DreINT0150538 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000104278 | slc2a8
Description
solute carrier family 2 (facilitated glucose transporter), member 8 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030829-25]
Coordinates
chr5:65303066-65307489:+
Coord C1 exon
chr5:65303066-65303211
Coord A exon
chr5:65303212-65307070
Coord C2 exon
chr5:65307071-65307489
Length
3859 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGC
5' ss Score
9.26
3' ss Seq
GTAAATAACATGTGTTTCAGGAT
3' ss Score
5.54
Exon sequences
Seq C1 exon
GATTTGCTATTGGTTGGGGTCCTACTCCGTGGCTGGTGATGTCCGAGATCTTCCCCACGCGGGTGAGGGGATTAGGCAGTGCTCTGTGTGTGCTTACTAACTGGACCTGTGCCTTCATTGTCACCAAAACCTTCCAGAACCTCATG
Seq A exon
GTAAGCTGACTTTATATTTAACATAAGTTTATTTTGCTGTCATCTTTTTTTTTTTTAAGGGTTTTTTCATCTTTTATTGGGATAGAATAGTGGAGGACAGACAGGAAAGTATTAGGACCAGAGAGAGGGGAAGGGTCGGCATAGGACATCGAGTCGGGAATCGAACTCGGGTCGCCGTGAGCACCATGGTGCTATATGTCGGCGCACTTAACCATTAGACTACTGCCACCGAATATTTTGCTGTCATCTTAATGTTATTCTTTTGAAGAACTAATTATTATTTAATCTATTTTGATTACAAATTAATCCAAAATAAAAAAAATATATTTTAGTAATCCTCTGTCAAATTCTAACCCTTTGCAATCCTCCTCTGTTGATGTCAGTTTGACTGCGTCAGCCAAAATATTTCTAGCCACGCCCATCTTACCACTACTATCAGTTTGCTATGAGGGAATGATGTGCAAAAAGAAAACCCCGCCCTCTACTCAACATTCGATTTCAGTTGGAAGTACATCAACATACTGAAGTAAAAATGTCAGCAACTTCCGGTTCAATCAGACTTTACCATTCTAGATGTAATAAACATGGGCCTGTACCATGAAGCTAACTTTTCTGCCATAAACCCTGTGGCTAACCTGCTCTAGGGGCAGATTATATTCTAGTTTAGAGATCACAAACCAATCAGCTGTGAGCCAAGTGACACATTAAAGCCACCAGTTTCTCTTGCTCCAAATTAAAGGACACTACATTGTAAACATGTACGAAAAAAAACTACAAGTTGTACGCTCGCTAATCTGTGTTGTAGCCAGTGGTGTAAAGTAACAATTTAAAAATACTCAAATTACTGTAAGTGAGTAGTTTTTCTCACAAATTGTTTTAAAAATGTGTACTTTTATTTTCTTTAAGTATATTTTTAGTGCTGTATCGGTACTTTTACTGCTGTACTTTCCTTCAACTTTCCTTCAAACTTTATTTTTTCTCTCTATGGGGATTAGAAAAATCAGTCCTTTGATTCCTGTCCAAGACATGAGGGCTTTATAATTGCAGCAAACTGTTTGGAAGCGTTAAAAGTGTCCAAGAAGATGTTCAAAGTCGTCAAGCATTGACCCAGAGACTGTTTAGATGCATGTCACTGATGAGAAGATGACGGATGTTTACTGTATGATAACCCGAAATGGCCCAGCAGGCACAAAATGTCAACATGACGTTAGATTGACAACGTCCTGGAGACGTAGCAATTTGTACTGAAATGAAAATCGCGTTGACGTCAGCACTTTAGGCTGACGTCATTGTCCAACATCCACCCTAAAATCGACCAAATATCAACGTCTAATGATGTTACAGCTTGACGTTGTGTGGACTTTTTCACTTTGACGTCTATCAGATGTTGGATTTTGGTTGCCATACCTGACAAATAAATGTCAGTATTTAAGGTCAATATGACGTTGGTTTAAGATGTTGGCTCAGCATTGGATTTGGTCACTTTTAAACACAACCTTAAATCAACCAAATATCGGTATTCAACGTCAAAATAACATTATCCTTGACCCTGGCTAGATGTTGAGTTTGGGTCACCTGACATCACCACCTAAATCTAACCTAATGTTAACGTCTTCTGATGTTGTGTGCCTGATGAGCAATACCTAAACGCACTACAGAATGTTTCGTTTACACACATCCACAAATTACATGTTACTGCATCAGCTTTTTACAGCATAATACTCACTACACTTTAGTACTTTTAAAAGGGCTACTTTTTACTCATATTTTGAGTAATATTTATAACAGACACTTTACTCTACGTGCACTACATTTTTAGGCAAGTAATGGTACTTTTTGGCCGCATTTACATTGCGCTGTTCAAGTGACTCAATTCCGATTTTTTTTTTTTCTCCCATGTGGCACAGATCGCATATGGCCCATGTACGTGTAAGCAGGAACAAATCACATGGATTTCGATTTACTCAAGTCAGATTCAGGCCTTGTTCATATGTGGAAATTTATCCAATATGAATCGGATCTGTGTTCTCGTGTCTGCAGTGTAAGCAGGTACAGTAGATTGGATTTTCAATGCGAGTCGCGTGTCATTAAAAACCGTAGCGAATGACGTTAAGTCTGACACTTTCAGTTCAGAACAGACTTCAGCAGCACCCAAACCTTAAATCTCATAAACACGAGGACTTAAACAGCTTTTATATTGTCATATAGCACAGGTATTTAAGCATGTTAACGAGAGCAAGAGAATACAGTGTCCGCCACGTAACTAATATAAAACTAGTGCATAAATCACGCCATGGACATTACATTAAGATGCCTAAAGGTTTTCAAATGCCTATATATCAAAAGAAGACGGACAAATGAGAACCTTTCTGTCATAAACTATAGTAAAACAGCTTGTCAAAAGCTGCAAACAGATTACATACAGGAATATAGAAAAGAGCGCTCTTTAATTATCAGCTGTTAGTCAATGCCCGCTCTTTTTTTTTTTTCCTGGTCATTGCGTCTTTGCCATGCGCTGTGTAAATGCAGACAATCGGATACGAGTCACTTTTAAAAGATGATGTTAGTAGGTCAGCAATAAAATCGGATAGTCACAAAATCGGAATTAACCATCAAGATCTGCAGTGTAAATGCAGCCTTACTTAAGTATGATTTTTCAGTACTCTTTCTGACACTGGTTGTATCAGCATAATTTCTCCAGTGTTGTCACATGAAAAAATATAACGTATTTACAAAAATGTTGCCAGTGTTGCCAGATTTAAGTGGTAGTGACTTTTATTATGTGTGTAAAAAATGGCATTGGCGGGTTTTGAAGCGTAAATTTTCCGATTGACAAGCAGCAACTAATTATGTTCAAAAGAATTTGAAATGCCAAATGTGATCAATTTATACACCATTTCAAAAGTAAAACATACTCTAATGGTGTAATCTACACAATAATAGGTCCCACTTTATATTAAGTGTATATTAATTACTATCAAAAAAATAAATACAATGTACTTACTGTGCGTTTCATGTATTTGAGAACACTTGTGGTGCTTTTGAGTTGGGATAGAGGTTGGGTTATGGACAGGTTTGGTGGCATGGGTAGGTTTAAGGGTGGGTTATGGTGTGAAGGGTGGTCAACAGTGTATTTACAAATGTAATAACAAAAGTTAATTACAGATGTAATTACATACATGTATTTAATCTAGCATAAATACACAGTAAATGCATGTATTTACACAATAAGTACATTGTAACAAACTATTAATTCCTGTGTATGTACATATTAGTTAAAGCCACTTAATATAAAATGGGGACCAATAAGAAAACATACTTGTTCAACATAATGTATTTGAACAAGACATATTAAATGTCCGGAAATAAATAAATAAAACATAGAAGTATTTCTAACAAAGGGCCTGGTGTAGTAAGACATGAAGAATCTGTCCTACGGGTGGTTTGTCAAGCCCACTCAGCTTTGTGGAGCACACTCATGCATCATACCGTTATGTGATGCATTGTGTGTATCTTACTAAAAAGATTTAAACTGAGAGAGTGTGTCTGAGCCTCTGACATTATCTGGAAGTTTAGCAGCCATATATGAGAACGCTTGATCTCCTTTAGTGGACTTTGCTATTCTGAGTACTACCAAAAGCCCTGAGTTTTAAGATCAATCCAAAGAACGGCTTGGATTGTAGCGAGATAGCAGCTTGGTTAGATAAACAGAAAGCTTTATTATAAGAAGCATTAAAGCACATGATTGGCTGTTTGCTAGAGATGTCATATAGTTGCTTTTCAGAGTCATGGTACATCATTAAACTTGCTTTCTGGAATTCATCTGTGGTCTTATAGATGTAAATAACATGTGTTTCAG
Seq C2 exon
GATGCTCTGAGCAGCGCAGGAACATTTTGGATGTTCTCGGCACTGTGTGCTTCTAATGTCGTCTTCACGGCTTTCTTTGTCCCCGAGACCAAAGGCAAAACTCTGGAGGAGATTCAAGCTGGTTTTAAAGGGACTCGCATGCGCTAGATGACTCTTTTCCCTCAGCGCCATAACCAAAATATTGAACAAAACATCTTCGACATCTTGAAGAATCTTGTAATGTTTTAGAATATTGCAATTGTTTACAGAGAAAATATCTATATTTTGTCTACTTTTTCTGTCATCTTAATGTGATTTATCTTTAAATTAAGAGTTTTTAACATTACTTTTAAACACATTGTTACTTTTGGTACACAAACGTCATAAATTAGTGCCTCATTTTAACTTGTTTGCAGGTCATATGAATATAAATACACAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000104278:ENSDART00000166432:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0008319=Sugar_tr=FE(10.5=100)
A:
NA
C2:
PF0008319=Sugar_tr=PD(9.0=83.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]