DreINT0162534 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000017494 | tgfbr1a
Description
transforming growth factor, beta receptor 1 a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-051120-75]
Coordinates
chr2:24221134-24224896:-
Coord C1 exon
chr2:24224657-24224896
Coord A exon
chr2:24221365-24224656
Coord C2 exon
chr2:24221134-24221364
Length
3292 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACTG
5' ss Score
9.04
3' ss Seq
TTTTTTCTTGTGGTCTTCAGGTT
3' ss Score
10.73
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTTGCCTGAAGCTGAACCCCAGTCTATGAGTCCCATAGCCTTGGCCGCAATGATTGCTGTCCCCATCTGTGTGCTGAGCTTTGTGCTGGTGCTGCTTTTCTACATGTGCCATAATCGCTCAATCATCCACCATCGTGTGCCAAGTGAAGAAGACCCTACTATGGACCACCCATTCCTTGCTGATGGCACCACACTTAAGGACCTCATCTATGACATGACCACCTCTGGATCAGGCTCAG
Seq A exon
GTACTGTATATTACAGCTTAGACTTTTATAATCTTACTAAAAATTAGCCTTTTTTCTATTTAAACATTTTTCCCACACATTATGTTTAAATTAGAGATGTGGGATATTGGAAACTAAATTGTGTTCCATAGCACTAATTTGCAATGCAATATTTCACTCTTTGTGCCAGAACCTTGGCTGGTTTGAATCTGTGATGTATTAATAAATCTACACTGCCTGACAAAAGTCTTGTTGCCTATGCAAGTTTTTGGAACAACAAATAATAACTTGACTTCTAGTTGATGATTTGGTATCAGAGGTGGCTTATATGACAGGCAAAGGCCTCTACATTGTTAATATTTTACCAAAATAAAATATGATCACGCCATGATTCTTAATTATTTAATCAGGACAGTAAGGTCTGACTGTGCTAAGACAAAAGTCTTGTCACTTAACAGAAATAATGCACAGTATAGAATATAAAGTCATGGTGCAGTGGAAAAAGAATTCATATTGTGTATGACTCACAATATTAATGAGCAAGGAGGACTGCATCCATACATCTCTGCAATGACTCAAATAACTTATTAATAAAGTCATCTGGAATGGCAAAGAAAGCGTTCTTGCAGGCGTTCTTGCCTCGTCCTTCATCTTACCCCAGACAGGCACAATAATATTCATGTGTGGTGACTGGGCTGGCCAATCCTGGAGCACCTTGACCTTTTTTGCTTTTAGGAACTTTGATGCGGAGGCTGAAGTATGAGAAGGAGCGCTATCCTGCTGAAGAAATTTCCCTCTTTTGAGTTTGTATTGCAATGGGCAGTACAAATGTCTTGATACCTCAGGCTGTTGATGTTGCCAACAGATGATTCATCAGAAAAATCTACCTTCTGCCACTTTTCCAAATGATCAACTAGAAGTCAAATTATTATTTGTGACAATTACAACTGCAATCGACGGCAAGACTTTTGCAGGGCAGTGTATTAAATATGAAACTAAAACCACCAGTAGACACCATCATTCATCCAAACTATTCATTTAAAACGGCTGATTCTTTAGAAATGAGACAAGTGACAGTCTTAAAAGATTGTGTAATTAAGCTATTTTCCCAAATCATTTCTATTCAAAACTGATTAATTTAGGACTGAAACTGCTGTGTTCTGAGACACAAATTGAAATCTTTATTTTAAGAGGCAGTATAAAATTTAAGAACAATTAAAATGAATATTTTATTAGTCTATAAATATAACACATTCCAACTAGGGGTGCAACAATTCAATCCACACACGGTTTGGTATGTATCACGGTTTTAGGGTCACAGTTTCGGTATGATACGGTTTGTGCTATGCTTAGAAAAAAATGTCTACAGGTCAATTCAAAGAACAATAAGTGAAGTTTCATAAGCTAATTTCGAGAGGAGCACGTGATATGATTGAGCACTGCTGGCCAATCATCTGTAATCAGCAACAATCCAATCAGAGTGATCCTAGCTTACTATAAATGGATAATTTTCTCCTCACTGCTCTATCTTCGTATTGGAAGAATCCCCCCTTCCACCCCATCTCCTCCTTTTCCCCCCTTTTTCTAAGGGGGAAGCTATCTAGACCTACCTGATCTCGGATCCCCTGATATGCTTATTGACCAGGCGGGAGCCCTGGACTCAAATATCTCCGAGCTCAGGGTTCTCTCCTGGGACAACATGCCAAAAAATCTTTAAATGCTAAGCATATCTAAGTGGGAACTCTTGAAACATAATTATTGGGTAACAAACACCTGACAATGCAACAGCTCACACAAATGAAAAAAAAAAAATAATAATAATTTTAATAAAATAAAATTAATTAATTAAACATTTAAAATAAATGATTTTAATTAAAAGTAGGGCATTTTGAAAATTGTATGTTCAAATAAATTGCCTGATAAAAAATAAAGAGAAAAACATCTCAACTTAACAGTTTCAACCAATTATGCAGAAAATAATTGTCAATACATCTTAATAATTGAACAATAATTGATTACCTCTGTTTACATTATGCTTGCATTACCAAGGCAGCAACAAACTTTTATTTATGATTTCTATATAATTGTGTTACCAGATTGTTATGATTCAGCGTTCGGAAAACTAAAAACTGTGCTTAGCAGACAGCGGGTAAACAGAGTGAATAGCGGGTGTGATCAGGTGTGATCACCTCTTAGTATGTAAACAACAGATTTACATACTAAGAGGTGATTGGACAGGCCTTCACACGTGCTATGTATGTGGAAGGTATTCGGAAGTGTACAATGGCGGAAATGCTTTTTTTGCAGTTGTTTTATTAACAAACCAATATTAATAATGCATATATTCAGAACTGCGGATCACAGGGCACACCAAACCGTGGGAGGACAACGGGAAAATATGTTTTTTTTTACAGAGAACCACTGCATCCCTAATTCAAACTGCAAATCCCAATTTTTTTTGTGGAAGGGGATTGTGTTGTTTTTATGTGTCTCTCTTTAAATGCAAATGAGCTGCTGCCACCTGCTACTTTCTTTAAAAGGAACAACAAAACAAAAACTCTTATCTTTTTATTGGCATTTGCCTGTTAAGAGATTTGTAAATTGATGGATATTGTAGCATTCCCAGATGCAAACAATCAAGGCGTTAAAAGGAGTTCAGAAAAGCTGTTTACGGATTACTCTCTTTGGAGTAATATTAGTCCCTTTGCTTTGTAACTTTGCACATAATTTTCATGCACAAACAGCATATTTCCGCACTTAAGAAAGTAAAAAAAAACATAATTATTCCCATTTGATATGCAAAGATCCCATCAACTCATCAAATCCTTTTTAATTTGCTTGTATTTGCTAGTTGTTTTCCCTGTAAACCCAATCATAAATCCCAAAGTGCGCTCAGGCCAATTTAATTTCCATAACTTTGCCTTCAGTGCCCGTTGGGAACAATTGAGGATGTGTAAATCAACAGTTTATTGCTTCCAGTGTGTTCGGAGCCTCACTCCAAGTTGAATTCATTGTAGGTTTTTCTTTAGTCCAGAAGCTCTTTTGTCTAAGCCAAGGAACGCTAAATTTGGCAGTGCCTTTGATCGAATGTTTGTTTTTCAGCTCCTTTAAGCAGGACTGTCACAATCTCCTATCAAAAATTGTGCATAAATTTGAAGATTTGGCTTGTTTGCGTGGCTCTCTTATGCTCTGCTGGCAGATATTGTAACTACACTTTTTTGAGGACAAAATGCATCTTTATAATTATAACTAAATATAAATTAGAACAAACACAGTGAGCTTGAGTGGAGTATTTTTTTCTTGTGGTCTTCAG
Seq C2 exon
GTTTGCCTCTGCTAGTGCAACGGACCATCGCCAGGACCATCATCCTCCAAGAGAGCATTGGGAAGGGCCGTTTTGGAGAGGTGTGGAGAGGCCGCTGGCGTGGAGAGGAGGTGGCGGTGAAGATATTCTCCTCCAGAGAGGAGCGCTCTTGGTTCCGCGAGGCAGAAATCTACCAGACTGTCATGCTCCGTCATGAGAACATCCTGGGCTTTATTGCTGCAGACAACAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000017494:ENSDART00000121885:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.148 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF146101=DUF4448=PD(75.9=54.3),PF085157=TGF_beta_GS=PU(58.6=21.0)
A:
NA
C2:
PF085157=TGF_beta_GS=PD(37.9=14.1),PF0006920=Pkinase=PU(22.2=82.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]