DreINT0134426 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000008983 | sh3glb2a
Description
SH3-domain GRB2-like endophilin B2a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-061201-8]
Coordinates
chr8:2722596-2728651:+
Coord C1 exon
chr8:2722596-2722696
Coord A exon
chr8:2722697-2728452
Coord C2 exon
chr8:2728453-2728651
Length
5756 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
TGGTGTTTGCTGTCTCTCAGAAG
3' ss Score
7.29
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGAATCATCTGCGCTGTCTGCGTGAGTTTGCGGAGGCGCAGGCCATGTATTACAACCAGTGTCACAAATACATGCAGGAGCTGCAGAGAGAGCTGGGCAG
Seq A exon
GTGAGCAGATGGTGTATTCAGAGATGTTTCCAGGGTTGCAGCTGGAAGGACATCTGCTGCGTAAAACATATGCTGGAATAGTTGGTGGTTCATTCCACTGTGGCGACCCCTGATGAATAAGGGACTAAGCTCAAGGAAAAATGATGGATCAATAGTGTGCTAGCATGGCCTTACTTCATAATTTTTGTCAGTGCTTCTTCCACTCAATCCAAAGTTACTTTCACTGTTCGTTACTACAGTCTACATTTTGTTAGCTATCAGAATACATACATATGTTTGTTAACAAATATGCAACTTTGTTCATCTAAAGCAGGGGTCATCAACCCTGTTCCTGCAGAACTACCTTCCTGCAGATTTCAGTTGCAACCCTGACCAAACACACCTGTTTGTAATTATCAAGTGCTGCTTTAAGCTGTGGTCACATTAGAATTTGAGCATGCAAATTCTGTCGTACAGTGCTGCGAAAAGGGGCAGGATTAAACAAGATGAAAGTTTCAGTCGCATCATTCTCGCTCGAGGTAATGCCTACAGTAAAACTGTACGAGTAGCACACATATCATATGAGAAGCACTTCTCACAAAACAGACGCTTTACACACATAAATGCTTGTGTATAAATGTTTATTAAGAACTTTTCTATGAACAGGAATTGATAATAACTGCAGATCAACGATGTAAAATAGCCTACTGGAACGTCTGTAATTATATAAAATAAATAAATCAATGAACATATATGAACACATACAGCCCCTTACAGTCCCGGATATGTTATCAACTACAGAATAACTACACACAGCAGACATTTCATCATTAGTTAGGTTCAAAACAACACAAAATATAGCCTACAGTCAGTGAAAACCTTTTATCTGTGTCTGTAATCTTCAGCAGCACATGTCATGTAGCCTCTGTTAGAGAGTCATTCAATCATTCCCAGTTCATATTAGTCCAAAAGGTGATGATAAAAATGAACACAAGGCAGTTTGTTACATTTGCTGAAGAAATAATGCGCCCCTATTTTCCAGGCTTCCCCTTTTTTTTATTTTTCACTCTGGCGTTTGTCAGTTTCTGATAGGCTCGGGTTTCAAAAACACGTCAATAATCAAGCGCACGGTATTATCAAGAGCTCAAGAAGATTAAATATAGACGGGCAGCGAGCGCAAGCAAGAAAGCGAAACTGCTCGCGCTTCAGACTGGCTCGTAAAAAACTACGAGGCACAGGGTTCTGCTCTACTCCATGGCTTTGTGGCTGTTCACCAAGACGACGACGAGGTTTGTTTGAGCCCGGATCGACCATGGCTCGTTATTATATGTAATATAATGCTGTAATCTCTCGCCGTGTATTTCAAACATTGCAGAATTTTGTTTTGATTCTGGATTGTTGTGTAAGCAAATGATGTATCTCTGTAAACCAATAGCGTTCAGCTGCGTGTCTAGCTCGGGTTTTTGGTACCCTTTCTCGTGTTTGGTACTCTTTCCAAAGGGTGCCAAAAAAGTGGTACGGTACGGTACGGTTCCGTTCGGTACACCTTTTGACAGTGGAAATGGCCATAAAAGCGGACCAAACCAAACCGTACCACTCAGTGGAAACGGGCCATTACACACTCAACAGCAGAGTACATGAATGTAGTGGCGTCCCAAATGGAGCACTAATGTTTTCTACTAAGTGGAAATTTAAACCGTTTCCCTAATGACGCTTGACGGTTGCCAAATCAGTAAAATAACCAGACTATCAAATAATACCTGCCATGAGTGTAATGCTGTGTTCACACCAGACGCGGAACGTGCGGATAAATCTCGCTTTTCGCGCGTAAATAGCCGCGTGAACATTTGAGGTTACTCGCTTCATTCGCGCGTCAAACCCCGCTTCATTCGCGTGTCAAATTCACTTCAGAACAGACGCGGATTCGCGTGATGGGCAGGGCTTCTGTCTGCCCGGTGACTCTAGCTTCATAGCCAATGGGCTAACATGGATTTTATGAAGAAAATAACAGTGTTTATGTGCTTTATGAAGGATGAAAAACAGCGTCGATACGTTTAGACATCTGGGACACCGACAACAGGCGATACGTCACAATCACGCTCCCACAAGAGCAAGCTCCTGATTGGTTAACGCGGTGCGAATGTCCGCTGAAGTTCAGATTTTCGAACGCGAGCGATTCGCGCGTCAAACACGCAAAACGCTCAATTTGCGTCACGCCATTCGCGCCATGCGCACCGCGCAATTCTCGTCATTCGTGCTATTTGCGCGTATCGCGCCGCAGGATGTCTATTCGCGCGTTTGCATTGACTTAACATGTAAATCACTCGCGCTTGACGTGCGTTCCGCATCTGGTGTGAACGCAGCATTACCGCATTCACCATCGGGAGGAGCTATAATCACTCCCGTAGGAAAATTTTGCTTTCATAATCAAAAATAAATAAAGTTATCCAACAAGTTTGCCCAATAGCTCCGCCCCTTCCACTACGTGAGCAAAGCTGCTGTCTTTGAGTGTGTGAAGTGTCCATCATTACACACTTCATTTTACCGGCTGAATGAGTGCATCATCCGGGTATTTAACGTGCACTTTAACAGTTTTCAGTGTGAACACACTACTTGGACTATTTATGCTACAAAATGGTGTAGAATAGTGTGTAAGTATGCAATTTGGGATGCAGCTTCAGACTTTTTTGTTTTGAACGAGGAAAGTGTTAAACGTATGCTTTTTAAATATTCTTATAATTTTCTAATATCGTAATGTCTGTTTTTCTCCCACTCCTCTGCTCTCAGTTCCAGTGGAGACATGTGAGTCCTGAGTCTGTTGTCTTGTTAGTCAGCATGCCCCACTGATGATGCCTGTTGTCTGATTAGTGTATTCAGTTGTAAGTGTTAAACGACTTTTTAGATTTATTTAAAGTCGACTTTTATGTTATTAAAGTCGAGTTGACGTTGACTAGTTTATGGTGACATCGTCAATAAAACACAAGATGCAACACACCACAATTTGCTATTTTTAGCAGAATACACACAAAAATATACACACGCTGTTTGGCAGCTCATAACCCATTGCAAAAACAATGCAACATGTGACCAATGACTAATTTTTGTGGAAAACAAATGCATTGTCAACACTTTCAGTTTGTTAATAATGCAACATTAGCAATGGCTAATTTCAGTGCAACATAAATGCAGTCAACACATTGATCTTGATACTACTAAGACTGTAAAATAACAATAACAAATATCTTTAGTGCAAAAGTAATGCATGCATTATCAGTACATAGAACACCAATTCATGGCAACTAATTTAATAACAACATAATGCAAGAAGGACAAAGGTTATAAGCCGACTCTTTTAAAGGCTGATTTATACTTCTGCGTCAAGCACACGCGTATTTATTGACTAGTCTAACAAACAAACGTACAAAACATAACAACAAAGACAGAAAAGAAAGCAAGCAAGGAAATAAAGAGTTTAGATAAAAGAATGGCAAATCTAGCTCAGTTCCACACAACTATTAAGTATTCTTTTGTTTGATCAAACATAATTCACTGTGTTTGGACCACGTCAGACATATAAAAGGATTACTTATGCACATCACCTCAAAAACAGAGGAGAATGGCCCTGAAGCACACAGCATAAGGTAAGAGATGACAGCCTCCTGTGCTATCTGGGGCTGCTTATTGATCATAAATGTATTAATAATTGATATGTGAATATAATTTAGTAAAAGGAATGCAAAAACCATATGAGCACCGGAAAGAGCTTTCATTTGAGCTATAACTTGTACATGTGTCATATGAAAAATTTGAAAATGAACCAATGTAAAATACCCAGCTCGGGTATCCAAAATACTGTGTATTTAAGTGTAAATAACTTCTGTACAGGTGAATAAAAACCAAAGTGATGCAAATGTGCATAAAATATAAATTCTACACTTTCAAACTAAACCACTTACGGGGGTCTGCTGCAATGCTAGCCCTTTAAATCTTAAAGCGAAAGTCAATAAAGTCATGGACCCAGTACCGGGCCTGCAGAGTTTAACTGGTTAAAAGGGTTAAAAGTACAAGACGTACAGGATATATGAGGGAGTACACAAATTACAAAAGTTATGTGTACTTAAAACAAATAATTTTGGGTTCTAAATGTCTGTTTAATATTGAGGAATGTCTGTGTGCGGGCAGAAAGTTGAGGCAAAGAATGGGTTTTCCCTCCTTTTTTTTAATCTTATCTGCCACGTCATTTGAAGTTCGGACAGAGAGAGAGCCGGGACAGTCTGCGAAATGTCCTGTTATAATGAAGTTGTCACCCAGGGATCCTCACACAGACTTGCTGGACCCAGGGGTCATGAACTCATGCAGAAAGGAACCCAGACCCCTTTTAAGAATCAAAACAAAATTTTACCTCCAGACTGTACGTTACAAAATGCACGACACCGCGCAAGACATGTGTCGTGGGTCATGCCAGTCACTCGACGCAGAAGTATAAACCAGGCTTAAGAGTCCTGCTCAGACACAGATTTTACCCTTATGTGCGTGTCAAAAAGCTGCTCAAAGTCTTGCTCAATTCAGGCCTTTTCGCGGTTTCTGCTCATTTTAGTTATCAGACGTCTCCTCTCACTGTGTGGATCTTCACCCCGTTCACCTGGGATGATATTTACACATAAAGTTTGCCACAACTTCACAGTTCATTCACAAAACATGTCAGCATCTACACATCGCAGAGGACAACAGCCAATTACATTACTATTTTAGGGCCTACTCACACTATGGCATCCGTACCGTGCCCAGGCCCGTTTCCCGGATCGTTTGAGAAGTGTGAGTGCGCTGAATCGGGCTTAAGCACGGTTCACTTGGCCGGCCCTGGCCCGGTTGGAAGAGGTGTGCCTGAGAACGGTTCACTTGGGCTTTGGTGCGGTACGCTTGTGTGTGAGTGCAAAACGCGCCAAAGCCCGAAACTGAAAGCGAGACGTGACTTTTAAGGGACTGTTTCATATGGATTTATTAATCATTCTTAATGTTCAGTGAACGCAAACTGCCGTAGTTTATTAAAGACGCAAACTCCTCACTTCACGACAGCTGCACGACACTGCACGACAGCCTTCAGCAGACCTCCTCATTCCTGCAGCACGAGGGCTTTATGATTTTTTATGAGCGCCAAAAGTGGCAGATCTGTCCGGTAAAATATCTGACTGCGTGTCCCCGCATCCCTAAGGACTTTTTGGCGAAATATTTGACTGCATGTCACTGCATAACAAACGACTGAAACGATATAACTAGAGAAATCTCCACTGTGCTACTGGGTGAGAGTGCTTCTCACTGAACAGCGCAGCAGAGATGACGTAAGTGTGCCGAGGCCCATTTATGGTGTGAATGCAGGCCGTCGGGGGAGACGGGAGGGGGGACAAGCGTGCTTTGGCCTGGTTTAAGGCAACTGTACCTACTGTGAGTACGGCCTTAGTGTTGTGTAAACGCCATTGGCCAACAACTGCGTGAGGTTTATTGCTTGATGTAACTGGCTGACGATTTAAATTTCATGTGAATCATTCACACTGACATAAGAAAAATAACATTTCAATTAATTTCAGTCATACGAGGGCAGTTTCATTCAGTGAACCTACATTTGTCTGTAACTTAAGGCTGCCATGTAGTTTAGATCAAAAATCATGTGATCTGTAGTGCAACTAATCAAGACAGAGCATTAAAGTCTACCAATCGACTAATCTGTGCAACCCCTCTCAGTAGTCAGCATGTCCCTGATGGTGTTTGCTGTCTCTCAG
Seq C2 exon
AAGGTGTCCTGACTCTCTGGAGGTGAACTGTGAACCGTCCGGGAGCCCGTCAGACCTGCTGAACTCTCCGTCTCCGCTGGACTCAGACACTCTTCAGATTGAGGAGGTCCAGCCTCCTGCCAGTGGCACACGCAAAGCCCGAGTCTTGTACGACTACACTGCCGCAGACTCCAGTGAGCTCTCACTGCGCGCAGATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000008983:ENSDART00000155092:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.518
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0311413=BAR=FE(26.6=100),PF148651=Macin=PU(66.0=97.1)
A:
NA
C2:
PF0311413=BAR=PD(0.1=0.0),PF146041=SH3_9=PU(35.3=26.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]