DreINT0151510 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000028173 | slc4a2a
Description
solute carrier family 4 (anion exchanger), member 2a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-051101-2]
Coordinates
chr2:32408679-32413713:-
Coord C1 exon
chr2:32413540-32413713
Coord A exon
chr2:32411446-32413539
Coord C2 exon
chr2:32408679-32411445
Length
2094 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGTGTAAGT
5' ss Score
7.65
3' ss Seq
TTGATTTTTTTCTGCCACAGCTC
3' ss Score
9.02
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGCGAACCCTCCGAATGCATCTGTTCACGTGTCTTCAGCTGGTGTGTCTGGCTGTTTTGTGGATTGTAATGTCAACCGCAGCTTCGCTGGCCTTCCCGTTTGTCCTGGTCCTCACTGTGCCATTCAGAAGGTTCCTGCTGTCCCGGATATTTTCTCATCGCGAGATTCAATGT
Seq A exon
GTAAGTGATTCTTTTCATTTGGGTGATAGCAGGATTATTGAAGCTTACTTATTAGTTATGAGACATGAAATAAAATACCCAACAAGCACTATTGTGTTTTCTAATAGGCGTAAAACAAGGCTAAGTTTGGGCTGTCAGTAAAACTCTATTAGATTTCTAACAATAGACCAAGATTTAGAATAGTCATCAAAAAGAAAGGAAATAATCCAAAATCATTAGTGGATAAGTTTAAGGCACTCAATAAGTAAGTGAAAACGTTAGAAAGCTTTCATTAACATGGGAAAAGAAGGAATGAATACATGTTGACTGGTCTATTATTGGACTATTGTTAGATGTCTGTTCGTTTTCACTACCTAGAACCTGTGCAAGCTGAAATCCGCAGATTTATCTATTTATTTACTGTAAATGTGTCTCAATTTATATTTATTCAGTTTTTTAAATAATTCCAGTAATATTATTGACTAAAATGAAAGTGTTTATTTGATTTATTTACAATACAGTTCGTAAAGTAATATTTTTATGATATTATATGATATTATATGAGCAACTTGCTTTGCTTACCAAATAAGTGGATCTAATTGGATTTACATTGTAAATATTGAATAATAGTTTAAAATGTATTATTTTTTTTATTTCATTTATTAAGTTTTTAGGTATAATACTCCCAAAATCATTTTGCATAAATATACAGATTTTTAAAATAAAATTTTTGCTGAAATAGCAAAAAATGTAGACAGATTCTGTCTGGCCCTACTTATTAGCCTTGTTTTAGACAATACATTTATGCTTGGTGGGGTAATACTTATTTTATAGCTTTTCTTCATCTTATACTAAAATAATTTACGTTTTCATTTCATGTACTAAAACAAAATTCAATTTGATGACAGGAATATATAGACAAATTTAACCCTCATTACATTTTCCAGTTTTGCTTCTTTCTTTTCTTTTTTTTATATAATATCTGGAAAGGGGGACCATATTTGTAGTAAGAAAAAAATGTATCCAACATGCATTCTTTTTTTTTTTTTTACAATTGCTTACACTATTTTAAAAATATTACTTATTGTTGAATCGCTTAATGCATCCTCAATTCTAAGTCACTTCGGACCAAAGCATTCACTAAATGACTAAATGTAAGAGATATAACCATTTAAAAAGACATTATAGGTGTCAAAAAAACTGCAATGATTATGTAACGTACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCCTTTGAAAATTAAAAATGATGTTTAATAGAGCATGAAATTTTCACAGTATGTCTGATAATATTTTTTCTTCTGGAGAAAATCTTATTAGTTGTATTTCGGCTAGAATAAAAGCAGTTTTTACTTTTTTATAAACCATTTTAAGGGCAAAATTTTAAGCCCATTTCAGCTATATATTTTTTTGATAGTCTACAAAACATACCGTTGTTAACCTAATTAACCTAGTTAAGCCTTTAAATGTCACTTTAAGCTGTATAGAAGTGTCTTGAAACATATCTAGTCAAATATTATTTACTGTCATCATGGCAAAGATAAAATAAATCTTATTTTAGAGATGATCTAGTTATTAGAGATGAGTTATTAAAACTATTATGATTAGAAATGTGTTGAAAAAATCTTCAACTGTATATATGTACACCTACAGACTAATCATGCAGCGTGAATGTTAATGCAAGTATAAGAGCCATAAGTTAATTGTTTTTATTTATGTTAAATTAATATTAATGTGAAAAGCAAAACTGGAAAAGCCATTTCATTTTGAATATAGAAGATATGATGTCACTTCTGGGAAGGAAGAAGTTGAGTCATGAAGATGGAAGCAACAGTTTTGTGATCGTGTAATTTAGATAAGATGTTTTTAAAACTTTCGAAACGTCACTGAACTGTCTTATGTTACTCATGTTCAAATTACGCTTATTCAAAGAAAGAAGTAAGACAAGAAATGACAGATTAATGTCATAAACAGCAAGAACTTTTCAGAAATGTCTTTGTTATTTGCACAGTACACAGTAGCATTTTGTAAATATGAGTAAGATTAAAATTTTAATCACATTTTGACATTCACAGTTGTTGATTTTTTTCTGCCACAG
Seq C2 exon
