DreINT0161363 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000105142 | tcirg1b
Description
T-cell, immune regulator 1, ATPase, H+ transporting, lysosomal V0 subunit A3b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-2022]
Coordinates
chr14:16471655-16483182:-
Coord C1 exon
chr14:16483011-16483182
Coord A exon
chr14:16472479-16483010
Coord C2 exon
chr14:16471655-16472478
Length
10532 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGA
5' ss Score
7.54
3' ss Seq
TTTCTCTCTCTGTTTTGCAGGGT
3' ss Score
12.11
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTTATCCGAGGTGCTGTGGACGATGGTAATGCGACAATCCTTCGGTCAGCTCAGTTATGTGGGCTCAGTCATGGCGGCGCTTGTTTTTGTTGGCTTTGCTGTGTTAACCGTGTCTATCCTGCTCGTCATGGAAGGGCTGTCTGCTTTTCTACATGCACTTCGACTTCACTG
Seq A exon
GTGAGAGAAACATGTGTCCACATACACACAGAAATCATCTTTTAGATATCAACACTGAGTCTTGCCTACTTACTGCAACCCAGCCTTCCCCTTATATATGTCCTAACCAGGGTTTTACATTAACTGTTTTAATCACTGGCCACTATGGCTAGTAGTTTTCCAATGTTACTAGCCACTCTACATTTTCACTAGCCACCATTTTGTTGTTAGGGAAATATATTTTATATGCATAAATTTGACATTGACTTGCTAAAATTACTTGATTTAAATTTTTTGTTATGTCCACATGCGTCCTTATTCATTTAGCTTTTTGTGTGTCGAGTATGAGCTTGCTCAATGAGCATGAGCAAATGGGTCATGGTTTCATAGTATTATATTGCAATAATTTTTTATTTCACATAACTTTTTTAGAGCACAAAATTAACAATTTACCAAATTTATCTCTATAACCACACTAAACAATAATTATTCCTTAGCCACAAATTTTTAATGTGTCAAAACAAGCAAAATATAGCTGTATACTATGCTTTTTATTTAACAAAACATTTCTTCAAAAAGAAAGAAAAGCAATTGACTTTTAAAAAAATAACTATTGTCATGTATCAAAAATAAGCACAGTAATCTGTCCTGGCTAAAGAATTCTCAGATCACCAGTAACTGCACATAAATGTAGAGTTCATCTCCCATTAAAGCAATGTTGTAAAAAAAAATAATAATAATAATTAAGCCATTTTAACAAAAATAAAAGCAAATAAAAGCGTAAGCGTAAAAGCGTAAGCGTAATTTAATAATCAGTTTAAAGTGAAAGTAACCGGTGCTGCTTACAAAAAGACAACTATTGAGCTCTTAAAAGCATCTGGACTGTGAGTGCATTCATCACTTTTTGTCTAGTTTATTTGAAAGAGAACTGATGACAGTTGCGTTTCCAGAACCTGTTCCAGACACTGTTGCTTCACGATTTGGGAGCGCGCACTCGTTCAGCAGTCGCGCGCACGTGTTTTAAGAAGTCGCGGTCATCACATCAGCTGTTAGCATGATGATCATCATCCACTCATTCGATATTCACTTGCTGTTTTTTCTGCTCGCGTGATCACAATTATTTTACATTTCGATTCTAAGATCACATTTGCACGCATATTGGGTCATCCTTATATTGTCGAACCCTGCTTTAGGAAAACTACAATTTAAAAATTATTTTCAACCAGCCAAAGTGGCCAGTGGGATTTTCTTTCTAACCCGCCAAAGCTGAAATCTACCCGCATTTGGCGGGTTGGCGAGTGTTAATGTAAAGCCCTGGTCCTGTGGTGGTTTTCTTGGTTTTTCTCTTACTAAATCAAACTCAGTCTGGAGGTTATGAATATCAGAAGAATATACTTTATTGTCGACAACAAAGGAGAACTTTCAGGAGACCCCCAGTAGCATCTCTGTCTGAAAAATTCTGCCTCCCTAATCTCCTGGCCTGTTTAAATACACTTTGACAACAATTATTTTCCTTTGTTCTCCATACATTACACAAGATCCCTCCCCTAACCCCAAATTCCACCTCTGACATCTGTTTCCTGAGACACCTCAGGCTCTTTTACCACTCTCTTTTCATCCCTTCTTTTATGACCCCTAGTTGTTTCCTCAAGCCATTTCCCATGTCCAATTGTTTTAATGGTATGCAAGTCTACAAGCAGATTATACACATATAACCTGAATATATAGATTAACTTCACACTCCAAAGAGCACAAAATCCACCTCATATAATCCCTCCTCTTAAGACTTTAAGTCTTAATAATCTTGCTTTTGGCCCATAGTGCAACTCTATGACCTAGCCCTCAGTTATACTACCTAATGACAAATATATGTCACAGTATTATTACAAATGACCAAATCATGTAATTGCACTTTGGAATAAAATCGAGCCAAACTTCTGCGCCCACTATTGACGAGGATACAGTAAAAGACTCGATTCTATTTTGTTGTTATCATAAAAGGTATTGTTTTAAGCATACAGGTGGTTATACTTTGCTTCTGGGGGTCATGGTTATTTAACACACAGTAAAAAATAAAATTAAAATATTAAAATAAAAAATAAACATAACATAACCCAATCTCTCAATATATGGTCACAACACACTATTCTAATCTAACATCCACAAACATAATCCGTAGAGTATGTTGATCTTCAGCCCAGATACTTTGCGTATCGTAGAGAGCCGCCGTTTTGGGGTAGAGGTTACTAGCACTTAACACCCAAGGCATGGATCCTCTTCATCATCCTCTTCTTTATCTAAACTATAAAAATTTTTAGCACTAGTTCATCTTTTTGAACCTAAATCTGGCACATACTTGCGAGCATTCTTTGTTTCGTTCTAGCCTTAAAAAGTGTTGCTAAAGACTTTATGTTGAGAGTCTATAACCTGAAGTTGTGGTGATTATCATCACTTGAATTTGTGGCACCTTCAGTATTTCTCACTCAGGTATATAATCAGAATTACTCTTTTAACTGTTCTGATGAACTGCTTCTGTCACACTTTGCAATTCGTTGGTTTGAGCTTTGGGATTTTCTGCCTCCTCTGTTTCCCGTTAGCTTTCTCTTGCTGGAGTGTTTTTCCTTTGGCTGTCTTGTGCTGTGGTCCAGATGGTATCCAGTTGATGGCATCCCCTTTGGTAACCTTGGCATAAGATCCATTTCTCCTGATTTCACTCCACTTTCTCCAGAAAACCTCAGATATTCTCGATCACCGGATTAATCTCCTTCTTCTGGTCCTTTCTGGTTTCCTGTACAGATATCACTTTGCACATAGCAGTTAGTTTCCTCATAAAAGACCAAACTTCTTTCCAATGCATTCGAAATGTTCTCCAAACATTCCAAACGGTTATATGCGAAGTTATTTGCGAGATTACATGCAAGGGTCGACCCAATAATACTTCATGCAATGTTAGTTGTTTGTTTCTGTCAGTTTTCATGCAATCACTTATTAATGCAAAAGGTATATTATTTTAACACATCTTGTTAAACTAGGCCTTGATGAATCATCTTTAGCTCTTTCAATTATTCCTAACAATTATGTGTAATTGCTTAATTTTTTTTTCAATTTCCAATACTTTATCAATACATTTACTTATCTATTCACTGAATCACATACCCACTTATTTATCTACTTAATTACCTTTATTCACTTTAATTGACTTTAATTACTCTAATTTATTTTTAAATGGAGACACATTAAACTTATTTCTGAAGATATTGCAAATCTGAGACTTCTCTTGTCTTAAATGTAATAACTGTTCCTTCTTTCCTGCTCTGCTAATGGAATTACCTTCACTCATCTACCACAACTGCCATGCCCAAAAACTTGTATCTCTTGCCCTAAATTAATTTTATCATTTCACAACATCCACTATGAAGTTCTTGAATAACCCATTAGATCTATTGTTGTTCCTCTATTCACATTCTACTTTGCACAAATGTCACATGTGGACAACAATTCAATAATTACTGCATTTAAAATGGATAATTTTTTCAAATCATTTTGCTTGCTGCTTAATTTTCCTTATCACTTCACCCTTGATTCAAACCATGTACATCGCCAATGACAATATCTAGAAATGCTATTGTATCAACAATCTGTACTTCCTATTATAAAAATCATACCTATCTTTTTGGCTTCCCTTTGATGCTATACATATTGTTCATAAAGACTTGTATGTTATTTAATTTGCACTATCATCTAATTGAGGTTGTGACTCTATACTAGTGTTAGACCTGCTACCTTATTTTCTTTAATGTAAAATCAATTTCTTATTTATCATCTTAACAATTATTATTGCATCTAGAATAAATACAGAATCTTGTTAACACTAAACCCGTCATCCCTAAAAAGTTTTATTTATGTCTTTTACTTAGCTTGAGCTAGATGTACTTGCAGATAACTAAATCCTACACGTTACAATATTCATCGCAAAATATTCTAAATCCTTTTATGCATTCTAATCTATGTATGTATATCCGCCTATTTACTTTAATTGTAACCAAGTGTCTACCCTCCTCTGTTAATTACCTAAACAGAAATCAATTAATTACTTTAACATTTTTGGCATCCAAACTAACAAATTTAAGTACAGTGCGTGTTAGGAACCTCTGCTAAGAAATTCACTGACTGTTCTTAAATCATAAATTTTACAACCTCTACTTTTGTCTGTTTTGATTAACGCCATGATCAAACTTTAAATTTTAATCAAATTAAAATAAAATCCATTGTATTAGTTACCTACACAATCACAACCAAATTAGAAATGCCATAACATATTTAAATGTTTCTAATATTGCTATGTTCTCAAAAGTTTCAATAATGCCTATTCCAGCATATAACAGACCTGCATCTGGTTTAATTTTTTATTAATCCTCCCTATGCCGGCTAATTTTGTCTACCTCTAATGTCCTGAACGTTAATCATTATTAAAATTTGACATTTACCTAAATAATTTCTTATTTTGCATTTTATATTAATTAACATTTTTCACTTTTCAGCATTTTCAGCTCCTAATTCCTTCCTGTTCTCACATCAAACTGGTTATTCATAAACTTTTTGTTGTAATTTTCTACAAGTTGACTGAAAAATCACTGGATTTCTTTATAGGTTCCTCTCTATCTGATCTGATTTTTCTCCTTTAGTCCTTAATTCTTTTTTGCTTTTAATTATTTCTTCACATTTGTAAAACAACCTATTTTCTGTTTTTAAACACTTTTCTCTTTCAAATATTATTTTAGTACATTTAGAATTGTTACTTTTTGGCTTATTCAGTACTGTGAGTTCATTTTACTTTTTTTGTGTTTCTATTTCTTCTTTAAATCACTTTTCTGTCTTAATCTCTGACATAATTTTTCTCCCAAATCTAAGTTTAGTTTACTCAAAATAAGTTTTCCCTAATTTTAACTTAAATACTTAACTCCATCAACTTCTAACCCAAATTATTATTTTTTTTAGTTATCAAAAACTGTCTTTTATTA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Seq C2 exon
GGTGGAGTTTCAGAATAAATTTTACAGTGGAACAGGGTACAAGCTCACTCCGTTTGACTTCTCATTCGGTGCTTTCTCTACAAAGTGACCTTCAGTATGAACCAATGGTCTTAGAATGGAAAAAAAAGAAGAGTTATGGAGTTATTTTGCTGGGGGCACAAATCGCATTTTAAAATGTATCATTCAAGGATCTTTCATTTTTTATACTTTATTTTGACCACCACTATACAAAAAAACTGTACCTGAAAATTTGAATGTGAAAAGCTTTGTTATGAATTCACATACATATCTTTAAAATGTTTAAGTACTTGATACGTGCCACATAGAGTCTTTTAGTTGAATGATTTTATTAATTAAGTTGAATGATTTGGTTAAGGTCTTGAGCCCAAAAAAAATAAAGTTCTTTTAACTCTCCATAATCAGATGTGTTTACTGTATAACCACTGATCCATTATGACATCAACTATATAATTATAGTTTGGGCTGCAAGTTCAAGCAGTATTTTACAATTCTAAAAATAATTCAGCACTTATGCGATAGTAAAAGTATTTGTAAAACGCGATGTTTAGTTACACACATGACTCCCAACTTAAAATCCGGTTTAAACTTTTTCAGCTTGTTAATCACTAGCATGTTCAAAATGTCTTGATTTATAGCATTATTCAAAGGGAATGATTATGTTTGTGATTGTTTTGTTGCTTTTTTTATTGCAATAATATTTTGTTTTCATTTTGGAGCTGATTCACAAAGTCCTGCGTGTCAAGCCTTACAGTGATGCTCGCTGATCAATAAAGACCAAAGTCTCTCAATACAGAAAAGGCCAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000105142:ENSDART00000170758:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.054
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0149614=V_ATPase_I=FE(7.4=100)
A:
NA
C2:
PF0149614=V_ATPase_I=PD(2.7=70.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]