DreINT0134432 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000035470 | sh3glb2b
Description
SH3-domain GRB2-like endophilin B2b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-833]
Coordinates
chr5:31058988-31070250:-
Coord C1 exon
chr5:31070158-31070250
Coord A exon
chr5:31059078-31070157
Coord C2 exon
chr5:31058988-31059077
Length
11080 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCTGTAAGC
5' ss Score
4.47
3' ss Seq
GGGTGTTTGTGTGCGCCCAGGCA
3' ss Score
5.6
Exon sequences
Seq C1 exon
AGAGAGAGACGGCTTCTTGAGAACCGACGTCTTGACCTGGATGTTTGCAAAGCTCGGCTCAAGAAAGCAAAGTTAGCAGAGGCCAAGGCAGCT
Seq A exon
GTAAGCTCTTATTTTGACTTATCTCAACATCTTTATGGTCACAAGATTTCGTCCTGTAACCGCCCACAAAGCACGATTCCGATCTCTCGAGGGTCAATTCAGGAAGTGGGCTGTCCAGCAAGGACACTCGCTGTTTAGACCAAAATCCAAATCAAATATACACTTGAAGAACCTCTAAATAGACTATTACTGTTACAGTTATTATAATAGATTTTGAGAAATGAGTTGATTCATTTTCCAATGAGCAATACATTTGTATAGTTTCACTATTTTGACAATCCTGTTTAGACATTGCTTTGCAAGTACATGTCAACTAATTCTACTAACCCAAAATCAACAGTTTACAAATATTCCAATGAGATTTAGTTGCTATATTGGTCAACAGAATGTCTATTAAAGACCATTTAAAATGAAGTGTTACCTTATATATAAATGGTAACTCGGCTCAGTGGTTAGCACTGTCACCTCACTGCAAGAAGGTCACTGGTTCGAGTCTTGGCTGGGACAGTTTCTGGGGCGTTTCTGTGTGGAGTTTTGCATGTTCATGTGTTCACGTGGGTTTCCTCCAGTTCAAAGACATGTGCTATAAGTTAATTGAATTAACTGAATTTTTGTGTATGTGTGTGAATGGGTGTGTATGCATGTTTCCCAGTACTGGGTTGCAGCTGGGAGGGCCTCTGCTGTGTAAAACATATGCTGGATAAGTAGGTGGTTCATTCATTATTCATTCAAGGAAAATAAATGAATGAATCTTATATATACCAAATATATTATATTTGTTAATGTTTATAAAATGTTATTTTTGTGTTCATTTTACTTCATAGTCCACTAAATAATGTCAACAAATATCACCGGTCAAAATTTTAGAACATTCCGACCTTCTGTTTTATAAGGGTTTATTTGATTAAAAATATAACAACAAAGAAGCAACCGTGTAAAGTTATTTTGCGAGAATTGTTTTTAAATTGTCATTTATTCCTGTGATTTTTAAAATCACAATCACAATTAATTTCGAGTGTCACATGATCCTTCAGAAATCATTCTGATTGCTGATTAATTTAAAAATGTATCATTGAAAAACATTGATGCTTAATGTTGTTTTCTTAGCTCACTTTGATGATTGGAATTGTCCAAAAAAAAAAAAAGACCAAGACCGTCTGCAGCAAAACTGATTTTTGTCTTTGCTGAATCTGTTTTTATCATTGTTGAAGACTTTGTTTAATAGCTGTGTAAAGGCTTGCTTCATATTTTCGTGGAAATTATAATTTTACCTTTCAAAACTACCAATCAGTATTTTTAAAAAAAGTACTATTATTCATCAAGGACAATTTATCAATAATAAAATAGATGTTGGGACTTTTGATACTTGCTAATGTAGTGACGGGCATTTTTTAAAGGGAACCATGGTGGGTATCAAGACACGTATGGCTTAATAATTGTTCATCGAAGGGGATTTTTCTCTTTTTAGTCATCATGACGCCAGTATAATTGGAAATCACAAACTTGAATTTGTGTATAATAAGGCCTTTGCAATGTTACAATTGGTTTTATATTTAATTTTGAACACATTCATTAATAAATCTTTTATCAGCATTAATAACTGAATATAACAGATCAGCCATTTAGCTTATTTAAAATAGATTCTGAAGGATCAGGTGACATTAAAGACTGGATTAATGATACTAATAATTCAGCCATAAAATGAAGGAATAAATTACATTAAAAAAATCAATAATACTAATAAGGGTGGCGCAGTGGCTAACACAATTGCTTCACAGCAAGAAGGTTGCTGGTTCGAGCCCTGGCTGGGTTAGTTTCATTTCTGTGTGAAGTTTGCATGTTCTTTTGTGGGTTTCCTCCGGGTGCTCTGGTTTCCCCCACAGTCCAAAAACATGTGATATAGGCGAATTGGGTATGCTTAATTATTTATTATTAAATAATAATACCTTGATAGCTGCCTTTTTAAAGCACTCAAGGGCACCTTACAGTATATGGCGAAGCACATCATAAAAACAGAAGCAGTGGAAAGCAAAATAAACATAATAGTAAACCAACAAATCATTGAAAGCTAATCTGAACAAAAAAAGCTTTATCTGAGATTGCAAATAGTGTCTACCTGGCAAAAGTGGAAAGGTAGGGAGTTCCATAACAAAACTAAAAGCCCTGCGACCAAATGACTTCATCTTAAAGTTCTACACATAACTATTCTGAAAAGATCTGAAAGATAGTGATTCACATAGTGATAAATATGGGCTTGGTGAGCAGAAGAGGTTTGATATATTTAAAAAAGGAAGCTTTAGGATTTCAAACTTCAGAGAACAATTATTTATTTTAAAAAAGTATTAATAAGAATTAAAAAGAACAGAGCTTAGTAATATTTAAAGTAATAGTTTTAATTCTGTCCTATTTTACCCATCTGCAGCTTTTTTTAAACCTGTCTCGTTCCTTTGTTGAACACAAAGGAAGATATACTGAAGAATGTTGGAAAGCAACAGCCATTTACTTCTGCATTATTATTATTATTTTTGTTCCTATTATTTTTGTTCCTATTATGTCAATAACTGATGATTTACAGCACTCTTCAGAATATTTTATTTCGTGTTCAACAGAAGAATCAAACTCGCAAAAGTTTGTAACCAATTGAATATCAGTAAATGTTGAGGAAATGTTCATTTTTTGGGTGAAATATCCCTTTAACAGTAGTTGTTAACTGATGTGAACAAATGAATGGGGTTATTCAGCATTATTATGATTGAATGTTGCCGTTATTATGACTATGAACAAACTCACTAGCCCCTGGTCACTCCTTATTACTTTTGATATACGTTGTCTCATGCTGTATATGGGCATTGTTAAAGCGAGTCTGTGTTTTCTTAATTGACAAAGGGGCATTTACTGTGTTATGTTTGGAAACAATGGAAGTGGAAATGGAAGATTAATGTCTGGGAAGCTTTGAGTCAGAGGGCACATGGACATGTCATCTGTGAATGAGCGAATCTAATCTCCTTTCACTTCATATGGTTTGCCTTTTCATTGAATCAAGATTTTGCCCTCACCAGATGTAACTTACTCATAGGGCTGAGTCACATTCTGTTTTTTTTTTTTTTTCAGAAAAAGTTCTTTAGTCGGCCCAATTGGGTGTGATTTTAAATAGATTTCCCATTGACACATTTTGTGTTACTAACCCAGTGGACCCCTGTCGCACATCTGGAAATATGTCATCAAGTTAAGTGCACAGTTAAAAGGGGCTTTTCAGTTATTAAGACTGCATCACTCTTAAATATTAATGTTATCCTATTCCTCATGAGGAACCTGGCTGTCTAGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTTTGTGTTTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAAGCAATACCATTTTAAATGGATGTTTTGTTTAATTTTTTCTGAAGGTCATATAGGTTTGATTGTGTGCTCTGTGTCGGATCTTTTCCCTTCAATGTATTGTAAACAATAACACGTCTCTCTGTTATTATTCTCACAGTGTGAGGGAGATGTGAGTATCCGTGTGTGTGTGTGTAGGTCTGTGTGCGTGTGTCTTTCATTCATGGCTGCCTCCAGCAAACACTTACTTGTTCAGATCTGACCTTCGAACTGTCTGACACCTGAATTGTAAAATAAATCAACTAAATAAGGAATATTCCTGTCAAACCTATAACCTTTCTTTTCTGAGTTAAGTCACTAAATATAATCTTTAACATGATGCATTTTATAGGGCTCAAGAATGCACATGGAATCTCTATTTGTCTGTCTGTCTATCTTTCTGTGTGTCTCTTTATATATACTGTAAATGAAAAAACGATGGATGGATAGATAGATGGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAAAGAAAGGAAAAGATATACAATGGTTGGTTAGGAAATGAAACAAATTGAAACACTTTCTATTGTTGTGTATTTGCTGTATATGAGTGATGCATAGGTGTGTACAGTGTCATTTAGCAGTTAGGAAAATTGCTCAGCATATTGGGATTTAGACTAAGATGCTTTTGTCTGCTTTGACTTTTTAATTCATCATCATATAAATAAGCTTGTCAGGGGACATCGAAACCAGAGTTTTGTACTTCTCATGCTACAGATCAAAGCTGAGCAAAAAAAAGCAACCATTGTTATAAATCTACAGCAGCGGTGCTAAACCCTGTTGCTGGAGATCGATCTTCCTGCAAAGTTCAGCTCCAACCCTGATCAAACACACCTGAACCAATTAATTAGGACGTGAACGGCACTTGATAATTACAGGCAGGTGTGTTTCATATGGGTTGCAACTGAAATCTGCAGGGAGGTCGATCTCCAGGAACAGGGTTGGTCACACCTGATCTACAGTGTCATGCAGCTGTACTACGATGTTATTCTTTTGTGTAAAAACTGTGGTGGTTTACAATATATCACTCCTGCAAAAGGACTGATAAGTAACAGTTTAATTGTTACTGTTAACGTAGGACATAACGGCTCAGTTTCACAAACAGGGCTTAGGTTAAGCCAGGACTAGGCCTTAGTTAAATTAGGCTATTTAAGACACGTTTAGAAAAATGGCCTTAGAAAAAATATTACTGGTGTGCACGTGGAGACAAAAAAAAAAAAATGACACTGACATATTTTAAGACATCTCTTCACCAGTTATTTTGAGTTGAGACGGCTCAAACATGCAATTTAATCTTGACTAGCCTTTAAACCTTGTTTGTGAAACCGGGGGATAGAGTTGGTTATTTTCAGCACTTTAGAAACAAAAAAAATTGCTTTCTTAATTTTTTTTTCTTGCTTCCGGTTTATTTTTATTCTTATATATTTTTGTTGTGGAGTGGAATGAAGTGATACAAAAAAGAAGCAGCAACTTCCCTAATGTGCCTGTTTTGTGTGTG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Seq C2 exon
GCAGAGCATGAGTTGCGTGTGGCTCAGACGGAGTTTGACAGACAGGCAGAAGTGACTCGCCTCCTGCTGGAGGGCATCAGCAGCACACAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000035470:ENSDART00000098172:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.023 A=NA C2=0.143
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0311413=BAR=FE(12.2=100)
A:
NA
C2:
PF0311413=BAR=FE(11.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]