GgaINT0096414 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012617 | Q06900_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr2:57079962-57087559:+
Coord C1 exon
chr2:57079962-57080204
Coord A exon
chr2:57080205-57087328
Coord C2 exon
chr2:57087329-57087559
Length
7124 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATG
5' ss Score
9.43
3' ss Seq
ATGTTAAATCTTCTTTTTAGGTT
3' ss Score
10.22
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCCTACTCCAGGAAGACCAGCTTCTAGTCTAGGACCTGTGGAACTGGCAGCTGTTATTGCTGGACCTGTCTGCTTTGTCTGCATTTCATTGATGCTGATTCTGTATCTTTGTCATAACCGTACTGTAATTCATCATCGTGTGCCAAGTGAAGAAGATCCTTCATTGGATCGTCCCTTTATATCTGAAGGAACTACTTTGAAGGATTTAATTTATGATATGACAACTTCAGGCTCTGGATCAG
Seq A exon
GTAATGTCATACTTGTAGTAATAATTTGTTAAAATGTTTTGTAAAAGCTTTGCAATCTTTATTTTTTTAAAAAAAAAGTCAAATGTACTTAAACTTACAAGTAACTGGAAAAGGTATTAGAAAATATGCTGCTGTTCCTATAGATTCATCTGGTATCAGAACTGATTCCAATACATAGAAATAAGTGAAATAAAATCATGCTGACTTACTGATACTGTTTTTCCTCAATCCAATATGGAATAGGAATATCGTACATTCTGTTGTAGAAAAAAAAATATTTACAACTGTTAGTAAGGGTCCAATCATATACATTTTGTTCTGCGCAACATTGTTAAATTCCAATCTCCTGTGTTACTGAAATAATTTGTGGAATTATTTCTTCTAGCTTTACACTAAAAAGTTCATACAGCTATTAGTATATGACAAATATTCTGAGTTCTAAGTGCGAGTTAATATTTTAACTAGTTCTCCCCTCAGAAAAGATGTCAGTTACAAATAACTGCATACTGTGTCCAAAGAACTTCTATTCCTTGACTTCATAATTCATTTGTGGGTTTTTTTGTTGTTTTTTCTTTAATTCTGACTTCAGTAGGTATTGCTCTGGGAGGATGAGGTAGTACTCTTGTTTACTGCATGCAGTTTTTGCTATAGTCTGACATAGTTTCCCATAGGATTATATTGGTCTGTCATATATGGCTTAGTAAGCATTGATATGGGATGATACATCACACAAATCAATGGCACAGGTTAATTCATCTCTGGTCCGTGGGAAGTTACGTACATCCTGTGGGAGTGAGGTATCACATATATGGCAACTTCTCATCAGCTTTCTACTATATAGAAGTCTTCCTTCTACTAGTAGATGTATGTGCTGAAACGTATGCACTTTCATGGTGCTGTTTTCTGCCAGTAAATCTTTGTATTTGATTATCAGTGTCTGAATCCTTCAGTTCCACAGAAGTAGGAAAAAATATAATAGAAACAAACTAAAAACCTGGTTTGTAGTTCTTTCCTAATGACAGTAGCTGGTAAAACTGTTCAGAGTCCACTGCTCTGTCAAATAAATATAAAATCAACATAATTCACTGCGCATGTTCAGAACATAGATGAAAATGTGACCAAAGGCTACTTATTTTAATTGCGGTTATTGTAACTGTGTAAAAAAATTAAGTTTCAGTTGAGAGTTTTTTGAGTATTCAAATGTGACTTGGTCATGACAGAGTAGGTTGATTTCAGAAGAGAGCTGGAGCTGGAGCAGTTCAGGTGTATATCAGTTTTCTTATTTACTAACAAATACTAAATTCAAGTAATGGAAGTGATTAATAAAACTTCTAATATATTGAGGTACAATTTGATAAATGCAGTTTCTGAACTTGGTATTCCAGTTATGTTCGTTCTTGTAGGAGTGTACAGAAGGGTTTTAATAAAGAATGAGAATCTGAGACTCACATTTCGTGAAATGCAAAAAACTGTGGCATAATTACATGATCGTTGTGACTGGGCTGTAGTTAGTCTTCATAGTAGCTTATACGATGTAGTGTTTTGGCTTTGTGATTAAAACCAGCATTGATAATACACTATGTCTGTTTCTGAGCAGAGCTTAAGAAGTGCAGCCCTTATCTGTTTACCAGGGTTAAGCCACAACAAATTGTGCTGTTAAAAAGCTACAGATACAGAATTTTTCTAAAGAAAATAAAAAAGAAATTGTCATTTTGAAGTTAGAGAGCATCTGTATGTACTATGTGCAAGTCATCTTTGGCAATGTACTAGTTCCTACCACTTCAGTAAGCCTAGGAGACGAAGCCTTTAAGGTATTCCTTTAAAACAAATACATTTAACAACAATTTCCAAGTACTGTCTGATTGGCAGTTTTTTCTAACTTCTGTAGATAATGACAGTATTTTATCTACTTTTCTACATGGCCACTTTCCCACACAACTTTAGATTGAAAATCACATTTATGATTATGTTAATTCGGACTTGATTGCTAATGGACTTTTCCGTTTGTTATTGGCAATATCCCATCATTTGTCTTCTGGCTTGCCTCCCTTTGGTGATTTTGAGCTTTTTCTTCACGTTTGAAGATGTTCTCTGGAAGTACACATTCAAAATACGCTTTTTAAAAACTGGGAGTCCCAGTTAGAATAAACTTACAGGATTCTTACTCCTGAGCAGATGGTTGATTCCTTCCTGATTTGCAAATGTTGGGTGGGTTGGTTTTTTTTTTTTGCTTTTCTTTGGGGGGGGGGGGGGGGTGATTTCTGGGGGAGTGGGGAGTAGGGGGTTGGTTTTGTTTTCCTGGGGTTTTTTTTTTTTTTGAGGGGCAGGGGAGAGGGGAATGGAAATAGTGGGAGTGTTAAATACATCAAGCCAGTGGAATTGTTTAGTTTTCAGAACAGTCGTGCCTGGTCTAGAGTCCCAGAACATCCTGACCTAATGTTTTTGAGCATTGCCTCTGTTGACTGCATCAGAGGAAGAAAAACAGCAAATAAAGTTGAGTTTGAGTTTCCGCTAAGGAAAACCATTCACTAATTCTTTCTATGCATGAAAGACAAAATCATATTCTCTGTAAAACAAGAAGACTGGACGTTTCCTGACTTCCATACACAGTACAACTTTAGCCACAGTGAAATTCATGTTATTCTGCTGTTATTCAAGCTGTTCAAGTATTAGCCTTATTGTTCTGTAATGTTCAGTTGTTTTTAAGTTCTATACTTTTGTTATGGGAGTACAACGGGAAGTGTTTCAAGGTGTTTTTTTTCCCGTGCTGTTGGAAGTATATGTATTTTCCATGACATATCATTTTGTCCCCAAATTTGTCAGTCACTTTCTAAATTATCATCCTTTTCTGCTCCAGTACTTAAATGATAATTTCAGTGTCCTGAAATGCCTGCAACAACTATATTCTAATCTAGGTTTTCATTATGCACTTAGAAATTTAATCTTTTCACCTTTGAAATAAACTGGGAGTGTGCACAGAGGTGCTGAAGGAGGAAAAGTCAGAGTTCCTAATGGAAGTAGTTTAGGAATAAAAGCACTAGTTAATCAGCATAGAACATGGCCAAGATAGTGATCAGGCTGCTGGCCTAAAAGTTCTCTTAAAATCCTGCAAAGGGACCAAAAGCACTGGTAGTCAAGTAAAAAGGATTCCCTCAATCTTGTATTGTGGTATTCTTTGAAAAGAAGCATATCAAAGTATACAGAATTCTAAAAATGAGCTCAGATATGAAGGGAATTAGGATCCCTTGTCTGTGGTGATAAATATGAAACTATTATTAAAGGCAATAATGCTAGACCTAAAACAGAGGGTTGATGGAAGAAATTCCTAAAACACTTAAAGTAGAAGCTAAGACTTCAACAGAAAGGATCTAAGGGAAGAATTTCAAAGTCTTTTGGAGCTGTGAGTGATTTTCAGATCGTGACATAAATCTCTGAAATAATGACATGTTACATAGATAGGAATGCATAGCTATTACTCTCCAACTTAGAATTGCCCAAAGCAACTTGTTTGCAAGGAAATAGAATCGTATAAAACCATAGAGAAGCTTTTGTTATTGGTAGGTGAGTTTAAACAGGAACCTGAAGCATTTAAAAAACAGTATCATGAAGTCAGTGTCAAGCTGAGTCAGCTGAACTTGGTGTAAAGTTACTTAAACTTACTGACAGTTCGTAGAGTTTTGAAGAGAATGAGACTTCACCAGTTCATGGGGTTTTAGGAAAGGTGGTCTAAGGCAGAGTCTTACAAGGTAAATTCGGCATTGTGTTAAAATGTTTGAGAGTATGAACAAAACCATGATAGAGCGAGTCATGAGGAGGGCCAAGAAGATGGTCAGAGATCTGCAGCATCTGTACTTGAAGACAGGCTGAGAGAGTTGGTGTTGTTGAGTCTTGGGAGGAGAAGGCTTCCAGTACCTGAAGGAGGCCTACAGGGAAGCTGGGAAGGGACTTTTTACTAGGGAACATAGTAACAAGACCTGAGGTAACGGCTTTGAAGTAAAAGAGGGTAGGCTGAGGTCAGATATTCCAGAGAAATTCTTCATTATGAGTGTGGCAAGGCTTTGGAACAAATTGCCTAGAGAAACTGTGAATACCCCATCCCTGCAAGTGTTCAAGTCCAGGTTTCTTGGGACTTTGAACAACCTGCTCTAGGGAGCGGCATTCCTCCTGTTGAGGCCCTCTCCAGCAGCTACTTCTCAGGCAGTCTGGTGTACATTAATGTAGTTGCTCAAGTTATTGGTGATACAGAGCTCTTTCATGTAAACCAAAATGAGGAAAGTGCTCAGTTGAAAAACGCTGCTGTGCGGTGATGAATTCTTATGGACTTGGGATAAATAGGAATTCCAGCCTTCTGACAATCAACAATAGAGAAAGAACAAGCAGTTGCAACAAATACAAGTAAATAAATCTTAAAAAAAAAAAAAAAAATACAGTTGTACTGTGGTATCTTAATGATAAGAGGTTTGTGGGCACCCTCAGCAAGTTTGCAGGTGACACAAAGTTAAGATAGGAGTGTTGATCTGCACAAGGGTGGGAAGGCTCTGTGGAGGGACTTGAATAGGCTGGACTGATGGGCCAATGCCAACTGACTGAGGTTCAAGATGGCTAACTGGTGACCCCATACAGTGGTATGGAGTGGCGGAAAAGCTGCCCTGCAGAAAAGGACTAAGGCATGATGACTGACAACCAGCTGAACATGTGCCAGCAGCGTGCTTGAATGGCCATGAAGACCATGTGGCATCCTGGCTTGTATCAGAAACAGTGCAGCCAGCATGGCTAGGAAGGAGTTGTCCCCCTGTTCTCAGCTGTGGTGGGGCCAGACTGCATCTGGAATACTGTGTTCAGTTTTGGGTCTCTCACTACAAGAAAGACATTGAGGTGCTGGAGTGTATTCAAAACAACACTGCTAAGCTGGTGAAGGGTGTAGTGAACAAGTCTTAAGAGGAGCAACTGAGGGAACAAAGGTTTTTTCCCCTAGAGAAAAGAAGACTTAGGTGAGACTTTATTGCTTGCTACAGCTGTCTCAAATGAAGTTGTAGCAAGGTGAGGATAAATGTCCCATGCAACAAATGACAGGGCAAGAGGAAATGGCTTCAAGTTCTGTCAGAGGAGGTTTGGCTTGAATATCAGAAAACCTTTTTTTTTTTTTTTTCACTGAGTGGGTTGTGAAGCTTTGGAATAGGCTGCTAAGCAGTTGCGTCACCATCCCTGGAGATACTGAAAACATGGTCTTCGGGGACATGGTGTAGTGATAAACTTGGCAGTGCTAGTTTAATAGTTGAGCTTGATGGTCTTAGAGGTCTTTTTCAACCTAAATGATTCTGTGATTGTCTTAACATGGTGATTTGAGGGTTTGTAAAGTAAAACTGTTGTCTCCTTTCTAGAAGATGTAAAGTTTAATATCTGTTTCAAGGTTAGCTGATATTCTTGGGTGTGCTATCTTCTTTTATACAAGTATTCATAACAGTACGGCACAAGGAAAGCAATGCATCGGAAACTGAAGATACACAGTTCTTGGAAGCAGCTATAGTAGAAGAAAATATTACACACCATCACTATTTTCAAGTACAAAAAATCAGCTTGTATTCCAAGTTTGTATAAGGATTTTGTAGTTGTAATATGTAAGTGTGAAGAAAGAAACTTCTTGCCAGTAGAGTCAAATTTCACATTTTCAGGAATGAGTTTGGTCCTGTCATTTTTCAGCCTTTTCTGCAGTTCTGTGAAGAAGGCAGATCAGGCTTCATAGATAAGCACTGAGCGGTTTGAGCAGATGATATAATTGACCCGAGGATAGCTATTTTACAACAGAAGTTTAACTTCTATTTTTTTTTCCTCTGCAAATAATATTGCTGTACGTGAAATGTTTAGATCTCTGGTATCTGCGTTTTTTCCCCCTTTTATCTGCATGTAGAAGTACATACAGTATCAGTGCACCTCATGCAAGAAATACCTTTAGATCTGAAACTCTCAAGGGACTCGCTGTACACTGAAGCGTTTTAATTTGCATTTCTCAAAGACCAAGGCATAAGCATGGTAATACTGTTGACCAGATAATCTTTTAGTACTGTTATTTGCAAAGAATGTTCAGAAACAGAGGGAAAGTAATTATTCAGGCTTTTAGTTGTGATTTATTTTCAGTAGTTTAAGGAAATTGAAAATGTATATGTTCTGTCAGCTACTGGAACAGTGATTATGGAGTAATAGATTCAGGTGTTTGATATAGGTGAAATGACCCAGTATCAAAAGACCTTATTGTGAGCAGATAACTTTGCTGATGGATTTATCCTGTAATGTAGTATCAATGCAGAATTCTACAACAAGCCTTTTAGTTACAAGAGACTTAAAAACCCACCCTGCCTGGGGGATACCAATGCTTCTTGTTTATTGTGTAAGTTTATGGCAGCATGTTATGAGGTGCTGTGAGTTGAAAGCATGTAGATGTTCTGAAGCTGTAAAACGTGCATGAATGTAAGCGTTTTTCTTAAGTATAATGCTAGTGAAGTGCACAAGAGTGACCTCTGAAATGGGGAAAATGTTACAAGGATGTTTTCTGTTGTTAGAGGTGTTTGAGCGTACTAACAGGCTGCTAGTGTACTTGGGCATCAGCATGAATGTTTGATAGTGTTGCTGATAAGCATGTTTTAACTTTAACTTAGAAACTGATCAAGTCTCGTCTAGCAAGAAATCAAGTGGACTAGTGGCAGACATGCTCTTGAATGGCTTTGCCAAGAGAGTTATGGGCAGATCCTTAACAAAGAAAAACCACCCTTATTCCTGATTGTTTCATGTTCTGTATTTCATTTAATTGTGCTTCATCTCGTGTCACTGTCTGTTGTTCATCTCTGTGTCCTATCCCAAATTCCTAAACAGAAAGTCTGTGCCTTCCTTTGAATGACTGTAGAGGCAGCTGGTGGCATAATGTTTCAATTTTTGTATTGTTGGCTTATGATTGCAGGCAACATCCTACCTGTATGCTTGTTAGAAGTTCCAAGCAAGCTGTCAAAATCTTAAGAAACTTAGTGCATTTTAGGAGAAATACCTCAGTGGAATATGGGTACTACTGTAATTAGTTCTTATGCTAAGTGCTTACTTTGATGTTTAAATTTAATGTTAAATCTTCTTTTTAG
Seq C2 exon
GTTTACCTTTACTTGTGCAAAGAACAATTGCACGAACTATAGTACTCCAAGAAAGTATTGGTAAGGGTCGCTTTGGAGAAGTATGGAGGGGGAAATGGAGAGGAGAAGAAGTTGCTGTGAAGATCTTCTCTTCAAGAGAAGAGCGCTCATGGTTTCGAGAGGCAGAAATTTATCAAACAGTTATGCTACGACATGAAAACATTCTTGGATTCATAGCTGCGGACAACAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012617:ENSGALT00000020598:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.159 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF085157=TGF_beta_GS=PU(58.6=20.7)
A:
NA
C2:
PF085157=TGF_beta_GS=PD(37.9=14.1),PF0006920=Pkinase=PU(22.2=82.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]