DreINT0160175 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000079097 | tanc2a
Description
tetratricopeptide repeat, ankyrin repeat and coiled-coil containing 2a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060130-180]
Coordinates
chr3:22595281-22630368:+
Coord C1 exon
chr3:22595281-22595463
Coord A exon
chr3:22595464-22630219
Coord C2 exon
chr3:22630220-22630368
Length
34756 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACA
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
TCTGTGTTATTCTCTTACAGGGG
3' ss Score
11.38
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGGATGAAGGGCAGAATTTGGGTCCTCCTCCTTCTGTAGACGAGGCTGCAAACACACTGATGACGCGACTGGGGTTCCTGCTGGGGGATAAAGTGAATGAAGGGCCTGCTGGAGCACAATACACCATGGAGGAGCAAGATGACCCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000079097:ENSDART00000112270:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.758 A=NA C2=0.740
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]