DreINT0133597 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000100594 | sez6l
Description
seizure related 6 homolog (mouse)-like [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-091204-162]
Coordinates
chr10:44820705-44825759:+
Coord C1 exon
chr10:44820705-44820810
Coord A exon
chr10:44820811-44822630
Coord C2 exon
chr10:44822631-44825759
Length
1820 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTGAGA
5' ss Score
4.74
3' ss Seq
GTGGCTGTGTTTATATTCAGCAG
3' ss Score
4.61
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGCAGATATCATTCAAACCTGAGACTTCCTCTGATGTATCCGCATCCCTACAGCCAGATCACCGTGGAGACAGAGTTTGACAACCCTCTCTATGAGACTGGAGGG
Seq A exon
GTGAGAGCACTTCCATAGCAACCATCTACAGCCCCTTAGCAACAGTGTAGCACTGTCCTGACAACCTCCCACAGCTCCTTAGCAACTCCCCATCAACCATCCAGAACCCCCTTGGCAACTTTGTACCATTGCCCTGACAACCTCCCACAACACCTTATCAACTTCATAGCAACCTTTTAAATCTTCTTAGCAACAGTGTAGCACTCCACTGACAAACACCCACATCTTAGCAATTGGTTAGCAACCTTTCTGAAACCCTTATCAACAATGTAGGACTGCCCTGACAACCTCCCAAAATACATTAGCAACTCCCTAGCAACCATTTGGATCTTCTTAGCAACAGTGCAGCACTCCCATGACAACCTCCTACAACACTTTAGCAATTCTTTAGCAATCATTCTGCACCCCTTAACAACAATGTAACACTGCCCTAACAACCTCCCATAACACCTTAGCAACTCTATAGCAACCATCCAGATCTTCTTTGCAACAGTGTAGCACTCCTCTTACAAGCTCCCACAACACATTAACAACTCCATAGTAATGGATCAGGAACCCCTTAGCAACAATGTAGCACTGCCCTGACAACCTCCCACAAATCCTTAGCGACTCCCTAGCAACCATTTGGACCTTCTTAGCAACAGTGAAGCACTCCCATGACATCCTCCGACAAAACGATAGCAATTCTTTAGCAATCATTCTGCACCCCTCAACAACAATGTAACACTGCCCTGACAACCTCCCATAACACCTTAGCAACTCCATAGCAACCATCCAGATCTTTGCAACAGTGAAGCACTCCTCTGATGACCTCCCACAACACTTTAACAATTCTTTAGCAACCATCAGGAACTCCTTAGCAACAATGTAGCACTTTCCTGGCAATACCCCGTAATTCCTTAGCAACTACATAGCAATCATACAGATATTCTTAGCAACAGTGTAGCACTCCTCTTACAAACTCCCACAACACCATAGCATCTCCCTAGCAACCATTTGGCTTTTCTTAGCAACAGTGTAGCACTCTCACAACACCTTAATAACTCCCTAGCAACCATTCTAAACTTGTTAGCAACAATGTAGCACTGCCCTGACAACCTCCCACAAATCCTTAGCAACACCTTAGCAACCAAACGGGAACCCCTTAGCAGCAATAAAGCACTGACATGACAACCTCCTACAACACTTTAGCAATTCTTTAGCAATCATTCTGCTCCCCTTAGCAACAATGTAACACTTCCCTGACAACCTCCCATAATACCTTAGCAACTACATATCAACCACCCGGATCTTCTTAGCAACAGTGTAGCACTCCTCTTACAAACTCCCACAATACCTTGGCAACTCCCTAGCAACTATTTGGAAACGACACTGTAGCACTGACATGACAACCTACCACAACACCTTAGTGACTCAGTAGTGCATATGCGGAATCCCCTAGCAACAATGTAACTGCCCTGACAGTCTGCCACAACACAGTAACTACTTCCTAGTGTGTATCCAGACTCCTTCAGCAACACTGCAATCCTTATAACCTCCCACAACATATAACAACTCCCCAGCAACCTTCCACAGCCCCTTAGTAACAATGTAGCACTGTCCTGACAACCTCCCACAATACCTTAGCAACTCCCTAGCATCAATGCAGCACTGCCCTGTCGGCCATACACATATCTAGCAACTCTTAGCAACATTTCAGTACTGTATAACAGGGGTTTGCACAAATATAAATAATTTTTTATTGTTTTTTTGCATTCAAAACAGTGAAAGCTGCTTCATAATTGTAATCGATATGTATATGTGGCTGTGTTTATATTCAG
Seq C2 exon
CAGGACACAAGAGAATATGAGGTATCCATATGAAGAGCCCCACAGACACGTCCCGTTCTGATTCAGTGCTTACAGGAAGTGATGTAAATAGATCCTGAAAACTCCACTCTCCCACCTCCCAAAAACTCCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGGGGGGCAAGAAGGGAAGGGTCTGTGAATCTGCAAGTATCAGAGTAGAGTTCAGTCGGCCAGTACACTTTACTGTGGTTAAATGTGATTCTACAAGTATGCACTCACAGCCAGAGGTTCAAAAGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGCGCGTCTGTGTGTGTGTTTATACACTCATCGGCCAACTTCTTAGGTACACCTGTTGACTGATCCTCAATGCAAATATCTAATCAGCCAATCATAAGGTTTGATTCAATTCATTTAAAGTCGGAGTGATCCAGAAGATTCTGCAGACTTTTATTTCAGTATGATGATGTATTTCCAACTGAGAGTGAATATTGAGCATGGAGTGGGGGTGGGGTTTTATTTTTAAAGCCCCACCTCTCATCTTTCACTTTTAGCAAACTAACAGTTGGAGGGGTGTGGCTACGCATATTTTATTTTAAATCTGAAAAGTAAATCTGAGATTTCATAGATAACAGTAGTGGCTTATTTATATTTTAGCATTAAAATAAAACTATAGATGGAATGTATACTACTTTTGCTGCTTGACACTATTTTTATAGGACATTTTGTGTTTCAGAATACAGTCCAAAGTTAAGCATAAATTATACGAATTGTAAAAAGTTTTTATTAATTTAGCAACATTACAGCCCACATAAAAAACTACAGTGATTTAAAGTAAATATTATAGTGTTTTTCAATAATACTGTAATAAAGAATTTTAATAGTTCGGTTGTGGTGATTCTACAGTTTCTATGGATCCATAAAAACTATAGATTCTGCTGTTGCTATGGTAACACAACAACTATAGTAATAAAAACAAATTAATCTGTCATGGTGATTTGACAGTTGCTATGATAATACAACAACTATAGTACATAAACAGATTAATCTATTGTGATTCTACAGTTGCTATGGTAACACAACAACTATAGTAATATAAACAGATAAATCTGTTGTTGTGACTCCACAGTTGCTATGGTAACACAACAACTATAGATTCTGCTGTTGCTATGGTAACACCAAAACTATAGTAAGTAGCGGTGCACTTTTGTCATGTCGCTAGGCAACGACTAAATCAGCTGGGTATTGTGCTGAGTATTGCTGTTGATATTAATATAATTTTAATATTAAATATTATTGTGATATTCAAGATTTGTGAAGTCATACAGCAACCACAAGTCTCTCCTCTATCTTCAAAAGTCTTTGTTATTGTCTTGACTACACAAAAACTGCAGGTGCCTCAACAGAAACCCGTCTCTGCTTTCATTTAATCGGAGAATGAAAAAGACGTGACTGACGTAACGCATTTTTTTCGCTCAGAGTTAACTTTTTTTCAACTGCGAGTGCACAGCACACAAGGGCAAAAATGCGAGGCGCAGCTGGCGGTCAAAACGCGAGGCGCGCAGGGTGCATAAGCAGTGCGGAAAACACTCGCAGCCGTTAATAAACCATATAAAAAGGTGCCTCTCAACGCAAAAAACATGTTCGGTGTGATCGGCCCCTTAATCTCTGGTGATTCTACAGTTGCTATGGTAGCACAAAAACTATAGATTCTACTGTTGCTATGGTAACACAGCAACCATAATATAAACAAATGAATTTGCCATGGTGATTCTATAGTTGCTATGGTAACAACAATTATAGATTCTACTGTCGCTATGATAACACAGCAACTATAGTAATATAAACTAATTAGTCTGTTGTGATGATTCTACAGTTGCTGTGGTAACACAACAACTATAGTAATATAAACAAATTAATCTGTCATAATGATTCTACTGTTGCTATGGTAACAACAACTATAGTAATATAAACAAATAATCTGTTGTGATGATTCTACGGTTGCTATGGTAACAACAACTATTGTAGTATAAACAAATTAATCTGTCTGATGATTCTACGGTTGCTATGGTAACAACAACTATAGTAGTATAAACAAATTAATCTGTCATAATGATTCTACTGTTGCTATGGTAACAACTATAGTAATATAAACAAATTAATCTGTCATGGTGATTCTACAGTTGCTATGGTAACAACTATAGTAATATAAACAAATTAATCTGTCATGGTGATTCTACGGTTGCTATGGTAACAACAACTATAGTAGTATAAACAAATTAATCTGTCATGGTGATTCTACGGTTGCTATGGTAACAACTATAGTAATATAAACAAATTAATCTGTCATAATGATTCTACTGTTGCTATGGTAACAAAAATTCTATTACTATAAACAATTGAATCTGCCATGGCCATTTTTTACAGTTTAGTTAATACTTCAGTATGCTGGAGCGTTCAATAACAGAGATTTATAATCTTAATACAGTGAAATACGCTTCACTGAAGCTTGGTTAAATAACACTGTAGTACTATACATTTACTATAGTATTCTTTCATGAGGAAGCCCTTAAATCGTAGCAGTCAATATAAACAGCACACTGTAGTGAGGTGTACCTAATGAAGTGTCCTGTGAGTGTGTGTGTGATTATATGCCGAGTGTAAACAAAGAAACCGTGATGAGTTTCCAGTGTTCTTACGCCTCAATGCCGTGACCTATGGGACAGTGTAACCTGTGGAGTACGTGAAGCCCTTGTTTGCTCCGATATAAAGGGCTTGTGCTGGCGCCGTCCTGTGTCTGTGTGTGGCCCGTCCTGCCTGCTGTCATTTTTAAGTCTTTGTACTTAGAGCAGTTTGTAGTGCAGGTTTTAAAGTAGTATTTTTCCCCCGCCCTGCAAGTGACGTCTACTACTGCAGCAGAGAGCAGATGATGTATTTATTTTGAAGTAAACGTGAAGCGTCTTCTGCTGATTTAATGATTACTTCATTTTTTGGAGATCAAGATAAACAATGTAACGATGATTTCTCTACAGAAACGTGAATCAATAAATTCATTTCAATCTTTTCTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000100594:ENSDART00000172128:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.056 A=NA C2=0.100
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
TATCCGCATCCCTACAGCCAG
R:
ACCTCTGGCTGTGAGTGCATA
Band lengths:
346-2166
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]