GgaINT0107543 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000014178 | SCUBE1
Description
NA
Coordinates
chr1:70884915-70905954:-
Coord C1 exon
chr1:70905826-70905954
Coord A exon
chr1:70885050-70905825
Coord C2 exon
chr1:70884915-70885049
Length
20776 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
TCTTTTTCCTTCTCTCCTAGACG
3' ss Score
10.4
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ACGTTGATGAGTGTCAGGATAACAATGGAGGGTGCCAGCAGATTTGTGTAAATACTATGGGCAGCTATGAATGTCAGTGCAAAGAAGGCTTTTTTCTGAGTGATAACCAGCACACCTGCATTCATCGCTCCATTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000014178:ENSGALT00000022933:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF126622=cEGF=PU(83.3=45.5)
A:
NA
C2:
PF126622=cEGF=PD(12.5=6.5),PF146701=FXa_inhibition=WD(100=78.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]