAAGCAGAGAGTACAAAATCATTGTCTTTGTATAGTTTGTATAGTCTCGGTGTACAAGTGGCGAGCTGAAAACAACACACACTCAATTAACTTTGACTTAGTCACCGAATGCACCACGACACGGCACACCAGACACTCTCAATGGCGCGGCAGAAACATGAAGTGTCCCGAATCGTCGCGCCACGCATTCCAGAACTCCAAACACAGGGCAAACACAACAGCGTCGCGGCTGCCGAGCCGCTAACCCGAAGCTCCGCCGCGTGCACCCTGACAGAAACCCAAGCGCAGAACCTTGAAATGCACTACGCCGCATCACGCAAAAGGTACAAGCAATAATTCCGATTAGAGCGATAATGTGGAGAATATTGATCTTGTGTTGAGCCCAAGGAGCCTTTCATCTAAAAAGAGAGCAAGGGTGTTCCTGTAGTGACATCGCTTTGACTCACACGCTAAAAATGGCGGACGTGAAACAAGAAACTGAGGATATGATCGTGACGCGAGGCTGTCAATCAATATTCGTGGGCGGGGGGGACGCTCTCCTACGTAAAGTTGCAGTCGGTTTGAAAACCCCTCCAATTGGTCCACTGTTTTTATGTTGTTAAATTGAAAAAAAAGGACTGGGTGTGTTTATATCACCCCAATATGACGGTCTATACACTATACTTACACACATGTCTGTCCAAACAGTTTGAAAAGTAGATTTTTCACCATAGTTGCCCGTTAAAAGTGAAAAAAAAAAATAATAATCCAAACGTTTCACTCTGAGCAGAATTGATATTTTTCCGATTCGGTTCTTGTGTTCTTTAATAAACAAAATATTCCGAAAACGGTTTTCTAGAATGAAAAGAAAAACTATTAAGAACGTTATTTTATTACAAAGTATTGCAGGGCTCTAGAGTGCCCTGATGTCTTTATGCTGCAACTAAAAATTCTCTTCGCGGGGTAAGATTAAATTAATTTTCGATGAGTATCGTTAAAGAAATATTTATAATTTGAACTTGCTTTAGGTTATGTCTATACCGGCTTTGCGCACTGGCTCACTGACAGCAGTTGATTGACACACTGCTTAAAGGTGCTATACACACAGCCCCACTCCATGGTATCGATTTCGGAAGCTTTTGAATTTGTGTAAATCCAGGCGGAAAACCCAAAATAGCACTTGATTTAAAGAGGTTAAACTAATAAATTGTGACCAAAAAAATTGTGATTTATTATATTTACAAAAATATAAAATCATGTTAACAGTAAGTGTAATGCAGCGGTATTTTTTTTCTAAACATTTTAAAATATATATGTTTTTTATCAAATAATGAACATTTTAAAAATATCTTTAGTATTATTATTATAATTATAATTTATTTTTGCCTTTTATTTTTACCGAAGTGATTTAAAAATATGAAAATAACACTTTCATTTAATGTGCTTTTTATGTATTTAAATCTTGAAATCTTTTTTTTTAAATTTAATTTCAATTTTAATTTTTTTGTAATAATATTATAATTGTATTTTTTGGCCTTTTATTTTTACTGAAGTGATTTAAAAATATAAAAATAGCACTTTTAGTGCATTAAATGTGCTTTTTGTGAATGTAAATCACTTTTTTTCAATTTTATTCAATTTTTCAAAAATTAGTTTCATTATATATATATATATACATATATATATATATATATATATATATGTATATATATATATATATATATAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTCGTTATATTATAATTGTATTTTATTTTGGCCTTTTATTTTTTTTTAAATGCCATTTAAAACAGTGAAAATAACACTTGCATTTAATAAGCTTTTTTCATGTATGAAAATCACTTTTTTTAATTAAGATTTTTATTTTAAAAATTATTCATTTTGGCTTTTTATTTTTTCTGAAGTAATTTAAAACAATGAAAATAATTGTTGCATTCATTATATAAAAAATACTTTTTTGTTTTATTATATCTTTCAAAAAATTGTAATTTTAATATTAAATTTTTTTGTGATAATATTATAATTGTAATTTATTTTGGTCTTATTTTTTACAAATGTCATTTAAAACTATGATGGTAACACTTGCATTTAATATGCTTTATGTATATATATTGTTTTTTTATTAGATTTTTTTAAGAAATTAGTTTCTTGATTTAATTTTGATATTTAGTTTTTTGTAATAACATTATAATATATAATTTATATAATATTTATTTTATTTTAATGAGGTCATTTAAAACTATGAAAAATAAAAAATATGGAAAAAACAAGCACTAAATATGCGTTTTGTCTATATAAACCACTTTTTTCAATTTTACTAGATTTTTTAATTTTATTTCTTTTTTTTTTAAATCGTTTTGGCCTTTTTTTTACTTTTTTTTTTACAAATGTCATTTAAAACCATGAAAATAACACTTAAGTTTAATACGCCTTTTTGTATGTATATATATATTTTATTTTTTTTTTCAATTTGATTTAGTTTTTATAGCATTGCTTTTGATTTGTTTGTGAATGTTTTTTTAATGTGATTTTTAGTTTTTGCTAGAATGGGATTTGATTAATAACAGAAACATTGTATTGGTTTACTTTACATATGTGGTTGAAATAGTGAATAATTGACAAGTGCAGGGGAGGGAAAGATTTTCACCTGTACCTCACATTAAACTACATTATCAAATGGCTGTTTTTCTATCATGTTGTTAGAGCAGCTTTATAGGTTTGGAAATCATTTTTTGAAAAAAAAAATATATATATATACCTTTTAAGGCATTTTTATCAGAATTTTGGCTTGTTTTCCAAGCGATACTACAGAATGCACATTAACAGGGTGATGGACACCCACATGCTATCTTTCTCATTAGCTAATCTGCACTTTCAACATAGACAGCCTCTTGTGCTGTTATTAAGTAATGATTTTTTTTAATACAACTCTGAGACATTCCTAAATCTATATTTGTACCATTTGCCTTCTTCCCACTGATAGCAGGATATTACCTCACTCTAAATACCTCCTATGTCTGCAG
Seq C2 exon
GTTTTGCACCCAGATCTGGAAGGAGCAGATAATGCCTTCCCACCCCCTCGTTCTGCTCCATCCAACCTCAAACTGCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000059460:ENSDART00000082664:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.115
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0214116=DENN=PD(5.5=26.3)
A:
NA
C2:
PF0345514=dDENN=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]