GgaINT1000126 @ galGal4
Intron Retention
Description
NA
Coordinates
chr27:2526387-2552152:+
Coord C1 exon
chr27:2526387-2526455
Coord A exon
chr27:2526456-2552003
Coord C2 exon
chr27:2552004-2552152
Length
25548 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGC
5' ss Score
9.55
3' ss Seq
TTATTTCTCTCCCTCCTCAGGTG
3' ss Score
12.6
Exon sequences
Seq C1 exon
GCACCTCCACAGAGAACGACTGTGCTTTCGAAGCAGACTACGCCATCCCGCCGCTCCCCGTGACCGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGACGCTGAGCAGGAGCTGGGACCCCCTCCATCCGTAGATGAGGCAGCAAATACACTCATGACTCGCCTGGGCTTCCTCCTGGGGGAGAAAGTCACGGAGGTACAGCCAGGGCCCCAGTACAGCATGGAGGTGCAGGACGAGAACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000000478:ENSGALT00000000648:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]