RnoINT0130949 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000009812 | Sbf2
Description
SET binding factor 2 [Source:RGD Symbol;Acc:1588657]
Coordinates
chr1:175218812-175225323:-
Coord C1 exon
chr1:175225210-175225323
Coord A exon
chr1:175218890-175225209
Coord C2 exon
chr1:175218812-175218889
Length
6320 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTATGA
5' ss Score
6.69
3' ss Seq
AATAAACTTGTGTACTTTAGATT
3' ss Score
6.54
Exon sequences
Seq C1 exon
TTAGATGTAATCATAGCAGATTTGGATGGAGGCACTATTAAAATTCCTGAATGCATTCACCTCTCTTCCCTCCCGGAACCACTTCTTCATCAGACTCAAGCAGCACTTTCTCTG
Seq A exon
GTATGACTCTTTGTTCATGGTAATTTTTCTGGATTTAAACCTAAAACCAAGATAACTGGAATTAAAAAAAAAAAAACATTGTTAAAACTCTGTATGTGTGAGTGTGTGTGTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGCGCGCGCACACACACATGCACGCGTCTGTGTATACATGTTTAACACAACACACACACACACACACACACACACACACACACATTATGTTGAGATGTGCTATCTCTATGTAGGTCTGGCACTTACTATGTGGACCAGGCTGACCTTCATCTCACCTGCCTCTGCCTACCTGCCAGATGTTGGGATTGAAGTTATGTACCACACACCTGATCAAAGTGCAGTTATTCTAAACAGTCCTGTATGTAAAACAAATACATTCTTCTATAGCCTTTAAAGAAGAATCCTTCATTCACTAGGAGTTATATAAAGAGTATTTGTTTCTCGTTCAGTATATTTATAAAGTAGATATTATATATGAAACACTGTGAAAATAAAACTCTGCCTTTAATCTCAGCACTACGGAGGCAGAGGCAGAGGCAGGAGGATCACTTGAGTTCTTGAGGCCAGCCTGGTTTTCAGAGTGAGTTCCAAGAAATGCTACATTCTTTTTGAAGATGTTAGTACAATTAAGGTCTTTGTAATTTTAATACTTAGTCTAGGCTGTCAATGTCTTCCTTAAATAGAAGATTAAAGTGTGCAGTTACCAGGAGAGATTTTATTCTCAGCAAACTTGCGACGCTATGTTGGTTCGTGTGGTTTTTGTCATGATTATCTATAAAAGGGAGGTTTTTAGGAAATCCTGATGTTTCATAATGCAATTTGTAATCTGAAATATAAGATGTGACAGAATGGGAAAGAAACCAACATAGGACTCAGTTTACATTCTGCAATTTGATGCCATTGAGCAAGTCATAATGCTTCAAAAGGGCTATGTTCTAGACTTTATAGGATGTTTTATTTTATGGAGATGAACAGGTATCTGTCTCAAAGTAAGGCATGGCAAGAAGGATAGCTATAGGGTTTTTTTTTAATAAAAATCATTTTTATTGAATATTTTCTTTATTTACATTTCTCCTACAGAAACACCCCATCCCACCCCCCACACACTCCTTCCTATCTCCCCGCCCTGGCATTCCCTTACACTGGGTTATCGAGCCTTCCCACTGATGCCCTACAAGACCCATCCTCTGCTACATATGCAGCTGGAGCCATGGGTCACTCCATGTGTACTCTTTGGTTGGTGGTTTAGTCCCTTGAAGCTCTGGGGTATCTGGTTGGTTGATATTGTTGTTCTTCCTATGGGGTTGCAAATCCCCTCAGCTAAGACAATCCTTTCTCTAACTCCTTCATTGTGGACCCAGTTCTCAGTCCAAAGGTTGGCTGTGAGCATTCATCTCTGTATTTGTCAGGCTCTGGAAGAACCTCTCAGGAGACATCTGTATCAGGCTCCTGTCAGCATGTACCTCTTGGCCTCCCTAACAGTGACTGGGTTTGGTGACTGCGTGTGGGATGGATCCCCAGGTGGGGCAGTCTCTCAGTGGCCTTTCCTTCAGTCTCTATTCTGCACGTTGTCTCAATATTTTCTCCTGTGAGTATTTTTTCCCCCTTCTAAGAAGGTAGCATCCACACTTTTGTCTTTCTTCTTCTTGAGCTTCATTGTAGTCTGTAAATTATATCTTGGGTATTCCGATCTTTTGGGCTAATTATCCACTTATCAGTGAGTACATATCATGTTTGTTCTTTTGTGATTGGGTTACTCACTCAGGATGACATTTTCTAGTTCCATCTATTTCTCTAAGAATTTCATGAAGTCATTGTTTATAATAGCTGTGTAGTACTCCATAGTGTAAATGTACCACATTTCCTGTATCCATTCCTCTGTTGAAGGGCATCTGGGTTCTTTCCAGCTTCTGGCTATTATAAACAAGGCTGCTGTGAACATAGTGGAGCACGTGTCTTTGTTATATGTTGGGGCATCTTTTGGGTATATGCCCAAGAGAGGTATAGCTGGATCCTCATGTAGTTTTATGTCCAATTTTATGAGGAACCTCCAGACTGATTTCCAGAATGTTTGTACCAGTTTGCAATCCCACCAACAATGGAGTAGTGTTCCTCTTTCTCCACATCCTCTCCAGCATCTGTTGTCACCTGAGTTTTTGATCTTAGCCATTGTGACTTGTCTAAGGTGGAATCTCAGGGTTGTTTTGATTTGCATTTCCCTGATGACTAAAGATGTTGAGCATTTCTTTAGGTGCTTCTTAGCCATTCGATATTCCTCAGCTGAGAATTCTTTGTTTAGCTCTGTACTCCATCTTTTATTAGAGTTATTTGGCTCTCGGGAGTCTAACTTCTTGAGTTCTTGTATGTATTGGATATTAGTCCTCTATTGGATATAGGATTGTTATCTTTTCCCAATCCGTTGATTGCTCCTTTGCCTTACAGAAGCTTTGCAGTTTTATGAGGTTCCATTTGTTGGTGCTTGCTCTTAGAGCATAAGCCATTACTGCTCTGTTCAGGAAATTTCCCCTGTGCCCATTTTTGAGGCTCTTCCCCACTCTTTTCTATTAGTTTGGGTGTATCTGGTTTTATGTGGACGTCCTTGATCCACTTGGACTTGAGCTTTGTACAGGGTGATAAGAATGGGTTGATCTGCATTCTTCTACTGTTGACCTCCAGTAGGACAAGCACCATTTTTGAAAATGCTATCTTTCTTCCATTGGATGGTATTGGCTCCTTTGTCAAAGATCAAGTGACCATAGGTGTGTGGGTCTTCAATTCTATTCCATTGATCTACCTGCCTGTCTCTGTACCAATACCACATTAGTTTTTATCAATATTGCTGTGTAATACGGCTTGAGGTCAGGGGTGTGATTCCCCCAGAAGTTCTTTTATTGTTGAGTATACTTTTTGCTCTCCTGGGTTTTTTGTTATTTCAGATGAATTTGCAAATTGCTCTTTCTAACTCTATGAAGAATTGAGTTGGAATTTTGATGGGGATTGCACTGAATCTGTAGATCGCTTTTAGCAAAATGGCCATTTTTACTATATTAATCCTGCGAATCTATGAGCATGGGAGATCTTTCCATCTTCTGAGATCTTCTTCAATTTCTTTCTCCAGAGACTTGATGTTCTTGTCATACAGATCTTTCACTTGCTGGTTAGAGTCAAACTGAGGTATTTTATGTTACTTGTGACTATTGTGAAGGGTGTCATTTCCCTTAATTTCTTTCTTATCCTGTTTATCCTTTGTGTAGAGGAAGGCTACTGAATTGTTTGAGTTAATTTTATATTAAGCCACTTTGTTGGAGTCTTTTATCAGGTTTAGGAGTTCTCTGGTAGAATTTTTTGGACTTAAGTATACTATCATATCATCTGCAAATAGTGATATTTTGACTTCTTCCTTTTCAATTTGTATCCCTTTGACCTCCTTTTGTTGTCTGATTGCTCTGGCTAGGACTTCGAGTACTATATTGAATAAGTAGGGAGAGAGTGGGCAACCTTGTCTAGTCCCTGGTTTTAGTGGAATTGCTTCAAGTTTCTCTGCATTTAGTTTGATGTTAGCTACTGGTTTGCTGTATATGGCTTTTACTATGTTTAGTTATGTGCCCTGATTCCTGATCTTTCCAGGACTTTTATCATGAAAAGGTGTTGAATTTTGTTAAATGCTTTCTCAGCATCTAATGAGATGATCATGTGGGTTTTTTTTTTAGTTTGTTTATATAGTGCATTACGTTGGTGGATTTCCGTATATTGAACCACCCCTGCATCCCTGGGATGAAGCCTACCTGATCATGATGGATGATCATTTTGATATGTTCTTGGATTCAGTTTGCAAGAATTTTATTGAGTATTTTTGCGTCAATATTTATAAAGGAAATTGGTCTGAAGTTTTCTTTCTTTTTTGGGGTCTTTGTGTGGTTTAGGTATAAGCGTAATTGTAATGATCAGGTAGGCTTCACTGAACTGAGAATTGGGTCCCTGTTAGTGGAATTAGAGGAAGGATTGAAGGAGCTGAAGGGGTTTGCAACCCCATAAGAACAACAATAACAACCAACCAGAGCTCCAAGGGACTACACCGCTACCCAAAGAGTACACATGGGCAAACCCATGACTCCAGCTGCATATGTAGCAGAGGATGCCCTTGTTGGGCACCAATGGGAAGAGAGGCCCTTGGTCCTCCCAAGGCTTGATGCCCCAGTGTAGGAGAATGTCAGGGCAGGGAGGCGGGATGGGGTGGGACAATGGGTGGGGGAACACCCTCTTAGAAGAAGTGGTAGGGGGATGGGGTATGGGGTTTATGGCCGGGAAACAGGGAAAGGGGATAATATTTGAAATGTAAATAAAAATATCCAATAAAAAAATAAGAAATAAAAAATAGAAATATGGGGTTGGGGATTTAGCTCAGTGGTAGAGCGCTTGCCTAGCAAACGCAAGGCCCTGGGTTCGGTCCCCAGATCTGAAAAAAAGAAAAAGAAAAAAAAAAAAAGAAACATAACAGAAAAGCAAAATAAATAAATAAATAAGTTAAGAAAGAAAAAAAGAATAGCAATGTAGATGTGTAGCACTTCTCCCTAGAGGTTCATCCTGTACCCATGGGTGATCAATCTTTTATAATTTGGTATATGTTCTTTGAGAAGTGTTCATACTCAGATGCATGTTTAACTGTGTGTACATTTATTTGTTTGAGGTTTGTTTTATTTTATATTCAAATAAGTGAAGCAATGTTACATGAATTTTTCTAAGTTGGCATTTTTTGTAATGATTATTTTATTTCATGTGTATGGGTATTTTATCTACATCTCACATGTATCTACCAGAATAAGGTGTAGAAACTTCTGGAACTGGAGTTACAAATGACTTTGAGCCATCATGTGGTTGCTAGGAACTTAACCTGAGTCATCTGTAAAAGTTATAAGTGCTCTTAACCCTTGAGAGCCTGAGCTTTTAGGAGGTCTTATTATTTATTTATTTATTTATTTATTT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Seq C2 exon
ATTTTGCACCCGGATTTGGAAGTAGCAGATCATGCCTTCCCTCCTCCACGAACAGCTTTATCCCACTCAAAAATGCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000009812:ENSRNOT00000013126:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0214116=DENN=PD(5.5=26.3)
A:
NA
C2:
PF0345514=dDENN=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]