DreINT0132710 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000074414 | sema4ba
Description
sema domain, immunoglobulin domain (Ig), transmembrane domain (TM) and short cytoplasmic domain, (semaphorin) 4Ba [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070705-31]
Coordinates
chr18:25828861-25833832:-
Coord C1 exon
chr18:25833770-25833832
Coord A exon
chr18:25828969-25833769
Coord C2 exon
chr18:25828861-25828968
Length
4801 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
TTTGCTCTTCCTCAACACAGACG
3' ss Score
7.18
Exon sequences
Seq C1 exon
TTAACGTGGAGCACGCCGCAGAGAAAAAGAGATGAATGCAGTTTCAAAGGGAAGGACTTAAAG
Seq A exon
GTGAGTCAATAAGATATTCATCAAAACGAGTGGAGAGATGTCTGTATACACTCTTAAAATAAAATATTCGTTATTGGCATTGATAGCTACGTGAAGAATTTTTAACATTCATGGCTTTATTTTTATTCCACAAAAGATTCTTTTGATTATGAACATGTGTTTCACAGAGAAAAAAGATGATTCTTTGAAGAAATGTTCTTTGGGGAATAAAAAATAGCCTTGTCTTTGAACAGGCACTTGTCAATTTATGCTTAAAAAATAATCATAGGTGTAACTTTATATTATTATACTGTAACACATTTTTTCCATCACATTTCCACAGCTGAATAGTGTCATTTCAATTTAATTCAAGTACAGTAAATAGAAACCAAGAGCAAACTAATTTTGAACTGAAAAGATCACTTTCGTTTGATTTGTTTTCTCATTTTCACTTGTACACAGCTTAATCTAGTTAGCCACTTACTTTGAACAACCCTAATGTTCTGTTAACTATTGTAGTTCAAACCTAATAGTTATATTGATAACATTTATTGTTTTTATATGTAACATATGGACTGGGTAAGTAAAAGAGACTAATTTTAGAACTCACACTGATCTCGCCAACTTCCCATAGTCTTTCACTGTAAAAAATACTGGTTGCCTTACATTTTTAAGCTGAATTAAATTAACCTTATGAGTCCATTGAACTTATATTTTGTTAAAATATAAAGCTTGTGTAACTCATAAAATTGAGTTAGAACAGGATTAACTTTGTTGAACCTTTTAAAAATCTCCAAACTAATTGAATATTAAACTATGAGTCTTTCTCTTTACTTTACTAACTCCTAAGATTACTTTTATTGTTAATATTTTCCCTTTAAATGCAATCCAACAAAAAGCATGCTCAAAAAATGACATTTGATGTTTGTTTTTATTCTACAGTAAATAAGCCGAAACAACATAATTCTTTAGTTTTTTGGGGGACAACGTAATTGTTTTATGTTCAATCCACTTAAATTTGTTAAAGCTTTATTGTTTTACAACTCTTAAAAAGACTTTGGCTGCAGGTTCAAACTACTTATTTAAAATTAGTTAAATAATAAAATTTTTAGGTTGTTGTTGGGACAACCTATATGTTTTATGTTGAATGCACTTACATTTGTAAAAACAATTTAAGTAAAAGGATTTGTGTTGGGGCAACATGAAGGAATTGTGTGTAACCCAGCATTTTTACAGTGTATCAGTGTAAAAAAATAATGTTTGCTGATTGTTCAAACTACTTACTTAAAATGAGCTGAAACAACACAATTCTTGGATGCTTTTGGGACAACTTTATTTATTTATTTTTTTATGATCAGTCCACTAACATTTGTAAAAACTAATAGGTTAACTTATTGTTGTCCCAACACAAATAAATTGTGTGAACCCAATCATTTTTTACAGTGTAGTTATGCCAACATATAAAATTCATGTCATACCAAAACACAAAATCAAAGTGACGAGTGATCCCAAAACTGAAAATTCTGTCATCATTTACTCTCCTTTCATTTGTTCTAAACCTGTTTGACACAAAAGAAGATCATTTGAAACAAGCTGGAAACCTGTAACCATTGACTTCAATAGTAGCCTATTCATTTTTCATACAGTGGACGTCAATAGTACCAGGTTTTCAGCTTTCTTCAAAATATCTTCAACAAGTGATAGAAACTCAAAAAAAATTTGAACTATTTGGGGTTGAATAAATGTCCTGACCAATCAGAACAGCTCAAGGGTGATCTTCTGTTAACAGTTGCAAGTTAGCTGTTTAATTTGACTGCACCAATACCTAAGAGCTGTTTCACATTTTTAGATGGTCTCTAAGTGGATTGAACATAATGCAAATAAAATGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATTTTTTTCGGGTTATTTGTAACAAGTAATTTGAACAAGAACCAGAAATCTTTCTTTGAGTGTGCCTAAAGAAAGATGTAGGTCTCTGAAGTAGGTTTTTGTGATATGATTGTGCTAAATCTAAATCCAAGAAACTGACCGTCGCACCACTTTCAGTTTGTTCCTTGCCACATCTACACTGTAATTTCCCTGAAAGCTTGACACTGCATAAGGCCTGTTATTAGATTAATAATCTGCATGCCTAATTTGCTGCCAGACTGATTTGTCTTGGGAGCCAGGTTTGGATGGATGTTTGGACCTTGATGAAGACACAGTAATAACTGCTGTTTCTTGAGACCGATGACGCGCAGCTGCCAGAAAGCTCTCCTAGACTATTACAGAGGATTTAGATCAAACCTAGTGATGTGGAAACAAGTTTCTGAGGCCCAGCCAAACAACAACAGTTGCGCACCCAGACAGGCACTTACTTTGAACATTCGCCTTGATATAATGATTGTTTGCGTGCAAACCTTTTCATCTTAATTCAGTCATCATTTATGAGCTGTCCTGTTTCAGATATTTAGCTAGGGAAATTAAAAAGAAGACATTTTGAATGTACACTGCCGGTCAAAAGTTTGGGGTTAGTAGGATTTTTACTTGTTTTAAAATAGGCTTCTCCTGTTCACCAAAGCTGCATTTATTTAATCAGAAAAACAGAACAAATTGCACAATTGTGAAATGTTATTGCACTATAAAACAACTGTTCAAATTTAGTTTATTATTTAATTTAATCATTTATTCCAGTGGTTTTAAAGATGATTTTTCAGCTTCATTACACCAGTCGTCAAGTCACATGATTCTTTAGAACATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAATAACATTATTATTAATTGTAATAGTAATAAAAGAAATAATGACTGGAGTAATAATTTAATTTAAAACTACATACAATAAGAAAGCAGCATATTTATATTTATATATTTTTATATTTGATGAAAATATTTTTAAAAACATTGATAAACAGAAGAATTTCCTTTAAAAAAAAAAAACTGGCCTCAAACTTTTGACTGGTAGCATAGTTGGGAACCAGGGAACAAGCCAGTGCTGTCTAATATATAGACATTACCATTGAATTGGTATTTTGTAGGCTGCACTGTGATTTCTAGATAGAGACTTTTACAGTCTTTTACAATAATTTTTCCACAAATTTAAGAACTTTGGTTTCAATTTTCAAAACTCTAGACACAAAATTCACAACCATTGCCAAAATTGAGTGTTTTTGCAAAACTCTTAACTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATGCTTGGATACAGCACACACAAATCAGATATACTTTGTTCATTGAACTAAGATCATCTATTCAATATAACACAATTAAACATCAAATTGATCCTATTTTAAAATGCAACTCAAACATTACATTTAAAATAAATGCGTTTTCATTTACTTAACAAGATGTATTATCAATTGATACAAGCACTCAAAATGATAAAAAACTGTTGCATTACTCTTGATGAGTGGAAACTGATGTACACTATTACATGTTTAGATGATCAAAATTTTAGGATAGATCAAATGACTTCAGTTACCACAGAAGATGACCTAACTGGACTACATTATCTATAGATTTCATTTTTATTCATCCTTATTCCATATTTATGGCTTCTTTGTTTCATGTAGCACTTTTACAGACAATGTTTTCATATTTGACATTATTGTACTGTATGTGAGAAACTCCAATCAGTGCAGACCAATGTCAGGCCTGGATTCACATTGACAGAAGGTTCGTTCCAAGATTTTTGAGTAATGAAAACACCAATGTGATGTAGAGGAGAACCTGCGATCAAATCCACAAGACCAGACTGATGGAAACACAGATCCCAATATAGAAATCTAATGTATATAAAAATATATGCAAATTACATATGTGACATAATAGTTCATATGAATTGTACATATATAAAATATGTCACACACGTCAAAATATTGTCATTTTTTTCAACTAATAGAATTACAAATATGTACATATATGTAATGTAAATATATTATCCATTATGTTATATATTTAATCCCTACAAATATACAACCTATAATTTGTATATGTGTCCATATGGCTTTTTATGAACACACACATTAACACACTAACACACATGTTATATATATAACTATTTTTAATAATATAGTTGTAATTTGCATATGTTGCCATTTATCATGCCATATATCATCTTTCTCTATGGAGATGTGTAGTGAGAAACAAAATGACAGTAAACCTAGAGTATGATGGAAAGAGTAAAACTAGTTCAGTGTATCCACTGTCTGTACCGTTCCCTCTTCACTTATGTATAAACTATAACGAAACCTGTATCGTTTTTTTTAAACATCAATATTTAATGATTGTGCAAGATTGTTTAAACTATGTGCATCTTGTGTGCTGGTGATCTAAAGTTGTGTTCCTGTAGTATTTGTATGATAAAAGGATTATGTGAACCAATGATTCTGCAAATGCAAGAGTTCATAAAAGAAATGAATGCAGCTTGCAGAGTTTTGAACAACGGAGAGCCTGTGTTAAAAGTAGTGACTGTTTAGAGTCTTGTGTCTAGAGCTTTGAAAATTGACATCAGCGTTCTGAAATTTGTGGCAAAACAATTGAAAAAAAAACTGTAATATGTGATCAAATGATTCTTGTTCTAAAAACAGTATAAACCAATTGCATAAATGATCATTACACTGAAAGAAATTTTAGTGGGTGTCTTCTGTAAAAAATATATGATGATCATTGTGTTGTTTAGACAAAAATGACATTGAACAGAACTCATTCTACTCTACATACACATTTCCCTTTTGCTCTTCCTCAACACAG
Seq C2 exon
ACGGACTGCTTCAATTACATCAAGATTTTACTGCGTGTGAACAGCACTCATCTGTACGTGTGTGGAACGTATGCCTTCAGTCCAATCTGCACATACATCGTAAGTACT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000074414:ENSDART00000143899:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0140314=Sema=FE(4.5=100)
A:
NA
C2:
PF0140314=Sema=FE(7.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]