Special

HsaINT0163610 @ hg38

Intron Retention

Gene
Description
tetratricopeptide repeat, ankyrin repeat and coiled-coil containing 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29364]
Coordinates
chr2:159198975-159217630:+
Coord C1 exon
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Length
18443 bp
Sequences
Splice sites
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Exon sequences
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Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
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Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.095 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF127962=Ank_2=FE(24.8=100)
A:
NA
C2:
PF127962=Ank_2=PD(25.7=60.0),PF127962=Ank_2=PU(10.8=22.2)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Chicken
(galGal3)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains