DreINT0131450 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000062744 | scn1lab
Description
sodium channel, voltage-gated, type I like, alpha b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060906-1]
Coordinates
chr6:10034424-10040050:-
Coord C1 exon
chr6:10039694-10040050
Coord A exon
chr6:10034916-10039693
Coord C2 exon
chr6:10034424-10034915
Length
4778 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAAGC
5' ss Score
8.15
3' ss Seq
GTTTTGCTGTTGTGCGGCAGGTG
3' ss Score
8.31
Exon sequences
Seq C1 exon
TTAAGAGTTTTTAAGCTGGCAAAGTCCTGGCCCACCCTGAACATGCTGATTAAGATCATTGGTAACTCAGTCGGTGCTCTGGGAAATCTAACTCTCGTCCTGGCCATCATTGTCTTCATCTTCGCTGTGGTGGGAATGCAGTTGTTCGGAAAGAGTTACCGCGAGTGCGTTTGCAAGATCTCAGAAAGTTGTGAGTTGCCGCGGTGGCACATGGACGATTTCTTCCACTCCTTCCTGATCGTGTTCCGGGTACTTTGTGGTGAATGGATCGAAACCATGTGGGACTGCATGGAAGTGGCGGGACAGTCGATGTGTCTCATCGTCTTCATGATGGTCATGGTCATTGGGAATCTGGTG
Seq A exon
GTAAGCTCAATTTATTCTACAATGAGACACTTTGAAAATTGGCTTCCTCCTAACTGCTTTTTAAAGGGCAACTATGGTGGAAAATCTACTTTTAAAGCTGTTTGGACACACATGTGCTTAAGTATAGTGTACTCTATATACTGTCATATTGGGGTGAAATAAACACACCCATTCCTTTTTTTCAAATTTAACAACATAAAAACGGTGGACCAATTGGAGCGGTTTTCAGATTGACCGAAACTTGACATAGAAGTGCGGTCCCCCCGCCCACCAATATTGATTGACAGCTGCGCGCATTAACATGTCTCCGTAGTAATGCATATAATCATATCGACAACACAGGACGAGCGCAAAGCAATCAGGGATTAAAGGTCTGTTCAGTTTGCTAGGATCACAATCATCATCAAACATGATCAAGAGTGAGTTTTACAGCTTTAAAATGTTTTAAAACATGGGCATGTGTGTAATAAAGTACAGCGATTCACTTCATCAGCAAAAACATCAAATACTGATTGGTAAAGTTCTTACTGTAGTATTTCTCACAAATGTTACGTGAGATCTGCTTCCTGAGGCAGCCGAGGGCGGCGATTGAGGCATGTTGCTGACAGGCAAGTGGGATTGGTGGGCGGGGATGACTAGCCTTAAAGGCCCAGTGCAAAAAAACAGCAACAACCTTTTCCCAGCTATAGTACAGACACTTCAAACAGCTATAATAAATACTCTGATGGGTGTTTTGAGCTGAAACTTTACAGACACATTCTGGGGATCCAAAAGACTTATAATAAATATGAAAAGAGGGGTAACCTATGTGCCCTTTAAATGAATCTCATTTAAATTTACTTTTGCATTTTTACAGCCCTTTTCAGTGAATGTAATTGTGACAAATGTGACATGCTGCTGAATTAACATTTTAGCTGTTATTTTAATGACATTGATTTGAACTAATTTGATTTTCAGTTTAGAGGAAGAGCTGACTTCACACCAAACGTGAGTTTAAGTATTTGTGTGAGGAGATTGCATAACAAGTCAAATACGGTATATACTAGTTTGCACTAGGTTGTGCAAATAGCAAGACATGCCAGCCTGATCTCACGTGGAAACGTAAGTATTTTACGTTTTGTCAGTTTAGTGGCTAATATGTACGAAAATGTACGATTTTAAAAAGGAGGCGTGGCACCCAACCCCACCCCTAACCCCAACCGTCATTGGGTGATGAGCAAATCGTACTAAATTGTGCAAATTAGATCGTACGAATTCATACGAATTAGCCACTAAATCAAAAAGTTACGAATTGCCGTGAGATTGCGTTGGACATGCATGATGTGTTTGCCGCTAACGTGGAATATGTGCCTCAAATGCATCTTCTGTGCAAATTATAGTAAAAACATGGCTAGAACATTTGGTGTGAACCCAGCATAATGCCTACAAAGCTCAGTTCAGCAAAGCCTTGTATGTCTGGTTTTATGTATATTTATGTATATTTATTGCTCGATGCTGATCCAGGACCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGAATTTGCTAAATTTTAATTTCAGTTAATTTAGATGTTTAGTTAGTTAAAACTCAATTCAACTGAAATCAGATTTATCTTCAGCCTTTTATTTGTATATTGATATTTGTATATTATATATTGAGTAACATTTAAATTGATGAAATGCAAATGATCTCACTGAATTTTGGTTACTCATTCATTCATTTTCTTTTCGGCTTAGTTGCTTTATTAATCTGGGCGAAATCTACTAAATCTATTAATCTACAGCGAAATGAACCTCCAACTTATCCAGCATATGTTTGACGCAGCGGATGCCCTTCCAGCTGCAACCTATCACTGGGAAACACCCACCCACACTCATTCACACTCATACACTACGGACAATCAAGCTTACCGAATTCACCTATATCACACGTCTTTGGATTAAGGGGGAAACCGGAGCACCCGGAGGAAACCCACATGGACATTGGGAAAACATGCAAACTCCACACAGAAATGCCAACTGACCCAGACGGGGCTTGAACCAGCGAGCTTCTTGCTGTGAGACGATTGTGTTACCCACTGCGCCACCGTGCTGCACATCTTGGTTACCTATTATATGTAATCATAAATTCGCTAGTTTTGCATAGAGAATTATTCGGTAACACTTTATAATAACTACACACTATGAATCATTTATTAAGCATTAGTATATATATGTATTCATTATTTGTAAAGCATTAACTCTACATTAATAAACGTTAGTAAGCAGTTTATATCTCCAGCTACAAATGTTAAATTCTTGTCTTACCACCACATTTGTGCTTAATAATTGTACTTCCATACTTTGTGATTGGTTGATTTTTCATCACTAACTGAAGTATTGCATTATTTACAAATAATTTGTATTTAAGAATTGGTGGTTTTTAAGATCATTCAGAATAAGTTATTAAATAATTAGCTAATAATTAAAATAAACATGTATCTTATTATTCAGCATGTATTAATAGTTCATTTGTATGCAAATAAATGCTTTATTAACTTAACTTCATTTAATTTTATGACTTAATCTAAAGTGAGGACAATTTATGCTTTATTAATCCCTTATTAATGACAATTACATTAGTATCAAATTAAAAATATCTTTGCAATCCTATCTAAAAAATTAAATTACTGTAAAGTTTAAACATTGCTGAATAACAGGAGTGTCAAAATATAACAAAGTTGGATAAAAACAACAATATAATAATTTAACATTTTATGACACAACATTTCAATGTTATTTAGCTGTTTAAATGTTGTTTAAACGATGTTTAGATGTTTAAAAGTTAAGAGTGCAAAGATTTTTTTTTTTATTCTAAACAGTTTTAATTATGTATTTTTAAAAGAATAGAAATGAATAAAGGCATTTATTTTCTTTTTTTCTGTTTAGAATATATCTGAGCCTTCATTGTCGTTTATAAGGGCTTTATAAAGCATTAATAGTCCTCACTTTAGATTAGGTCACAAAACTGAATGAAGTTGAGTAAATAAAGTATTTATTAACATACAAATTAGCTACTACTATATGCCTGAATAATAAGAGTTATACATGGTAATATGAATAGTTTACTCATTCTGATCTTCAAAAACCACCAACTATGCTTGGATAACTGTTCTTTAATAATGCAATACTTAATTTAGTAATGAAAAACGAATCCTTAAAGTATGAAAATACAATGATTAAGCACATTATAGATGTGCTCACAAGTCAAGAACACAGCATTTGTAGCTGCAGTTATAAACCACTTACTAACATCTATTAATGTAGAGGTAATGCTTAACAGATAATGAATATATGCTATTGCTTAATGAATAGTTCTTAGTGTGTAATTATTTTAAAGTGTTACCAATTATTCTATTTTTAAACAATTATAATTGTTATGAATTTACGATTTTCTGCCTTTTAAACACATTTTTCTTCAACGTTCTCATTACCAAAATGTTTTCGATTTCTTTACCTTTTATTTTTACTGTAAAAACCAATTTGTTGACTTTACTTTACTTTAAAGATGAGTAAACCCATTGCTTTTAAAGTGATTAGTTGACTTTACAGAGTAAAACCCATTGCCTTAAATGTATTAAGTGAATAAACTGTTTATAATTATTCAAAATAAGTTCAGTAAATTCCAAGCTACTCCCTTTTTATAGTCAATAAAAAGTCAGTATACTCAACTTGTTGCTTTTAATTCAACGGGTTTACTCACTTTACTCAAGTTAAGTAACTGATCTGTTTTTACAGTGTATAGTTTCAAACATTTATGGTCAGAAAAGCTTTTATGGAATGAGAGAGGCATTAGTTGGGCCAGACGGAATCTGCGGACGGTTTTTGCTATTTCTGCGGAGAATTTTGGTAAAAGTCTGCGGATTTCTGCTGAATTGTTTTGGGAGTATCATAACTAAAACCTTAGTATATGAAATAAAAATTAATATATTTTTAACTTTTATTTAATGTTTAAAATGCAAATCCAATTAGATTCACTTTATTTGGTGAATAAAGCAAGTTTGTCATATATCAGAAAATATTACTGTACAAACTGCATTGTACATTAATCAGATGAACATTTTCGTATTAGTCAATAATATTACTGTAATTAATTTAAAAACTGAATAAAGAATATATATGAATGAATACACATTTACACACATTTACACAGAATTAATGATGGGTAAAAAATCTGCGGAATTCTGCACGCGCAGATTCCGGGTGGGCCTAGGCATAAGGCATTTGTTATTTATATCATAAAACATTATTACTATGTAATATGATAGTGCAATAATATTGTAAAAAATATGTTTAATGTGGATTAAATGTAATATAATCATGTGATGGCAAAGCTGAATCTAAACCGTTTGAAACCATTTAAGCAGTTCTGGAGAACAATGTCAATTATTCAAAGCAATGTCGTTATTCATCTTAAGCCATTTTTTAAGATCATTGCCAGTATTAAATGCTGTGGTTGAGCTACAAAGCAGCTGTACAGAGGACAACAGTGCCATCCTTCAGCCTTACTCAAATCTCAATGAAGTGATTTTCAGAATGTGAACGACTTTTAGTATTTATTAAATATATTCTTGCTGAAAGTATCAACTAAAAAAATCCCCAATCTTTTGACTCAAGTGTATTCTCAACAGGTTTGACCCATACACCCACTGACGCACTCAAACACACGATCATTTATGAGTACAACGAGCTCATCTTACCATCTGACCTTGCCGACTCTGAGAGTGTGTTTTGCTGTTGTGCGGCAG
Seq C2 exon
GTGTTGAACTTGTTCCTGGCCTTGCTGCTGAGCTCTTTCAGTGCCGATAATCTGGCCGCCACCGATGACGACAGCGAAATGAACAACCTGCAGATCGCCGTGGGCAGAATACAGAAAGGTATCGCTCTGGTCAAGTCCACTCTCCGTCAGTTCCTGCAAAGCCTCTTCTTGGCCGGCTCTAAACCACGCTCCCTAGATGAGGAGAAGCCCCTTGACGACCTCCACAGTGACGGCAAAGAGAACTGCCTGTCCAATCACGCTCCGGTAGCCGTCGATCTCACTAAGGACTATCTGAAGGAGGGCTGTGTCTCTCCTGGTAATGGGGTGGAGAGTCATGTAAAGTATGGAATTGAGGAAGGCGACTACATGTCGTTCATCCACAATCCCAGCCTCACGGTTACAGTACCGATAGCGGTGGGAGAGTCGGACTTTGAAAACCTGAACACGGAAGATTTCAGTAGCGAATCATCTGACGTGGAGGGAAGTAAAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000062744:ENSDART00000151247:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.162
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=FE(62.1=100)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=PD(4.2=4.9),PF065128=Na_trans_assoc=PU(60.9=85.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]