DreINT0131748 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000063097 | scube1
Description
signal peptide, CUB domain, EGF-like 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050302-78]
Coordinates
chr4:8974744-8990970:-
Coord C1 exon
chr4:8990845-8990970
Coord A exon
chr4:8974879-8990844
Coord C2 exon
chr4:8974744-8974878
Length
15966 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGG
5' ss Score
8.92
3' ss Seq
CTGCGCTTGTGTCTCTCTAGACG
3' ss Score
9.81
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ACGTAGACGAATGTCTGGACAACAACGGCGGATGTCAGCAGATCTGCGTCAACACTATGGGCAGTTATGAGTGCCAGTGTAAAGACGGGTTCTTCCTGAGCGACAACCAGCACACCTGTATCCATCGCTCCGACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000063097:ENSDART00000091876:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF146701=FXa_inhibition=WD(100=86.0)
A:
NA
C2:
PF146701=FXa_inhibition=WD(100=78.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]