DreINT0133591 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000079414 | sez6b
Description
seizure related 6 homolog b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-110628-3]
Coordinates
chr15:24561137-24565412:+
Coord C1 exon
chr15:24561137-24561331
Coord A exon
chr15:24561332-24565273
Coord C2 exon
chr15:24565274-24565412
Length
3942 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGCGT
5' ss Score
8.42
3' ss Seq
TGTGTTTGTTTGTATTGCAGCTG
3' ss Score
10.27
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTTTGCAGCGGGGCATTGCTACGAGCCATTCGTCAAGTACGGCAACTTCACCACCACTGACAGCACCTATGCTGTGGGCACGGTTGTGGAGTTCACCTGTGACCCCGGATACACTCTGGAGCAGGGCTCCGTTATCATCGAGTGCATGGATCCCAGCAACCCTCAGTGGAACGAGACTGAGCCCACCTGCAGAG
Seq A exon
GTGCGTCTGTGTGAATGTTTGAATATGCATGCGAGCTGGGGTTAGGACAAATTTAGGTTACACTTTATTTTGATGGTGCTTTTGTTGAATTTAAGTTGCATTTTATCTGCAGCTAATTCTCATTAGATGATTGGGGTTAGGGTAAGTTGGCATGTACTTGCAAAGTTTCTTATAGTCAGTTAAATGGCTGTTGAAGAAGCAGTATCAACAGATATTAAGCAGACAGTGGACCATCAAAATAAAGTGTTACCCAAATTTAGAATTAAATCTCCTTCAGTTGAATCTGAAATGCCTTTTAAACCTTTAAACTTAAAATAAATCTATATTTTAAATAAAGCTGCATGATTCTGGGTAAATTGAGAATTTCTTTTTTGGTTACAGTATGACCATGATTCTTCTATTATTATAAATAGACAGCTAAACAAAATACCATAATTTACTATGTTATGTAACATTGCTAAAATCTGTTTGAAAAGATTGAATTTATTGGTCACACTTTGCAATTGAGTTTCAATAGTGATATTTCCTGACATAATGAACAATACTCATATACTCAATACTCAATAATCAGTTTATTCATTTATTGTTAAAATCCAAATTCATGCTTGTTGACATTAGTTAATGCACTGTGAGTTAACATGAACTAACAAGGAACACATTTATTTTTATTGACTAATATTAACAAAGATTAATAAATACTGTAATAAATGCATTGCTTGCTGTTTTTCATGTTAAGAAATACATTAAATGACATTAACTAATACAACCGTATTATAAATTGTTTCTCATTTTTGAAAGATCTGTTTGAGTGACTCAGAACAAAAGCTATTGAAATAATGATTCAGTGACCCACTTGTATGACAGCAGTTGTATTACCAAAATAATTAGCTCTTTTGAACATATTAAATGAGTAATTCAGTGACTCAACAGCATTTTATAACAATTCTCTTGAACAGTAATTCAATGCCAAATATAGTTAAACGTCCTTTATTCATTTATCGATTCAAATATTTATAATTTCTGAGAGACAGCGCATCGGCAGCCATCAGCCAGTCTTTGAGCAAAGACGGTTGACGGTGTTCATTATCCACAAGATGGCTACAGAGACCGTATAATAATAAGCCCTAAGAGAAAAACAGTATAATTTCTAACTACAGCTGATCAAATCATATTAAACAGGTAAATGAGTTTCCAAGTCGATCTCTCTCTCTCTCTTTTGCATGTTGTAGTGCTGTGTTAATACCATAGTAATATCGTGATCTTCTGATTGCAACAGAGAAATACTGGGAGATCTTTGTAGACTATAAGATGGCATTTCAGGTAATTAAATAATGTTAAAACGTATTATTGTCATTATTGTTGTTGTTTAAAAATTATTATTTTAGTTAGAATTAAGTTGTTGTATTAATATTAATATTTATAATAATTATAATAAAAGTATGAATTATTGGTGTTGTTGCTTGTTATTATTCATTTAATGTTTTATTTAAGAACAAATCACAATAAACTGACTTCATCCAGCTTAGTCTCTGCTTTAATTTCATAATAACAGTAAATAATATTAAGTCATTATTGTTTTTATTAAATATTTATTGACCTGACAAAGGATATTAACAAATTAATTATAAATAGTTAAAAGGGTTTACCCAATTAAGATAATATGCTTAATCTACTGAGAGCTAAAACTACACACACTCAAGTAAAAAACACTGTCATGCACAGCTGATTCTAGAGTTCTCTTTTCTCTGTTGACACGTGAGTGTATATGCGTAGGCCATACATTTGTATATATGTGCGTCTATTCTGCATCTGCTGAAGAGCTCAACAGGCAGCATGTGCAGGTACAGCACAAGCGTCACCCATCCTTTTAGTGCCTCTTCTATGTAATCCACTACATCCTGTGTCACCTGGATGAGTTTCAGACACTCTTAGCCACAGACACAAGCCTAAAGCACCACTAAAAGCATTAAGCCATGGAGGCCAGAAGCAGGAGCACAAGAACGAGAAAAAACCTTGAATCCAACCCTCACACACATACACACACACACACACACACACACATGGTGCGTCTTATCTGACCCCCTGCTCAAGTGCATTTCTCCAGCTACACAATAGAGTTTGGATTGAAAGGATTTAATCGTACTGGCTTTAGCAGAGGGTCAAGACAACAGCTTTCCATTTGAATATGTGCTTACGTCCAGCTAAGCCAGTGTAGTGATTGAGTGAAAAGGAGGAAATGAAAACAGAAAAGCGAAAGTTGTTTATTAATCTGACCTGAATTTTCTACTTACACTCCAATGGTGAGATTAATCCAGAGCTTGACCTACCAGTCTCCTGTGTAACAAATTTAGAAAATCTCTTTAAAGGACAAAAGCTATTGGAATGACAAAAACTTACAGCAAATTTGCTTAAAGATGATAAATGGTCATTTTAATACAATAAGTTGCCAATAAAATATTGCTAAAGTAACTATACGGTACATATTCTATAATTTGAAGTTATAAAAACTATTTAGAGGTATTAAAAAAGCTCATAAACTAGAAATAAATTCAAAATTATGCAAAGCTGAAAAAGCTACTAAAATTTAATTAATTTACAATAAATTTGCTAAAGAAATACAAAAGTGCAATCTAAAGTCAACAGGTTGCAAAAATGTCACTGATGTAAATAATTTGATAATACACTAATGTTTGCTTTTATTTAAAAGAAACGTATGTTGATTTATTTTAAAACTCTAATAATCTGCATAAAATACATTAAAACACAAAATAAGCAAAGCTTAAAAGTTACAATAATATTATTGTTACAATACATTTGCTAAAGAAATGCTAAATTGTACCATTAAGTCATCAAGTTGTCAGAATATTACTTAAGTACAGATTGCAAAAAAAAAATATGATACTGATTGCATTAACTTAAACAAATAAAGGTATTTAAAAACATAATAAAATGAAAACAAAACATATGAACACAAAAATAAACAAAGCTGACAAAGTTAACATTCATACTATTAAACTATCAATGTTAGTATATTTTTTCCAAATAATACTAATACACTATAAAAATTGTAATGACATAATTCGACAACAAATATGTTATGTTACTTTAACTTATTTTAAATAGTTAATCAGGTTTCAACTACATTTTTAAGCTCAACTTGATATCTTTAGTTAGTTTAATTGATGCATGTTGAGAGGACTAAAAAGTTAATTTGATTTAACTCAAAAATTTAAGGCAGCAAGAATTTTTTTACAGTGTAATTATTCAAATGTCAAAATGCATATACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCCTTTGAATTTTGTTTTCTTTTTTTAAATATGTGCCAAATGATGTTTAACAGAGCAAGGAAATTTTCACAGTATGTCTGATAATGTTTTTTCTTGTGGAGAAAGTCTTATTTGTTTTATTTTGGCTTGAATAAGAGCAGTTTTACATTATTTTGGCTTTAATAACAGCAGTTTTACATTTTTTAAAAACTGTTTTGAGGTCAAAATTATTAAGTTAAGCTATATTTTTTTCTGATTGTCTGCAGAACAAACCATTGATATGAAATGATTTGCCTAATTACTCTAACCTGCCTAGTTAACCTAATTAACCTAGCTAAGGCTTTTAAGGTTGATTTAAGCTAAATACTTGCGTCTTAAAAATATCTAGTCAAATAGTATTTACTGTCATCATGGCAAAGATAAAATAAATCAGTTATTAGAAATGAGTTATTAAAACTATTATGTTTAGAAATGTCTTGAAAAAATCTTCTCTCTATTAAACAGAAAATGGAGGGAAAATAAACAGGGGGGCTAATAATTCAGGGGGCTAATAACTGTTTGTATTATTTAAATTATAAGTATGTCTTTTAAAGTGGGGTAAATTTGTGTTTATTAGTGACCTCTGTTTTTCTCTGTGTTTGTTTGTATTGCAG
Seq C2 exon
CTGTTTGCAGTGGTGAGATCACAGATTCAGCTGGGATGGTCTTGTCTCCAAACTGGCCTGAGGCCTATGATAAGGGTCAGGACTGCATCTGGGGCATCCATGTTGAGGAGGACAAAAGGATCATGCTGGACATCCAAGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000079414:ENSDART00000155502:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.015 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0008415=Sushi=WD(100=87.9)
A:
NA
C2:
PF0043115=CUB=PU(40.4=93.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]