MmuINT1032711 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000053580 | Tanc2
Description
tetratricopeptide repeat, ankyrin repeat and coiled-coil containing 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2444121]
Coordinates
chr11:105713382-105776954:+
Coord C1 exon
chr11:105713382-105713453
Coord A exon
chr11:105713454-105776805
Coord C2 exon
chr11:105776806-105776954
Length
63352 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGC
5' ss Score
9.55
3' ss Seq
TTGCTGTCTTCCTGCTCCAGGTG
3' ss Score
11.33
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGATGTTGAACAAGAACTTGGCCCACCTCCATCTGTAGATGAGGCAGCAAACACACTCATGACTCGTCTGGGTTTCCTCCTTGGAGAGAAAGTCACAGAAGTACAACCAAGTGACCAATATAGCATGGAGGTACAGGATGAAAATCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000053580:ENSMUST00000100330:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.971 A=NA C2=0.896
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types