DreINT0150654 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000054658 | slc34a1b
Description
solute carrier family 34 (type II sodium/phosphate cotransporter), member 1b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-101006-4]
Coordinates
chr21:32983639-32987784:-
Coord C1 exon
chr21:32987617-32987784
Coord A exon
chr21:32983756-32987616
Coord C2 exon
chr21:32983639-32983755
Length
3861 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGGAA
5' ss Score
1.62
3' ss Seq
AACAAAACTTTTCCCTGCAGATT
3' ss Score
9.84
Exon sequences
Seq C1 exon
GCACTCATCTATTTGTGGAGACGAGATTGTCTGATCTGGCTGTGGGGTTGATTCTGCTGGTTTGCTCGCTGCTGGTTCTGTGCACCTGCCTCCTGCTGCTGGTTAAGCTCCTCAACTCCCTCCTCCAGGGACAAGTGGCCAAGGCCATCCAAAAAGTCATCAACACAG
Seq A exon
GTGGAACTACCAACTTTTGACTGTTAATGGGATTCTGACATTAAAAATTGTAAAACAACTTTCAGATGTACAGTACTATTAACCTCTCAATCTTTAAAAGAAATTTGTGATAATTTTAGACATATCTACTTGTTCTGAGCCTGTATGCATTTCTTTTGATGAACACAAAAACCACACCAAATCTAATCAGGCCCAGTGCGGGCTTGCTCAGCTATGGTCCACAGATATGGGCTCACTTTGCTGCCTACATTAATCCCATTATGGCCTGTTGTGGGTCAGCCCTTTCGCTTTTTTTCTTTGTTTTGTTTTCTGGGCCCATGCAGCTTTTGTGTAGTCAACCCTCCATTTCTTTCCTATGCTCTGTTTCCCATTTGATGAAAAGAGCTACCACCATCTGCCAACTTTTTGAGAGACCTCAAGGGAAGAATGAACTTTGCCAAAAAGGGGCTGGGCGATAATGCAAACACATTATCACAATATCATGTTTTCTGTTATTCTATATATCAATAATTATTGCATTTTTTTTAACAAAACATTTAGGAATGTTAGTATTTTTTTTATTTAACCACTTTATTTTAATTTACCAGCATTACTAAGACAAAAAATTTTAATAGTCAAAACAAAAATATGTAAACAAAATATATCTTTATAATAAAATACACATGTTTATGTGTTAGAAACTCTTAAACTTGATCAATAAAATGTAAAGTGTGTGCAATGGTAAAGGTAGAACTACATCAGTAAGGTTGTCAATAATAATGATACACTAGACCTCAAACTCTGTAAACAAAACAAATAATGATAATCAAATCTGAGCTTTTAAGTGAAGGTACAAGGGAAGGGTTAAGTAAAGGTAAGCCCCCCATCATGCAGCCTGCCACCTTGGAGCCTCCTCGCTGTCTTTTTATCCAAATTTGGACCCAACTCAGCACAGAGCTCCAAATCTAGACGCTATTAAGCCAGTCATCGTGGGCCAGAAAATCACTGTGATCCCTAAAAAAAGCTTCCCTTTGGATTCGACCATTGACAATATATATATATATAGTGTCAATTAACCCATTTTATCAATTATTATTGAATAGCGATGTTTTCCACATGTGTTGGTGCGATACTTTACTGTAGTGTGCAATTTAAGATAATTGTCTCTAGGAGTCGCCAATGTAAATAAAACAAACACACACAGGAAATGCACGTACGCCAGACATGAAGTTGGCGCGGACCAGCACACATTCTCAGATTATTTTTATTGTTAGTAAATCCAAACGTGAGCGTGAAACCTCGCATGCGCAAAGTTTTTGTGCATACACAGCGTTGATACATGAGGCCCCAGATGTTTTTTAACTAGGTGCACCTAGAAAAAAATGCACACGCATCATGTGTACGCCGCTTGCACAACCACAACGTGCATGTCCATTACATAAACGCATCGTGCTAGTTGCATGCCTATATTGAAAATTACAAATGTACAACCTAAGCCTTTCAAGGCGTGCACTTAGCAGCCACATTTTGATAAAACTATAGTGCTTCATACTGAAACTTTTTTTAGCGATATTGACAATGGTGTTTCGTCAGTAAATATTAATACAGATTTTATTGTCCAGCCCTATGCTAAAGAATACTTTACCACACAAGGTTAAAGCAATTGTTTGGTACTTTTTAGTAGTATGTGTATTAATTATGTTTGATTAGATATTTTGTAGTACCCTTTCAGAGTGTTAGTGTCAGCACTAAGGGGCCAACATTTTACTGCAAACTCTTAGGTTTGCAGCCCACTAGAGGTCTATGCAAAAAGATTTTTTTAGCTGCTTGTTCAAACTACTTATTTCAAATTTGCTGAAACAATACAGTTCCTGGGTTTATTTAGGGACAATTTAATTGTTTTATATTCTATCAACTTGAAATGGTAAAAAAACACTGAGTTAACTTAATTCATTTGCATTGAGACAAGATGAAGAATGTGGAACCCAGCATTTTTTACAGTGTCTTTAGGTTAGTTTTTTTAGTCAACAAGCCTAAAGCAGGCTTGTTTGCAAAGATTGTTGGTCTCCATTGTCTACTTTTTTAAAGAACCCCTATTTTGCATTAAAAAAGGTCCTAATTTGGTTTGGGGTCTCTAACAACAGACTGATATGCATGAAAGGTCAAAAAACACTTCCATTATCTAGTAACATGCATTTATTTTTACCTAATTATCCCAGCGACTCCCAAATTATTTGTTCAGTGATCCATTTATTCCCAATCCCCTCCTAAACGCAAAGCTAATCTGCACTGATTGGTCTGATGACCCAGTCTGTTGTGATTGGTTGACCAGGTTCAGCATGAGACAGAGAGAGATGCCCACCACGACTATGAAGTAGCACACAGAGCATGTAAGAGTCAATGCAGGAATGCAATAAAGCAATGCAGATAAACACTAGCATATTGCTTTACTCTTAACTCTAACCCCCAATAATAACAATGACACATAATTCAGTATTAATCCACACAGTGGCAAAAGTGTAACTTTTTGGAAAATTCAATGCGCCAAGCATGTGTGGGAACAGCTGATGATGGCCTTAGAAAAGGCAAACGGCAGAGGATTATGAGTTCAGAAACGAATGATAATCAGTAAAGGAAGAAGCATGCGTCATGCTTTTAGCATTGTTTTGGACGCAATATGTGAGCAGCCCTATACAGATTTAACCTGATAGATACAGTGCAAGCACTGATCTATAATAGATCAAGAAGCCGCGCTGAGCATTTACAAGTTACAACACACAGTTAAACACATATTTTGCAAACTACACAAAACGAGGCAACAATTTTAATGACACTTACATGTTATGATCCAGAGGAAGAAGAAACTGGTCCATATAAACTGTAATAGTTACTGACAAAGTCCCATACATAAGAGTCTTTGCTGCTTCTTCCTTTGATAGCAAACAGCTGATGAACCCTGTGTTGCAGCGCAGGCTATTGTTTAAATTATCATAATATGACAGGAACAAACACAGCATACGGTTGGCAATACTGTGGTATTGTTGTGAAAATTAACTTTAATCAACACCTTTTCGTCATGATCAGTCCTGTGATCCCCTTGCATTCAACCGGCACTTCATATTTGGTGAAGTACCATACCGATGTTGACGCCTCAAGGAAAAGATCCAACCCCAACATGATTCATTTATTTGACTCTAAGTCGACTATTTCGTTAAAGAATTTATAGCTTTTAACACAGTCCACTTTCACATTTAATCCTCAGCTGGATGTTTCCATTCACTTAGTGCTGTTTTACACACTGCAAGGAAAGTCTTTTTGAACCCATAATAGGGGCTCTTTAATTATTTTGAAAGTCAATGGGTATCATTCATTTTATGGTTGCTAACATTAAAAATGCCTTCTTTTGTGTTTTCAGAAGACAGAGACTTGGGTTTATTTTTGATTATGTATGTTAACAGAACAATCATCTAACTAAAGCGAGTAGTCTTGTATTCAGTATTTACTCTCTATGCTTACATCTTCTTCTATGTACAACAGAAGAAAGTCAAACAGGATGTAGAATAAATAATAGCTGAGTAAATGATGAAAGAATATATTTTTTGGGTGAACTATGCCTTTAAAATTGTTGAACTTCTGAGGTTAAAAGGTGTATCAACTCAAAATAAACACTCAGTATTCTTAAAAATGAAACTCTTAATTTAAATGCCTTATTTTAATATTTTCCTCGTGATGCTTTTTGATGTTCTAGCACTTCCTCTAACCCACTTTCCAAGTGCTGCTTTTTTAGAGAGTTTATTCAGTGTTTCTAGGGATCCCCAAAGGGAGTCTGAAGTATATCACCACTTTGCAGCATTTCATAAGAAACAAAACTTTTCCCTGCAG
Seq C2 exon
ATTTTCCTTTTCCGTTCAGCTGGTTGACTGGCTATCTGGCCATTCTAATTGGTGCTGGGATGACCTTCGTGGTTCAGAGCAGTTCAGTGTTCACGTCTGCCATCACTCCTTTAATAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000054658:ENSDART00000149386:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0269010=Na_Pi_cotrans=PU(19.1=47.4)
A:
NA
C2:
PF0269010=Na_Pi_cotrans=FE(27.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]