DreINT0150297 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000006240 | slc27a1a
Description
solute carrier family 27 (fatty acid transporter), member 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050320-112]
Coordinates
chr3:52340242-52349020:+
Coord C1 exon
chr3:52340242-52340388
Coord A exon
chr3:52340389-52348141
Coord C2 exon
chr3:52348142-52349020
Length
7753 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGA
5' ss Score
9.22
3' ss Seq
CTACTCTTGCTCGTTTACAGGAA
3' ss Score
10.18
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTGGAGGGAAAAGCGGGAATGGCTGCCATCGCTGACTCGACTGGAAGCTTCAACTGTAATTCTTTCCTAAAAGAGGTTCAGCAAGCTCTTCCTCCATATGCACGGCCAATATTTCTACGCATCTGCCCATGTGTAGATACCACAG
Seq A exon
GTGAGAAAACGTTGTTCATATTTGTACCATGATTGGGTGATATAATGAGTATAAATGCATCATAGTTATTAAAAATTTCGCTCTCTCACAAATTGTGAATATGAGAGCATTGAGGAGATGATTAATTGCCATCTATAATTTATTTTGGTAATTTTTATGATAATCTAATTTGGTAGTTTAATTTTATAAATTACATGAATCTGTTCAAATAGTCGGTTTTAAAAAGTCAATTTACAACTGATATAGTCATTTGTTTGCTTTAATGCTCAAAAATGATATTATTGATGAGCAAAACATTTTGAATCTTCTTTGCTATGTTGACAGTTTGGCTACAATTATGATTTATCTTTAAAAAATGTATGCTGCAAGCTGATTTCTTTTGGATGCCCAATCACATCACAAAAGAATAATAATAAGAAAGAGAAGAATTTATTAGATTATTATGAATTCTGTTTCAATTTTGATGATATATTTTGCAATTGTGAGTTTATACCACCCAGTTTATATCTCAATTCTGAGTTTATCTTTTGATTCTAAGTTTATATTTTTTTAATTCTTAACTTTTTTTTTGCTATTCTTAGTTTGTATGTTGGAATTCTGAGCTTAGATTTTTTACTTCTTTACAAAGTGCATTTAGAAAAAATTGTTAGAAGCGGCTCAAAATGTAAACATAAGAGAGACAATGCGGACTAGGTAAATCATGAAGACAAATAATTTATTAACAAAAGACATTTAAAGCAACCAAAGTTAGTATAAATGTAAATCAATGTTGAAAAGCGTGTGCACGGTAAACTGAGCTCATGATCCAAAATACAATTATCAAAGCGACTGGCAGGTGGGTCCGGCTAATTAAGGTCCTTTTTCATGTCAAATGTTGGGGTCTTTATACACGGCACATAATGGGTCTCAGGTGAGATGACCTATCCACTAATCACCAGGCTCTGCAAATCACAAAAACACAACAAAAATAACCATAAACAACCCAACACGGGATGTAACATTTATATTTTACAGTATTGACTTTCTGCTGACTTCCAATTTATTGTACAATTTTGAATTAAAATGTTGAAGCTCTAACTTAATTGTTAAAAAAGTTCTTTATGTCACAATTTTTAGACTTTGACCCTTATGTTTTGTTAGGAAAGTTTTCATCCACTATGAGGTGCTGTTGAGTCTTTATTTGGGCACAACTTACAATGTTTTTCATCAAATTAAATGATTTTTGGTGACAAATCTTAGTTTGACCCATATTTTGGAAAAATTCTTTGAAAATTTTTAAAAACTCAACAATACACTGTGGGCAAAATTACTACCCTTCCTTTATGCTCGCGATGACAGCATCCACTAAATTAAACTGCTCAAAATATATTTTTCAAATAGTTTTGCATAAAATTATTACTCAACCAATCCTGATTAAAACCACTATGCTTTACACTCTTTAATTGCCAATTTAATGACTTATTTTCAATATAAAAAGGAATTGTGGACTGGATATTTTTAACCTTTTATTGCAGTCTCATTTGAAATAACATTGGCTTTGATACTGTACACTGTTAGTTTTAACGCAGCATCAGATTTACATTTTTTGATTGCAAAGCCATGACACCAAATAATTATGCATCCTTGATTACCGGTATTGTTCCCTGTTAATAAGAGGTACCATTTGTAATTTTGGATCATTAGTTGGCACCATAAACCCTTTAGATATGGCTGTTCAAAAAAAGCTTAGGCTTCATCTGAAACAGCCTATAACTCAGTAGGTACTACATTTAAATTTAAATGTACTACACGGCCGTTAGAACGTTGCAAGTACGTTCTAAACAGTCTAAATGTGAGCAAGATGAATGGAATTAGGACATACTACATTCACCATTTTGTCATGGTCACATGACCTACCTGCATCAGTTGCGTCGTTTCACTCCCATTTATGAATTCTCTCGCGGGGCATCATGGGATAGTGCAGCATGCATGGAATGCGCACTTCAGAATCTCGCCGGAAGTAGTAGGTCATCTGGGTACACACTGATTTTCGAATATCTTGAATTCGGGCAAACTCCTGGGCTCGCATACTGATTGTAGCGGACTATATAGTATGGAAGTATGCGGTTTCGGACACAGCCTTAATTTCTGGCTTTTACATGGAGTATAACAGCATTTTTGAATGTGTGTGAAGAGTGTGAGAGTGGCCTTTGCACAGTTACCTTGATACGTCTGAAAAAATCTAAATAAGCACCTCAGCTCTCAGAACTACATGGAGTAAACAAAAACATACTACCTAGTATTTAGTAAATATACTGTAAGCTAAAATGTCGCCAATGTTACCGTTGATACCTAAAGTGGTCATGAGGTCTTAAAATGTATGGAAAGTGTCTTTAAAAAGGTCTTAAAATATATTGAATGTCACTCTCTGATTTCTGTATATACCCTATTACACATACTGATCTGACATCCCTCTGATACACTTAGGCCCGTTTACACTAGTGCGTTTTAGTTTTAAAACGACGTTTTAGAATGAAAATGATCCGCGTCCACACTAGCATTTCACCCAGCATTTCTGAACTGCTCTTCGTCCACACCAAAACGCTGAAAACGCACATCACGTGACCACACACACACTCTCGTGCAAGCGCTGCAGCCTATCTACCAAGATGAGAGCTCTGCTAGTCGGACTGCTCATCAAGCATCTCCCTCTGGATCTGATCTCACTATATTTGCTAAACGTCATATTTAATTAATCTTGTTGTCTATATTCATTGACATATTCCCCGACTTTGGTCATTGGAATCTATTACTTGTTCTTAGGTAACGTGTTTTGGCTAAGCGCAAAGATAGGTTAATAATTAATTTAACCACGTAGCCTATGTTCTGTATATTGACTGATCGCTTGCCTTTATTTCCTATAATGTAGAAACTTATTGTATGTTATACTTTTATAATGGCCATTATCGATTATTAAAACTGATATTCAGCAAAAGAGAGGGTGTGTTTCGTATTTTCACTGAAATTGAAAGGAGGCAGTTGTCATAGGCTCCGTTTTGTTATAAATATCCACACAGTGAAGATGACGCTCATATATGCAGAACAACGCCTCAACATTTCTGCTGTCTGTTAAGTTGCTAATATCAAGATGAAAATAGGCAGTTCCTTAAATCATGTTTTCATTTTATTGTTGAGAAAGTGAAAAAACGTAGCCAGGGTGATGTGAATGAAGTTATAAAGTACACTGTTCCCTTTGAAGATTTACCCGTGTCCTCGGTAGTCTGTTTTTCATATAAAACTAAGCAGGGGGAGACTGCAGCCTTGGTCAAACTTGCGAAGTCTGAACTTACAAGAAGAGGATGTAGGACTGAACTGTGTGCAACGTTAGGCTACTTAATATTGAGGAAAAGCCCCAATCAGAGAGCAGCCCCGCCTCCGTTTTCCCCCATCCACACTGAGACGGAGCAGCAGCGTTTTAGATTGAAAACTGCCTCTCCAGCGTTTCCAAAACGCTTCGTTTTCGGCGCTCGAAAACTCCGGCGTAGTGTGGACGGATGGCGTAACCGTAGCAAAACTTAAGCGTTTTAATCAATCAATCAATCAAGCCTTTATTTGTTTTAATTTAGTTTTAAAACTAAAACGCATTAGTGTAAACGGGGCCTTACTTTGTATTTGTTTACACCATGTAGTTCTGAGAGGTGAGGTGCACATTTCGATTTTCTCATCAAGGTAACCACACAAAGGTCTTACACACCCCCCCACACACACACACACCATAATTTGCTGCTATACTCCATATAACTCCATATAAAAGCCAGCCTATCTAAAGGGTTAACTGATGATCAACAGTAAAAATGTTCTTCCACCAACAATAAAGTATGCATAATTATATGGTGTCATGGCTTTGCAGTCAAAAAATCTAATTATAATGGAAGTCAATGAGGCAAAAACAGCCACAAATGGTAAATGAGGAATGAAAATTTAGATCTGATACTGCACAAAACTGAAGAAAGCATCAAAGGCAATGTTGTTACTAATCTTCCATATGACTGTGAGACTAATTTAAAAAAAAAGTTTAAAAAAGATCGACGACTCAGTTACTTTTTATATGGTAAAATAAGTTGTTTTGTGTGTGTTTTTTTTTTTTGTTCTTTTTTTTCTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTACCAAACCAGTGACATCATTGATAAATTTGTTAATTAAAGAGTCAAAAAACATTTAGTGTTTTTGATCTGGACTGAGGTTGATTAACAGATTTTTGCAAGAATAGAAAAAAACATAATTATCTAATACATCTTTGCCGCAGTTTAATCTAGTGCAGGGGTTCTTAACCTGTTTCACTGCAGGACCTTTTTCTGATCAATTTTTGAAGGCCACCAGTCTGACATTTTCTCTAAAATGTTTGTATGAAATGCTCATTTAAATTTAAATTATTATATTATATTATTATATTATATTATATCATATTATATTATATTATATTATATTACATTACATTATATTATAACAAATATATTATACATTTGTTGTGCCTTGTATTTTCTATTATCAACAGTTTATTAAAAAGAATATATTTTATTTAAATTTAATTATATATTAAAGTAAAACATAACATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTCAATCTTCTTTCAGTCTCCTCCAAAGTTCGGTGACTGTAGTGGGTTTCTTGGCCATAACATTGTCGCCAAGGATTTTCCAGAGGTTCTCTATTGGGTTTAGCTCAGGATTCTGGGCAGGCCATGTCATTATTTCAATGTTTTCAGTTTAAAGCAATTGCTTTACCCGTTTTGTTGTGTGACATGGAGCGTTGTCCTGTATGAACATTATGGGCTGATAGGGTGATGAACTCAGGGAAAGAATCATATGTCATTGAAAAAGGTTCTGATAAACATTTGCATTCACTCAGCCATGTAGCTCTATAAGAGGCCCAACTCCTGCAG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Seq C2 exon
GAACGTTTAAAATCCAGAAGACCAGACTGCAAAGGGAAGGATATGATCCACGGCTCACAACTGACCAGATCTACTTCCTAAACTCCAGAGCAGGGCGTTACGAACTTGTCAACGAGGAGCTGTACAATGCATTTGAAGAAGGCAGGATTTCCCTTTAGACAGAGAAGAGAAGTTAGTTTGAAACTACCTGATCTTCTCCTAATCTGTGAACACATACACACAGTGTTACCACAATGCAACAGAAACCACACTGATTTGTTAAGCTAGTATTTAGACATTACCATTGTTTAAAAGAATAATATTGCATCTGATGAGATGTCTTTGATTCGGTAGCCTACTAGAAATCATAAGCTGTCTTAAAAAGGGCAAACCATTTACCCAATATGCAATAGGCAGTTTGACTGAATTATTATTTTAATGCAATATTTTGATTTGATGGCAGCAGAATACAATGTGCACTCCCAACATAAGTAAAACAAATACCCAAACACTAAAGCCATTAGGATGAAAGATTAAACTCCATTAGGATATAACACTAAAGACACTAAAGAAACCACTACAAATCAGCTAGTTGAAAGGTTTTGAGCCTGAAAAGATGATGATGAGTGTATGTTAACAGACGTGAGTTTTTACTAAGTGAACGTTATTAAAATGCCTAACTCCAAAGTGATTTTTAGAAAGCTGAAAGATACAAAGTGTCTTTGTGAACAGCGAAGTGCCTTAGTTTTTTACTACATGAGCTTTATCCAAGTGTGATATGGCAAGATGAATGTGGCCTGACACTTCATCCTGAACAAAGAAGTTTTTGGAAAACAAAACCCAGTAAATTGTATTAATATAGATCTGAATGATTAAATGAATAAACATTTTTATTCCAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000006240:ENSDART00000018908:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF131931=AMP-binding_C=FE(64.5=100)
A:
NA
C2:
PF131931=AMP-binding_C=PD(3.9=5.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]