DreINT0131452 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000062744 | scn1lab
Description
sodium channel, voltage-gated, type I like, alpha b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060906-1]
Coordinates
chr6:10025290-10029230:-
Coord C1 exon
chr6:10029098-10029230
Coord A exon
chr6:10025445-10029097
Coord C2 exon
chr6:10025290-10025444
Length
3653 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACTT
5' ss Score
8.4
3' ss Seq
TCTGTGTTTCTTTTGCTCAGGCT
3' ss Score
8.31
Exon sequences
Seq C1 exon
AAGCTACCTGTCGATACGGTTCTCAGTTCCTCGGAGGGGAGCACAGTGGATATTCGCCCCCCTGGAGAGGGGGCAGAGTCTGTCGAATTGGAGCCGGAGGAGTCCCTGGACCCAGAGGCCTGCTTCACAGAAG
Seq A exon
GTACTTGTTTGAATGCAATAATACCAAGATAGGGCCAGTTTGTTTGGCTGTCAAGCTGTTTTAGTCGTACGGTAGTTATGCAGTACACTGAAAATACACTGGGGTTAAACAATGACTCTGAAACACTGGCCAATTTAGTGTTTGAGCTTTCATGGCTAAATTTGACCAGCCTGGTGGATAGTTTTTATTAATTGCATACAGGGCCGGAGCAAGCTGAACTGCCGCTCTAGGCAGAGGACGATCACGCCGCTCTCAACCCCAATGTGAAAATGAAAGTGACCGGTTATGATAATGAAGTGAGGTGTCGCGGACCTCTTTTCCGGCGCACTATGCGCGGATATAACTGAGGACGCGCGGGTGCTGAGGGAGGGAGGTGTCGCGGACACTGCGCTCTCTATTCTGCCGCCCCATGCGCGGATATAACTGAGGACATGCGGGTGCGGATGGAGGTGTCGCTGACGCCGCCCTCTTTATTGTAGTCTATGCATGAATATTTCTGAGGATGCGGGTGGTAAGGGAGGTGTCGTGGACATAACTGAGGATGTGGGTGGTAAGGGAGGTGTCGTGGACGCCGCCCTCTCTATACTGCCCCCCTAGGCGGCCACCTAGGTCGCCTCTATGAATGCGCCAGCCCTGATTGCATATTTCAGCAGTAAGAGCAGAGTGTGAAGGTTTAATTAGCAGAGTGGTAGCACAGTTTTGGCTGGTTCGCTTTGCTTCTGTCTCCCGCTATCCTGATCCATTCGTGCCGTTTCAACTTCTCCTTTGATCAGGCTCATCATCAGATTTGCTCTTAGTTTTAAAAAAATTGCAAGACCTCAAAAATTGTAACTATTTAAAAATGATTGAACTTTTACTACACCAAATGAATGTAAAATGATATAATTATGATTCTGTCAGTGTATTGTATGTATATCAGAGATGTAAAAGATATTTTTTGGGAAAATATTGCAATAATGCAATGTTGTGCATAGTTTGACTAACAAAATGTACAAACTGGCCCCTTTATGTCATATGTAGTGCCACAGCAAGACTTCTAGTATTACATTTCTGGGACTACTTTAAGGAGTAGACTTTCCACTGAGCTCAATTTTTCTACTGTCTGTTCACATTAAGGGACTCGTTTCTGTGTTTCTTTTGCTCAGGCTGTGTGATGAGGTTTCAGTGCTGTCAGGTCGATGTGGAGAAGGGATATTTCAGCAGTAAGAGCAGAGTGTGAAGGTTTAATTAGCAGAGTGGTAGCACAGTTTTGCTTAAAATATTGCAATGCACAAAATGCCTCTGAGTACACCTTTACTGACTTTCCCACATCCAAAAGAGTTACGGTGTGGATAACCCCCAAAGAAGCATACCACCCAGATTTGTCATGCCCAAAGTGAAGGACTGAAGGGTTACAATTTCATGCACTAGGCCCAATACTTGTGCTAGATGGGCTCGTCACTCCCAAGGACTACCGAACCATTCTGGAGGACCATGTGCACCCAATGGTTCAAAGATTGTATCTTGAAGGTGATGTCGTGTGTCTGAATGATCCACAAATGCACCAAGCAAGACTGGTAACAGACTGGTTTGAGAGGTGAACATGAAAGTGAAGTTGAACATCTTCCATGGCCTACACAGTCACCAGAACTAAATATTATTGACTTGGCCACTGTTCTGCATTGCAACAAGCACTGCTCAAAATCCCCATGGCCACTATGCAGGACTTGTATCTCTCTTTCCTAAGAATGGATGCTGTATTGGCTGAAAAAGGTGGCCCTTCACTATACTAATCAATTATTGTGGTCTAAAACCAGGCATTTCAGTTTCATTGTCCAACCCCTGTATCTGTTAATTAACAGTATCTGTATTAAAATTAAATTCAGTGGAAAATCTGTCCACTACTGACTTCATGAATTTAACTTTACAGTTTAACAGTGTTTTTTACATTGACATTAGTTTGAAACAATATATTGTATAAGCAATAATAATAATAATATAGAATTAAGTTGGTAAAATAACAGAAAAACATGACTTATCAACAGGTTTAAGTATTATGTCCAGCACAAACCAAGACAATATATCTCATCAAGCTATCAAAATGTCAATAGAAGTCACTTTTTTAAACTTTTATTTTTTTACATTACATGTTGTTAGATAAAAGATAAATGTCATAGTATATGAAAATATATGGTCTGAATTTAGTTTTTTGTGTTGGTCTAAAAATTGTAATTGGATAAATAAAAGGATGTGTATCAGCCAATATAATTCAAGCCATCAACAGTCCTCTAGTATATAAAAGTTCACCTATGAGTTTTATTCCAGACTCCTTCCAAACTCCTTTCCTTCAACTAACAATGAGCTGTTCTGGCTATTCATTTACAGTAGATCATTTATAGTAGGTTGTATTGATTATTGCTAATCAATGGTTTACAAGCTACTGAGCCATTGTTGGCTATTTGGGCTGTTTTTGTAGGTTATACAGTCTTTCTAGTTTATTACCCATAGCTAACCTGTTAATGGGAGTCTGTTAATTAAGAAAAAACAGCAACTTTTGCTGTGTATTCGAGGATTGCATTGGCTTATGCTAAGATTGATGGGTGGATTGATTTTAAGGGCAAAAGGACAGTAATGTTTTAACAATCAACTGAGAATTTTCATTATTGTCACCCGACTTCATTGTGGCCATTTTTCTGAATCAATTTCTAATTAGTCTTGGATAGCTTTTTTCTCTTTGAATATTCTGCTTCTCGCTAAGAGTTTGAGTATTTCGGACCTATTCTAAGAATTCTTAGAATAATGTTTCTATAAGTTTATGGAACAAATGGCAATATTTAATCCCAGTGGCATTTCATCTAATAAATAAGTACACATAATGAGCATTATTAGCAGTGATTAATTTGTAAATCAACAATTCCCGGAACAAAACCAAAAAATTAAAAGTTACCGCGACCGACGTTCACAAAACAATTTCAGTTTTCCTGGAACATGATGTCATTAAAAGATGATAGCGCAAAAAATCAGTATCACATTTCTGAATGGTATTTAATCATTTTGTGCCATATAACATTATAGATCAGTCGATGATAATAAAAACATGTAGCTACAAACATAAATCGTATGAACAATCATTATTCAGTTTACTTTACCAAGTAAAAAAAAAATAATTAAAAGAATCACTCAGTCTAATATTCAGGAAGAGCCCACAGTTAGCTCTTCTGTCATGTTTTCTGGCTGGTTCGCTTTGCTTCTGTCTCCCGCTATCCTGATCCATTCGTGCTGTTTCAACTTCTCGTTTGATCAGGCTCATCGTCAGATTTGCTCTTAGTTTAAAAAAATGCAAGACCTCAAAAATTGTAACTATTTAAAAATGATTGAACTTTTACTACACCAAATGAATGTAAAATGATATAATTATGATTCTGTCAGTGTATTGTATGTATATCAGAGATGTAAAAGATATTTTTTGGGAAAATATTGCAATAATGCAATGTTGTGCATAGTTTGACTAACAAAATGTACAAACTGGCCCCTTTATGTCATATGTAGTGCCACAGCAAGACTTCTAGTATTACATTTCTGGGACTACTTTAAGGAGTAGACTTTCCACTGAGCTCAATTTTTCTACTGTCTGTTCACATTAAGGGACTTGTTTCTGTGTTTCTTTTGCTCAG
Seq C2 exon
GCTGTGTGATGAGGTTTCAGTGCTGTCAGGTCGATGTGGAGAAGGGAAAATGGAAGAGTTGGTGGATTCTCAGGAAAACCTGCTTTATCATAGTAGAGCACAACTGGTTTGAGTCCTTCATCATCTTCATGATTTTACTCAGCAGCGGAGCACTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000062744:ENSDART00000151247:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.422 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF065128=Na_trans_assoc=FE(19.1=100)
A:
NA
C2:
PF065128=Na_trans_assoc=PD(19.1=84.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]