DreINT0160139 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000077073 | tanc1a
Description
tetratricopeptide repeat, ankyrin repeat and coiled-coil containing 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-130530-819]
Coordinates
chr6:11818139-11822408:-
Coord C1 exon
chr6:11822327-11822408
Coord A exon
chr6:11818273-11822326
Coord C2 exon
chr6:11818139-11818272
Length
4054 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTTGT
5' ss Score
7.44
3' ss Seq
AACATGCACATCTTCCTCAGCTC
3' ss Score
4.28
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGTAAAAAAGATGCTGGCGTTGAACAATGATGAGTTTTCAGTGCAGATTGATGGTCATGATACGTTGTGGGGTGAAACAG
Seq A exon
GTTTGTTAATACACAACATTGCACTGCATTTAGTTAGTTTGTTTATTTGACAACACAGTAAATAAATGACCTGTAAAAGATTTATCATTAAATGCAGTATTGTTTTATAAGTACAGTTTGAATATTATGAATGTGGGAAGGATGAATGGAATCCTCATATACTACAACTCTCCAAAGGCTTTGTGGGACAGTAAAGTGTCCATCAAACGCACACACACAAGAATCTCCAGAATGCTGCAAAAGAATACTGTTTTTGTCATATGGGATTTGTGGTAACAATTCATTTGAAGGAGGCGTTGATGACTGTAATGACACCTTTATAATTATGATGTTAGAACAACCATCTCCACGCCAGATAAATAAGATCCAGCCACGGACAGCAAATCTTGTCAGGAAATGTCAGTTTCTCTTGGAATCTGGACAACAAGTCAGCAGTTTCAATACCAAAACCTGTTAACCAGTATTCAACTGAATTAACAGTCCTCCATCAATATAGGAGTTGACTGAGAAAGCCAGAGAGAAGCAGAAGCAGGTTAAAGTCATGATGATAAAGAAAGAGCAGAGTTTATTGAATATTCTTAGTTGCGTATGATTTAATGCTCAGACTTCGTCTGACCAGGATAAATCTAACAAGTGCACTGTAAAACTCAACAGTCAACTTTGCCAAATGAAATGAGTGTAGTTAACTCAAAATTGACAAAGTTAATTCTACTCATTTGAAAAGAGTTTTAAACTCCGTGTTAAAGGTAATGAGTTAATTAAATAAATACCTTATTGCTTCAACTTAAATGGAGTAAGTGGAGTAAGTTCACAGTACTCATAAAGATTAGGGTTTTTTTTACTCAAATGTTTTGTTGCAATCGGTTTCCTCAAATGGTTTGAGTTGCCTTACCTTATTGGGTTTTACTCAGTTGTCTTCATTTGTTGGGTTTTACTGTGCTCGAATTGCTTCTTTTACTTAAATGGATTAAGTTCACAGTACTCATTTGGATTAGTTTTTGAACTTGAATGGTTTGTTCCAATCGGTTTCCCCTAAATGTTACCTTAAATTTTGGGGTTTTTAATGTGTGTTAATATACCACATGCAACAGCAATGGAAAATTACTGCTTCACAACATTGTCCAGAGAGAATACAGAGCTTGAAATGAAGACATTTTCTTATCTCTAACTCATGAAAACAAGTGTCGCTTGAATCCACATTCTTAAGATTATAACAATATGGAAAAATGAAATAATAACGAAGCAATAATTATAGAAAAAAAATAATAATAAAATATAAAACATAATAAAATGACAAATAATAATCAAATCATTAACTAATGATCAATAAAATAATATAATGATAATTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGACTAATGATCATATGATTTAATGAAATGAAGAATTAATTAATAAAACTAAATGAAAATAAAACGCAACACAAATAAATGGTTGATTTCTTAAACAACACACATATATAGGTTTGCTGCAAGAATTCTCAGATTCATAGTTAGATTCTTCATTGACATGACGCATGTAATAAGTATGAGGGACATCTTCATAATTATGCTTATGACAACTGTCATTAAGTGTCATTCACTCAGTTATGTTCTTTGAAATGCAATGATAACATTGTTTAAGGTGTCTCTGCCAAGACTACTTGACATAACACAAATATTTACAAATTTAGGAGGATTGAACCTAAAACAATTAACTTGTCTCCCAAAAAAGACTTAGTATTTGTGTTGTTTTAACTCGTTTTAAATAGTTTGAACAAGCAGCAAAAGTATTTTTTGAGTATTTGTCATGACAACTTGACATTACCAAGACAGGATAACTTGTAATGAATTTGTCATAAACATGAATGTCACATACCTGTCAACTCTCCCTTTTTCTTGGGATTCTCCCGTATTTTATAGTTCTATCCCACTAATATCCCATAAAGGTGTTTTTCTGCAATTCTCCCATATTTTTAATCTTTCTATGAAGGGTTGTAATAAACATTAAAGGCCTGATCCTCCCTATACACAGCCCATATGTCTTGAGGCTATTATAATTGTATAATGAATAACAATCTGGTTACTTTTTTTTTAGAGGGACAAATTGAATTTGTGGTTAATTCTGCTCAGTCAAAGTGTCAAATAATTTTTACCACTGTAATTGAGGTCAAGAAAAATAGTAGTGATGTGGTTCATAAAATTCATGACAATTGTAATAGCCTTATGACTAGGAATGCAACGATTATAGATTTTGGTTGTACAATAATAGTCTGAGGAATAATAACCCTGCATTGTGCATAATGCATTCATTCATTTCAAAACACTAGTTTAGAAAATCCCATGATAACGCTTTATATTTTAAAGTGTTATTATTGCTGCTCAGTAACCAAATAATACAACACAAAATAATAGTAAAAAACAAACAATAGTCCATTTCTCTTTGGACTTAAAAATAAGTGAAAAAGTTTTGTACATTTAAACAAAAGTAATTTTACACTGAAAATAAATGACAGAACAATGAATAATTAAATAAAAATAAGAATAAATAAAAATCTTTTTTTTTTGTCTAATGTAAATCTATTTTAAGTATTTAATCATGTAAATGGAAGTATTTCCTTTTTAAAGAGAACATATGTAGTCAAAGGCTGCAGAACCTGTCTTCACTGTAAAAAAAATGCTTGGTTCCACACAATTCCTTCATGTTGTCTCAACACTAATTGAATAAATCAAATTAAATAAAACATTTAAGTTATTCTAAAAAACATAAGATTTGTGTTGTTTGAACTCATTTTAAATAAGTAGTTTGAACAAGCAGCAGAAGTCATTTTTTGAGTGTTTGTCATGGCAACTTGATATTACCAAGACAGGATAACTTGTCATAAATCTGTCATGAACATGAATGTCATGAGGCTATTGTAATTGTATAATGAATAATAACCTATTTACATTTTTCAAAGGGACAAACTGAATTTGTGATTAAATCTGCTAAGTAAAAGTGCTAAATAAGTTTATAACAGTGTCATTAAATTTCCATTTTTACCACTGTAGTTGAGGTCAAGAAAAAATAGTAGTGATGCTTTTTATGAAATTCATGACAATTATAATAGCCTTATGATTAGGGATGCGATTATAGATTTTGGTTGTACGATTATAGTCTGAGGCATAATCATCATTATTATCCATTTATTCATTTCAAAACAGTAGTTTAAAAAATCCCATGATAACTCCTTATATTTTAAAGTGTTATTATTGCAGCTTAGTAACCAAATAATACAACACAAATACAACACAAAATAATAATAAAACAAACAATAGTCCATTTCTCTTTGGTAAAGTAAAAAAAAAAAAGAGTTTTCGACATTTAAACACAAGTAATTTTACACTGAAAATAAGTGACTGAACAATAATAAATAAATAAAAATAAGAATAAATAAAAACTTTTTGTCTGTTTAATGTAAATCTATTGTAAGTATTTAATCATGTAAATGTAAATATTTTCCTTTAAAGAGAACATATGTAGCCTCAGTGTACAAGCTCGGAACTTCAAACTAGCGCACAGTCGGCACAGCTTTGTTTAGTTACAGCAGTTGTGTTCCATGTAGAAACGCGGTGTTAAGAAGCCTTAACGATTAATTAACCGTGATGAATTAAAGCACGGTTAATATTTAAAACGGTTAATTGTTGCATCCCCACTAATGACAATCATGTTTATGACAGATTTATGACAAGTTATGTTGTCTCGATAATGTCAAGTTGTCATAAAGAAGAAAAAGAAAGGTTATGATGTATTGGTTATGTCAAGTTGTTGTTACAAAGACATCTCTTTACCTTTGCATTTAAAATGACATAACTAAGCGAATGACACTTACAGTAATGACAGTTGTCATAAGCATGCATAAAATCTCATTCACATGTTACCATTTAAAGTAAAAGTGTTACTGAGTTTGTCACATGGTATTTTGCCAACTATATAATTTGGATGCAGTGACAGCTTCCCATGTTGACAGGCGTTAACATGCACATCTTCCTCAG
Seq C2 exon
CTCTAACAGCTGCTGCTGGACGGGGCAAACAGGAGGGCTGTGTGTTCCTGCTGGATCAAGGTGCCATTGTAACACAGCCAAACCGCAGAGGGGTTGCACCCATCTTTAATGCAGTGCGACATGGACACACACAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000077073:ENSDART00000155090:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.022
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF136371=Ank_4=FE(42.2=100)
A:
NA
C2:
PF136371=Ank_4=PD(26.6=37.8),PF127962=Ank_2=PU(10.8=22.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]