CTCGATGCAGACGACGCAGAGCCCACGTTAGATGACAAAGACGGTCAAGATGAATATACAGAGATGCAAATGCCAGTATGACCTCATTCCTGGACTGATCAAACTTTCTTTTCAGGTCCAAACTTTACTGCCTGTCTTTCTTTTCTTTAATCAAATTTTTTGTGTCATTTTTGTTTCCCCCGTTGTGTTTCTGCTTAACTGATAGAAACAGTATATTTATAGCTGTGTAAAAGTGTTCAATAGTCGCTCGCTGTCATTTGTTTCTCTCCGTCTTTCTCACTTGTGCTGTCGATCTGTTTATTTATCAGAGTCCAAATGTTCTATGTTGTGTGTTTTGTGTAGGGTTAAATGGATAAATTAAATGATGATCTCACATTAGCTCAAAATGATACAGGAAGCACTTTAAGATCAGCTTTAAAACAAATGAAGCCTTTTCTACTGCTTGTTAACGTTCTCCTAAAAAATGAACAACTGTACAGAAGAAAATGAATGCAAACTCTATATGTCAGATATTTTTGTAGCTAAAAGAAATACAGATTTATTCTACATTCAGCTCAAATATATAGCAACTAGCAGCAAAACAATCGTTTTTTTCTCAGTTATATGTTGTAGTTTCAAAACTGTTGCAATACTGAAGCTACACTCTCAAAAATAAAGGTACAAAGTCTGTCTGGGGGTTGCTTGGCAATTCATTTTATCAAACTATTAGAATTACCATATTTTTCCATAACCTACTGAAGAACAATATAGTAGTTAATAGCAGCATTGTTAACATGTTAGCAATAAACACTAAAAAACAACATGCAAATAAAAAGCCATCAGCCTTTCCGTTTTATTTTTTGCCACCCCTGGGGTGATTACGGGATGTTTTCTAAACAAATTTCAGGAGGAGCATGGTCAGTCTTTGACGAGGCTAATTCATCAAGGACAATCATTCTATTATCCAATTAGCTCAAGACCAAACCCTTATATTTAATCAAACACGTCATACCTTGGTTTCTTTTGATTTCAGCGTCCCTCCACCACCCCAGCTCCACACTATTAAAATCGATACCTACCTAAATCTGAGCAGGGGGAGCGTTCTAGAGCTGGGTTAGACACTGCGCTCGGACCCTACCTCTCTCTATCCTGATAAGGGGAATAACACAAGTTAGGGTGTCCACTCAAGCTCAGAGCTCTCTCCCCGGACAGCACACCAAATACGCATATTCTACTCAGTCAAATATCTGTGAGTGTGAAGTCATGAAGTTATATTAAAGGCACAGCAAGGGCATCAGATGCTGCAGATTGATTTTATGGCACCAGGTTGAACTTTCTGACACCTTTACAGCACCCACATACATTAAAAATAAATACAGGCCACAACTGAACATGGAACATGGAAGATGGTCTCCGAGTGGCGTTTTGCAAAATTAATAGATGAAAAGACTTGGACCTATTGGTATGTGTGTGCGCTGTTGTGTGCAAGGTCTTATATTTATAAACATCTCAAAGAATACTGGGGGTCGCGAGCCATTAGCATTGTTATTTTGGGGGTCGCTGGCTGAAAAGTGTAGGAACCCTTGATTTAAGGTACTGTGAGATACTTTTTAGGTATTCCTTTGTACTTTCAAGGTGGCTCAGTGGTTAGCACTGGTCGCTGATTCGAGTCCTGGCTGGGTCATTTGGCTTTTCTATGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCCATGTTCGCATGGGTTTCCTCTGGCTGCGCGGGTTTCCCCGACAGTCTAAAGACATACTGTACGCCATAGGTGAATTGGGTAAACTAAATTGTCAGTAGTGTATGAGTGCGTGTAAATGGGTGTGTGTTACGACTAGAAGGGCATCCGCTGCGTAAAATATTTGCTGGAGTAGTTGGCGGTTCATTAGGCTGTGGAAAACCACTGAAATAGAGAGTAGGCCAAAGAAAAAATAATGAATGTTCCTTTTAGGAACCAAAATGTACCCTTAGCCCAGATTTTGTACCTTTATTTCTAAGAGGGTGTTTTCCTCAGCAGAGGCCTGTGAGTTTATATCACATCAACATTCTGAGAATCGTATTTTAATAGTTACAATAATATATAATAAATATAGAGAATTTTATAGTGGATTTTATTTGTGTCGTTTTTGTGCGAGAAAACGAAAGAGAAAAAAGCCGGTCGATGTTAAAAGGAAATGGTTTTATGGCGTTCTCAAGGTTGATCTCTGCCAGATTAAATAATGTTGTAAGGACTGAAATTTTACCGAGCACACTTGTGAAATAATCTGATGCACTACTGTTTTTATTTTTTAAATATATATATAAAGAAGCTCCATAGGTTAATATTTGCCATTTGAGGTACAGAACTGGAATGTAGATAAGCAAGAAATATAAAAGAAGTGTATTTGGTGATGCTGTAATGATGTCTTATGTACATTCCAGTGGCCAAGATGATCTTGCTGATAATTATTTTTATAAAGAAGGGACTACATCTAAGCTGTTATTTAATCTGTTGTGTGCTTATGAATGTCAAACTGTGTGTTTGTTCCTCCTGCTGAGCTCATTCTCATAGGCAGGTGTGCCTTTTTCACTTGATGATGATTCCTTTGACGTACAAAGTTACTTTCACAAAGCTGAATAAAGTGACCTTAGCAAGTGAAGACGTCATGCGTGAATGCGGAAGAGTTGTTTGATTACTGATTATTGGTATATTGGAAAGCCAGTGATGTTGGTGTCTTTTAGCTTTGTAAATAAAGAAAGGCCAGAATCTAATAAAGTAATGCTGATTTTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000028173:ENSDART00000041319:22
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.308
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0095516=HCO3_cotransp=PD(3.7=19.0)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]