DreINT0156548 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000037363 | st5
Description
suppression of tumorigenicity 5 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-2547]
Coordinates
chr7:28217311-28222387:-
Coord C1 exon
chr7:28222318-28222387
Coord A exon
chr7:28217389-28222317
Coord C2 exon
chr7:28217311-28217388
Length
4929 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGG
5' ss Score
8.3
3' ss Seq
TCTTTTCCCCGCACCTGCAGCCG
3' ss Score
9.28
Exon sequences
Seq C1 exon
TGAGACCTTCTCTTTCATGCTCACTGGAGAAGATGGCAGTAGACGATTTGGATATTGCAGACGGCTTCTG
Seq A exon
GTGAGGGCCTTTGTCACAGTCTTACTTCTTTTGTTGGTCAAACCATATGTATACTGTATATTGCATCACACGTTGTAGTTAAAGAGCAAGTATATGGATGGAGGTTTAGGTCAGTCACTTGAGTAAGTGTTTGGTTTGCTCTTTTTTTTTTGTGCTCAAAGAGAAACAGATTCTCGTAAAGTTTCTCCTCTGGTTTAATGAGAGTTTCTCAGGAGACGAATGGAAACGCAAACCATCAAAAGATGTCATTGTGCCGTAAGATTCGCTTATAAATTTGCGTGCCTTTGGAGTTTTGCAGTGATTATTGTTCTTTGGATGTTGTGATGAGCTGCATGTTGTGGTTTTCATTTTTGTACAGTTAAAATGAACTGCTTTTTATGTACAATTAATATGTTTTGCATTTAAAGGGCACCTATTTTACCCCTTTTTCAAGATTTAATATAAGTCTTTTGGGTCTCCAGAATGTGTCTGTAAAGTTTCAGCTCAAAATACCCATCAGATTATTAATTTTACCTTTCAGAATTGGAATTTTCTGTTCTGAACACAATGTAGCTGTTGTTGGCTGTACCTTTAATGCTAGTTTTCCCCGTCCACCGATCTCCGGCTAATGTGCGTCGGATAAACAGCACAGTGACAGACATGAAGGAAGCAAATCTTACGTAACTTTTTGAGAAATAATACTACAGTAAAAACTTTCCCAATGATTATTTGATGTATTTGTTGTGGAGTTATTCAAGACCTTCTGCAACAATAAGTCACAGCGATGTCGTTACAATGTCGTTAATGTGACAGGATACATGGTAAGTCCACTGCTGTATGGATATTCGTTATGTAACGAAATAAACCTGATTTAACATCCGCAAATTGGAACTGAATCGTCTTGTTTTGTAATTGTACAGACATGTGGCTGTGGTGATAAAAACCGCTGTTAAATCCGCTGTAATTCCTTTCAAGCATGCACTGTTTTTTAATATTTTAAACTTGTAAATCTCATTCTTGATCACATTTGATGATGATTGCTGATCAAAGAGAGCTCAACAGATCTTTTAATCCTAGTTGCTTCATGCACGTCCTCTCTTGTGGATATGATTATACACGTTACTACTGAGACATGTTAATATGCGGCTGTCAACCAATTCGGTGGGCGGAGAAACTGCACTCCTACATCACGTTGTGGTGGGCCTCAATTTGGGAGAGATTTGGATCCTATTTTAACATCAGGAAATTTAAATAAAGAGACTTATTGTCTTAATATCACCCCAATATGACTTTGAACACACTATACCTGCACAAAGTTCTGTCTAAACGAACTGTTCCAAAAGATAATTTTCATCATAGGTGCCCTTTAAAGTGCATGTTAACTGTTGAGAAATTAGCTAGAAGAAGAGAAATGTGTAATTGATATGCTCTAGTAGCATATCTGCTTTATTAGACGTGGCCTTGTGTTGTTTGTATTTAGATTTAGAGTGATTCGTTATTACTTGTGGGATTTCTTTAGCTTCAATTCTCTCTCGCCTCTTCTATTTGAGCATCTGAATGGCCCAGTGGAGAGAAGTGTTGACTGTGTTCCCTGCAGGGAGGAAGTCCAGGGGCTGGCATGAGGGCGGCATTCCTGAGGATTTGAACCCAGCTCCGCATGCTTGAATTAATCATCCATTTGTAAAAAGTCAGCAGAGGAGAATTGCATACCTAATATGGACAAGAGGAATGGGGGGATTCTTTGTGCCTGTGTGCTTTTGAGAGACACTAACCTGGTTGGACTCCTAGAAAATAGCCAGACTTTCAATTGTTTAGTGGATTGCATGTGACAACTCATTTGTTTTGTGGAACTGCACCTGTGCTGTGTTTACACTGGACCTTCTGTATCCATTTTGTAGCATGCATCCATTTTAGACTGCACTATTGCGTGTGTTAAATTTCAGGTTATGAACTGAATGCTAAACGCACAGTTTATAAAATGTAGCGTGGGATGACAGTAGTTAAAAGGGGTAATTATTTTAACGATTCTGTCCCCACGTTTTGAAGAAAAGCTTTAAAAATCCATTTAAACAGCGTGAAACTATGGCTCTCATTTTAACTCACCTAAATCCCTTTGATGTGGCTTTTATGTTTTAAGCTGCAATTTGGTGAGCAGCAAAACTGAGATTTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTAATTTATTTCTACTTCTCAAAGTTTCAGTTTTAGTGATGCTTGCCAATGCTAAATAGAACATGCTTCTGTACATAATTATCACACATATCACAATGTCTGTGTACAGAGACCAATGGCTTGAAAAAGAGAGGTCTGACTTTTGTTGAGGATGGTACAGGATATTGTTTTTAAATAAATGCTGTTCTTTTTAACTTTGTATCAAATAATCTTGTTGATTAGATTTACTCAGTAAATTTAAACAATAGGACATGAACAATTTCCAATGAAACTAGCAATAAAACTAATTAAAATCTCAATATTCATTCATTTCTTCTCTTTTCGGCTTAGTCTCTTTATTAATCAGGGGTTGCCGCAGTGGAATGGACCGTCAACTTATCCAGCATATGTTTTACACAGCAGATGTCCTTTCGGTTGCATTCCAACACTGGAAAACACCCAGACTCTATGGCCAATTTTGTTCATTCAATTACCTATACCGCATGTCTGTGGACTGTGGGGGAAACAGGAGCACCCGGAGGAAACCCAAACGAACACGGGGAGAACATGCAAACTCCAATTTAACTGGCCCAGCTGGGGCTCGAGCCAGCAACTTTCTTGCTGTGAGGTGACAGTACTAATCACTAAGCCACCTTGACGCCCCCAAACAAATTTTTTTTGGTTAATTTTAAGGCATTGCTTTTTCATGTTTTGATGATGTTGATTGTCGGTTCATTCCGCTGTGGCGACCCCTGATAAATAAAGGGACTAAGCCGAAGGAAAATGAATGAATGAATGAATTAAAAATAACATTGTGTTTTTCCACTGATGAATGTCATATTGTTATGAAGGTGTTGTGACAAACACGGCAGGTGTATTCACTTTAGAGAAGAAGCGATTTAAAACAGAATAATATATCTGCTTTTTATGAGTCTGCAATGCACAATTTTTGTTAAATAATATATATTTTTTATAAAATTTTGTTTAAAAATCCTACAGCATACCAACACAATGCTTGGAATATATAGCACATGCTTCATGGGTCCATTTTGTGATGCATTTGTGTTTGCTTCTCACTCTGAATATATGAACAACCACAAAAGTTTTTTTTTTTTATTTCCTCTTTTGTGGTGTGAAACAGAAAGAAGGCATACAGCTGCAGAATAGCTGCAGAGTGTTTACATGATGACTCATTTTTCATTTTTGTTTGAACTGTCACTTTATGCACCAAAAAAGCTCCATCAGAATGATTTCTGAAGGATTATGTGACACTGGAGTAATAGCTGCTGAAAATGTAGCTTTGCCATCACAGGAGTAAATGACAGCATTAAATTAGGTTCTACAAATCACTTAACCTAAAGGTAACACTTTACCTGATGGCGGTGTTCATACAGTATGACTGTCATGACACCTTTGTAATCATGATATGACATGCAAATGAAGGAGAGTTTATCCACGTGATTTTATCATTTATGTCATTTTAAATGCAAAGGTGAGATTATATGAGATGCATTCGTTATGACAACTTGACATAAACAATGATATCACAAACTGCCTTTGTCTTTGTCACTTGATATTACTAAGACAGCATAACTTGTCATAAATCTGTCATAAACATGATGGCCATGATGCCTTTGTAACTATCATGAATATTTTTCTGATCATGTGTTCAATGAAACAAAATGAAATTATTATTAAAATTTCTCATTAAAAATGTTAATACTCCAAACGCACCTACCAAACGCAATGCTGCAGTGTTTTGTGGTACCGCACAAAAAGGTCTAATACAAGAAAGACATGACCAACAAGGGGCAGCTATGTAACATAGGCTACATTTACACTTCAGGTAATTGTGGCCCAAAGCTGATTTTTTTTCTTGCCCATATGTATGGAATATGGAATCCATATGGTATCTCATCTTTTCAATTCTAATTTGTGCCACTTTCATATGTGGTATTAAATCAGATAAAAAGCTGATGTGTTGCAATCCGACAGCAGTGTGAATGGTTATGAGGAATTAATGTGACTTTTACATCATTTTACAGCACACAGGGCAAATACTTTACCAAAAATTAAGGTTGTTCATTTTGAGTATTTTTTTATAACCCCCGAAAAACACACTGACTGGTTTGTTGTCTTGGTAAAGTCAAGTTGTTATAAAGATCTCAAAAAATGACCGTTTTAAAAGGACAACTGAGCTAATGAAACTTGACAGTTTCGATAAGCATGCATAAAATCTCAATTATCTGTGTATATGTTATGTCATGATTATGAACAGTTCATAACTCTTATGACCACCCCCTTTCAAGTGAAGTGTTGCCGACTTTTTCAAAATTATTATAAAGCTTTTGAACAGTAGTGTGACTTTGTGTCTGCTAGGTGATAAAACATAAAATAATTACAAATTCAAGTTATGCTAAGAGACCAAAGTCATATCTAGTAATCAGAATATCTATTTGGCTGTTGTCCACACAAACCCCCCAAAAATTGCATGCAGTAGCAAAACTATAAAAAGCGCTTGACTATATAGAAATAACCCAGCATTGTGGCGTCAACTTTTTGCACATGCAAGCACCACAAAAAAACTTTGGTTTCTACTCAATTTCACCTTTCACAGATGTGATTTAGTACCACATACATCTTGCTGAAATCACCTGGATACTTTCATATGCTGCGTAGCCTCCAGTTACTTCATGTGTGTGATTTAATTGCTTGTGTAATCTTTTCCCCGCACCTGCAG
Seq C2 exon
CCGAGTGGGAAAGGGCCTCGCCTTCCTGAAGTCTATTGTGTCATCAGTCGACTGGGCTGTTTCAACCTGTTTTCCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000037363:ENSDART00000133050:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0345613=uDENN=FE(32.9=100)
A:
NA
C2:
PF0214116=DENN=PU(10.3=73.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]